Á mörkum himins og hafs

Yfirborð sjávar er hulið þunnri filmu sem er sérstök að mörgu leyti. Margir hafa veitt því eftirtekt að sjórinn virðist oft glampa eins olía. Ástæðan er sú að yfirborðsfilman er rík af kolvetnisríkum keðjum og örverum sem framleiða þær. Þarna á mörkum himins og hafs er því að finna mjög sérstakt og merkilega stöðugt vistkerfi, sem viðhelst þótt vindhraði fari yfir 10 hnúta. Örverurnar sem þarna finnast eru kunnuglegar úr öðru samhengi, þær mynda filmur á tönnum, í rörum og á öðrum stöðum.

Ég hvet alla til að lesa grein Carl Zimmers um rannsóknir hóps frá Hawaii á yfirborði sjávar, sem birtist í New York Times fyrir skemmstu (27 júli 2009), Scientists Find a Microbe Haven at Ocean’s Surface.

Vor nánasti frændi andaðist

Það fer ekki milli mála að Neanderthalsmenn voru ekki Homo sapiens. Þeir voru ekki forfeður okkar heldur náskyldur frændi. Samanburður á útliti og erfðaefni staðfestir að Neanderthalsmenn voru okkar náskyldustu frændur.

Menn hafa reyndar lengi velt fyrir sér hvort að þeir hafi tekist á eða stundað ástarleiki. Erfðafræðileg gögn sýna á afgerandi hátt að Neanderthalsmenn og Homo sapiens voru ef ekki aðskildar tegundir þá skýrar undirtegundir. Það sem meira er sömu gögn sýna að Neanderthalsmenn voru fáliðaðir, þ.e. stofn þeirra var mjög lítill, e.t.v. eitthvað í kringum 3500 manns.

Fréttir í amerískum blöðum ganga mjög oft út á persónulegar sögur, harmleiki eða lýsingar á óvæntum sigrum. Þið getið rétt ímyndað ykkur hversu hvimleitt það getur verið að vilja fræðast um efnahagsástand Argentínu eða flóð í Rín, og þurfa alltaf að lesa persónulega lýsingu af manni sem tapaði hundakