Óhæfur frambjóðandi

Sarah Palin virðist ekki kunn að meta framlag vísinda til samfélagsins. Hún var að ræða um liði á fjárlögum sem henni fannst ekki peninga verðir, og beindi orðum sínum að vísindum.

"You've heard about some of these pet projects, they really don't make a whole lot of sense and sometimes these dollars go to projects that have little or nothing to do with the public good. Things like fruit fly research in Paris, France. I kid you not."

Flugur hafa reynst ótrúlega gott líkan fyrir rannsóknir í erfðafræði, á þroskun, frumuskiptingum, atferli, öldrun og minnisleysi, og ber staðhæfing Söru því merki um vanþekkingu. Markmið grunnrannsókna er að skilja grundvallaratriði, krafta í atómum, efnahvörfum, frumum og jarðskorpunn sem síðan má byggja á til að t.d. knýja vélar eða skilja eðli sjúkdóma. Það er oft ómögulegt að vita hvaða grunnrannsóknir eiga eftir að nýtast í að búa til IPOD eða eitthvað þaðan af mikilvægara.

Við gerum kröfur um að frambjóðendur kunni skil á grundvallaratriðum tilverunar en séu ekki með firrtar hugmyndir um veröldina (að hún hvíli á baki skjaldböku eða sé stjórnað af hvítum músum!). Myndir þú kjósa frambjóðanda sem þrætti fyrir um tilvist lifrarinnar?

Adam Rutherford ræðir athugasemd Palin í grein í the Guardian í greininni "Palin and the fruit fly".

Að auki, Suður Afríska grínsíðan Hayibo var með góða frétt um "skilning" Palin á steingervingasögunni "Palintology to study dino bones put there by God 6,000 years ago".

Telja Palin ekki tilbúna

Röskun lífklukku

Lífklukkan tifar allan sólarhringin og samanstendur af nokkrum hormónum og prótínum. Sumar einingar klukkunar eru ljósnæmar, þannig að klukkan endurstillist að morgni ef einstaklingurinn nær að skríða út í sólarljósið (dálítið eins og eðlurnar í leit að hita). Gallar í genum lífklukkunar valda mjög óreglulegu svefnmynstri og svefnröskun, og mögulegt er að þeir hafi fjölþættari aukaverkanir.

Nú kemur í ljós að skipti á milli vetrar og sumartíma hefur áhrif á tíðni hjartaáfalla. Þetta var sýnt fram á af Imre Janszky og Rickard Ljung við Karólínska sjúkrahúsinu í Stokkhólmi og birt í New England Journal of Medicine "Shifts to and from daylight saving time and incidence of myocardial infarction".

Myndin er úr greininni, og sýnir tíðni hjartaáfalla í Svíþjóð fyrstu 7 dagana eftir að klukkunni er flýtt á vorin og eftir að henni er seinkað að hausti. Punktalínan sýnir viðmiðunargildi (1,00) og súlurnar tákna tíðni hvern dag (með 95% öryggismörkum). Alla dagana að vori er tíðnin hærri, þó svo að öryggismörkin umlyki 1 í flestum tilfella. Mynstrið að hausti er veikara, en í hina áttina. Það er þó ljóður á ágætri grein að ekki sé getið hversu margir einstaklingar eru í sýninu, en þeir hljóta að vera töluvert margir því gagnasettið spannar árin 1987 til 2006. Sambandið er því frekar veikt en að öllum líkindinum raunverulegt.

Janszky og Ljunger gera því skóna að ástæðan sé viðvarandi svefnskortur vesturlandabúa. Það hefur verið sýnt fram á með óyggjandi hætti að svefnleysi og streita eykur líkur á hjartaáföllum. Er ekki málið að slaka á í kreppunni og sofa nóg...næstu þúsund ár?

Sumartími eykur líkur á hjartaáfalli

Einbeiting, nám og markmið skóla

Hvert er markmið háskólanáms í raunvísindum? Vissulega þarf að þjálfa vísindafólk og frumkvöðla framtíðarinnar, sem eiga eftir að leysa mikilvæg vandamál hagnýt eða fræðileg, og taka þátt í að miðla þekkingunni til næstu kynslóðar. Einnig er mikilvægt að kynna eðli vísinda fyrir þeim nemendum sem munu kenna yngri nemendum eða skipta um geira (verða t.d. stjórnendur, þingmenn, strætóbílstjórar eða bændur). Félagi minn vildi meina að þetta seinna markmið væri ekkert síðra, þar sem eðli vísinda væri misskilin af flestum í samfélaginu, sem leiðir til þess að fólk verði ginkeypt fyrir gróusögum. t.d. um áhrif bólusetninga á einhverfu, hlutverk yfirnáttúrulegra krafta í tilurð tegunda lífvera eða notagildi nálastungu til lækninga.

Við megum samt ekki gleyma að hlúa að greindustu nemendunum, eins og nýleg rannsókn í Bretlandi sýnir (sjá grein í the Guardian "Brightest pupils less able than 30 years ago, research shows", höfundar voru Jessica Shepherd og Polly Curtis). Við þurfum að finna leið til að kenna raunvísindi (og önnur fög) þannig að bestu nemendurnir fái örvun og hvatningu, en um leið þurfa hinir nemendurnir að fá traustan skilning á aðferðum vísinda og grundvallaratriðum viðkomandi fags.

Ein mesta hættan sem stafar að nemendum nú til dags eru rafrænar freistingar, tölvupóstur, spjallrásir, tölvuleikir og vefsíður með sístreymi "upplýsinga" (fótboltaniðurstöður, hlutabréfavísitölur, dópaðar popstjörnur, sápukúlur úr vél). Það hefur verið sýnt fram á að mannsheilinn getur ekki sinnt tvennu í einu, og að við þurfum að skipta á milli verka. Fjölvinnsla ("multitasking") er álitin náðargjöf, en er í raun blekking því heilinn þarf að skipta á milli verka. Og því flóknari sem verkin eru, því erfiðara er það fyrir heilann að setja sig inn í efnið. Er það furða að sumir nemendur virðast engu nær eftir fyrirlestra þegar þeir hafa eytt helmingi tímans í að spjalla á rásinni?

Vandamálið er ekki bundið við nemendur, því allir sem vinna á nettengdri tölvu eiga það á hættu að falla í svipað mynstur (þar á meðal undirritaður). Alina Tugend ræðir þetta í grein í New York Times ("Multitasking Can Make You Lose ... Um ... Focus" eftir ) og kynnir rannsóknir sem sýna hversu alvarlegt ástandið er. Samkvæmt rannsókn Gloria Mark, professors við Kaliforníuháskóla í Irvine: (í stirðri þýðingu AP).

"við fylgdumst með starfsmönnum, sem á u.þ.b. 12 mínútna fresti og án nokkurar sýnilegrar ástæðu hætti að vinna í skjalinu sínu, fór að skoða vefinn eða tölvupóstinn sinn."

Á frummálinu

“As observers, we’ll watch, and then after every 12 minutes or so, for no apparent reasons, someone working on a document will turn and call someone or e-mail,”

Sjálfur er ég montinn yfir því að ritað pistilinn í einum rykk, og fer nú að sinna öðrum verkum.

Alinu Tugend leggur áherslu á að þjálfa einbeitingu, og sýnir að hún tók eftir í blaðamannaskólanum með því að enda grein sína með orðunum..."You, too, can learn the art of single-tasking".

 

Stofnfrumur með köldu blóði

Stofnfrumur eru frumur sem skipta sér hægt og geta af sér nokkrar mismunandi gerðir frumna. Til dæmis geta stofnfrumur blóðsins myndað nokkrar mismunandi gerðir blóðfruma og geta framleitt meira af sumum gerður en öðrum í kjölfar boða frá líkamanum.

Margir hafa gert því skóna að vegna þess hversu ósérhæfðar stofnfrumur séu, eigi að vera hægt að endurforrita þær og nýta til að endurmynda iilla farnar frumur eða skaddaða vefi. Slíkir læknisfræðilegir möguleikar hafa verið margræddir, en í raun er notagildi slíkra fruma óstaðfest.

Þriðjudaginn 28 október mun Marc Peschanski  flytja erindi við Háskóla Íslands um tilraunir til nota stofnfrumur til að meðhöndla taugasjúkdóma. Erindi hans nefnist Human embryonic stem cells, a dual therapeutic tool for monogenic diseases affecting the brain og er á vegum GPMLS, miðstöðvar framhaldsnáms í lífvísindum við HÍ. 

Titill pistilsins er ónákvæmur, aðallega vegna þess hversu ofarlega mér í huga er þáttur Attenboroughs um skriðdýr er sýndur verður á Rúv í kvöld. Tilhlökkunin er slík að maður gæti freistast til að skála...í köldu blóði.

Hliðin og hin hliðin

Auðvitað svíður að leifarnar af Breska heimsveldinu skuli hafa beitt hryðjuverkalöggjöf gegn Íslenskum bönkum. Það er samt auðvitað munur á fólki og bankastjórum, hluthöfum og skuldhöfum, og að við eigum ekki að borga reikning fjárglæframanna.

Ljósmyndarinn á skilið hrós fyrir að finna farveg fyrir gremju okkar og angist.

En einnig er hollt að átta sig á því að mynd okkar hryðjuverkamönnum er skelfilega stöðluð...þeir eru allir arabar, og því eru allir arabar hryðjuverkamenn.

„Hryðjuverk“ með snuddum og snjóboltum

Gen á glámbekk

Frá árinu 1996 þegar Íslensk Erfðagreining kom fyrst fram á sjónarsviðið hafa margir rætt um öryggi erfðaupplýsingar, hættuna á mismunun og friðhelgi einkalífsins. Bandaríkjaþing samþykkti nýverið lög (reyndar ófullkomin) sem banna mismunun á grundvelli erfðaupplýsinga. Hættan á að tryggingafyrirtæki og óprútnir einstaklingar nýti sér erfðaupplýsingar er raunveruleg, eins Mannvernd leggur áherslu á.

Sífellt meira magn erfðaupplýsinga er nú aðgengilegt á netinu. Í fyrra birtist grein um erfðamengi Craig Venters, forstjóra Celera genomics sem tók þátt í raðgreiningu erfðamengis mannsins. Erfðamengi Venters var lagt í opna gagnagrunna, fyrir hvern sem er að rýna í. Á sama hátt var erfðamengi James Watsons, sem er þekktastur fyrir líkan af byggingu DNA ásamt Francis Crick, raðgreint og gert opinbert. Vísindamenn verða að gera niðurstöður sínar og gögn aðgengileg fyrir aðra, því annars getur reynst erfitt að sannreyna niðurstöður þeirra og ályktanir. Fjöldi gagnagrunna fyrir líffræðileg gögn eru starfandi, með raðir erfðamengja, prótín styrk í krabbameinum, fjöldi þorska í hafinu, og tíðni sjúkdóma eftir löndum og svo mætti lengi telja.

Erfðamengin tvö frá Celera og Hugo voru byrjunin; mengi Venters, Watsons og óþekkts asísks kaupsýslumanns næst í röðinni. Holskeflan er að hefjast, fleiri einstaklingar setja upplýsingar um erfðamengi sín á netið, sjá til dæmis http://www.personalgenomes.org/ og grein í New York times eftir Amy Harmon "Taking a Peek at the Experts’ Genetic Secrets".

Mannerfðafræðingar hafa fundið þúsundir stökkbreytinga sem auka líkur á sjúkdómum, bæði fátíðum heilkennum og algengari krankleika. En áhrif breytinganna eru mjög misjöfn, sumar breytingar hafa 100% sýnd, sem þýðir að allir sem erfa gallan fá sjúkdóm, en miklu algengara er að stökkbreytingar auki líkur á sjúkdómi um einhver prósent (5, 10, 50). Það að vera með breytingu sem eykur líkurnar á sykursýki um 50% er því fjarri því að vera stóri dómur.

Vandamálið er ekki upplýsingarnar heldur vanþekking fólks á líkindafræði og erfðum. Hættulegast er ef við dæmum aðra vegna eigin fávisku...sem er auðvitað endurtekið þema í mannkynssögunni.

Líf í gamalli ösku?

Ein frægasta tilraun líffræðinnar var ekki á lífveru. Stanley L. Miller og Harold C. Urey settu ólífræn efni í krukkur og hleyptu á rafstraum, með það að markmiði að kanna hvort lífræn efni gætu myndast. Í tilraunaglösum þeirra mynduðust amínósýrur af fimm gerðum, sem sýndi á óyggjandi hátt að grunneiningar lifs (prótín eru amínsýrukeðjur) gátu myndast fyrir tilstuðlan ólífrænna ferla.

Miller og Urey birtu niðurstöður sínar 1953 og lögðu þessi tilraunaglös á hilluna. Í fyrra rakst fyrrum nemandi  Millers, Jeffrey Bada á glösin á hillu, og fól nemanda sínum að rýna betur í innihald þeirra með nútíma tækjum. Nemandanum (Adam P. Johnson) fannst innihaldið ekki tilkomum mikið (í hans orðum “There were just a brown residue at the bottom of a old vial”). Efnagreiningin leiddi hins vegar í ljós að glösin innihéldu 9 gerðir amínósýra auk þeirra 5 sem Miller hafði fundið upphaflega (sjá grein í New York times og frumheimild í Science). Það undirstrikar enn betur hversu auðveldlega grunneiningar lífs geta myndast...og varðveist.

Uppruni lífsins er einmitt viðfangsefni Guðmundar Eggertssonar í nýútkominni bók "Leitin að uppruna lífsins". Útgáfa bókarinnar var kynnt í morgunútvarpi og fréttum ríkisútvarpsins fyrr í mánuðinum (vonandi virkar sú tenging einhverja daga í viðbót).

The Miller Volcanic Spark Discharge Experiment Adam P. Johnson, H. James Cleaves, Jason P. Dworkin, Daniel P. Glavin, Antonio Lazcano, and Jeffrey L. Bada Science 17 October 2008: 404. 

Erindi: taugar og hjörtu

Vill benda áhugasömum á tvo atburði næstu daga.

Á morgun verður fyrsta ráðstefna taugavísindafélags Íslands. Hún fer fram milli 17 og 19 í húsnæði Háskóla Reykjavíkur við Ofanleiti 2.

Mánudaginn 20 október mun Arnar Geirsson flytja erindi um hlutverk micorRNA sameinda í þroskun hjartans (sjá tilkynningu á pdf formi). Erindið verður í boði GPMLS sem er heldur utan um framhaldsnám í líf- og læknavisindum.

Konan er lífvera

Bentzen ræðir nokkra punkta.

Í fyrsta lagi má nefna það að mörgum kvillum fylgja einkenni sem eru afleiðing sjúkdóms, en ekki orsök. Læknisfræðin leitast bæði við að komast fyrir orsök sjúkdóma og reynir að slá á einkenni þeirra. Það er flestum læknum ljóst en e.t.v. gerir fólk sér ekki fyllilega grein fyrir því.

Í öðru lagi finnst Bentzen misráðið að reyna að kortleggja stökkbreytingar sem auka líkurnar á ákveðnum sjúkdómum. Við verðum að varast nauðhyggju, þ.e. að halda að stökkbreytingar valdi í 100% tilfella sjúkdómum, því áhrif gena eru veikar og flóknari en svo (stökkbreytingar sem hafa áhrif á líkur á sjúkdómum). Hinsvegar gefur erfðafræðin okkur djúpa sýn í líffræðileg ferli sem raskast í ákveðnum sjúkdómum, t.d. tengjast brestir í ónæmiskerfi mænusiggi eða taumlausar frumuskiptingar einkenna krabbamein. Vissulega eigum við að verja fé í að rannsaka líffræði, sálfræði og vefjafræði sjúkdóma en við ættum ekki að leggja erfðafræðina á hilluna.

Í þriðja lagi finnst Bentzen að læknar eigi að starfa meir utan sjúkrahúsa, með vitjunum og samtölum við skjólstæðinga sína. Hann ræðir sérstaklega sjúkdóma sem eiga sér andlega rót. Þá skiptir máli að komast fyrir andlega vandamálið og þá munu hin líkamlegu einkenni hverfa. Þetta er ágætis hugmynd, sem getur örugglega linað þjáningar og sparað heilbrigðiskerfinu krónur.

Ég held að hluti vandans sé að fólk vill fá eitthvað með sér heim frá lækninum (líkn eða ígildi hennar í dropaglasi). Einnig getur verið að læknarnir séu of ragir við að senda fólk heim dropalaust með greiningu og útskýringu eina saman.

Auðvitað þurfum við að rýna í aðferðir og hugmyndafræði læknisfræðinnar. Svo er ágætt að átta sig á þvi að við sem lífverur bilum á endanum. Viðleitni færstu lækna fær því ekki breytt.

Maðurinn er ekki vél

Mörg andlit krabbameina

Nýjasta grein ÍE um krabbamein varpar ljósi á spurningar um tengsl húðlitar og húðkrabbameins. Við föla fólkið erum í aukinni hættu á að fá sortuæxli og húðkrabbamein, en tengslin eru ekki eingöngu í gegnum lit húðarinnar. Greinin sem um ræðir sýnir að erfðaþættir sem auka líkur á húðkrabbameini (basal cell carcinoma: BCC) sýna engin tengsl við ljóst litarhaft, hár eða augnlit. Það sýnir að aðrir eiginleikar húðarinnar og frumna við grunnhimnu hennar skipta einnig máli fyrir áhættu gagnvart þessari gerð krabbameina.

Við höfum áður rætt um "endurprentum tilkynningar" stíl Íslenskra blaðamanna, sem sést mjög skýrt á þessari frétt. Vissulega eru niðurstöðurnar spennandi og vel frétta verðar, en það á einnig við um aðrar vísindagreinar sem birtust þessa vikuna. Í Nature Genetics, sem birti grein ÍE eru til dæmis nokkrar greinar um tengsl við sjúkdóma eins og gigt, nýrnabilanir og líka við B12 vítamín styrk (sjá efnisyfirlit). Einnig fundu tveir hópar (1 og 2) tengsl gena við skalla sem hlaut töluverða athygli (sjá BBC) (Nokkrir starfsmenn ÍE meðal höfunda annarar greinarinnar).

Athyglisverða lesning vikunnar fannst mér samt grein Oliviu Judson um smitandi krabbamein sem er á góðri leið með að útrýma Tasmaníu skollanum. Skollinn er smávaxið rándýr af ætt pokadýra sem finna má á eyjunni Tasmaníu suður af meginlandi Ástralíu. Krabbameinið leggst á andlit dýranna og smitast þegar þeir narta hvor í annan. Smitandi krabbamein eru sem betur fer ekki algeng, en þó eru dæmi um að líffæraígræðslur hafi þær aukaverkanir að duldar krabbameins frumur komist á legg í líkama líffæraþegans. Til að slíkt gerist þarf ónæmiskerfið að vera bælt eða í lamasessi. Skora á ykkur að lesa fyrirtaks pistil frú Judson.

Leiðrétting 30 maí 2010: Í fyrstu útgáfu færslunar var talað um Tasmaníu djöfulinn, rétt nafn er Tasmaníu skolli.

Varpa ljósi á hættu á húðkrabba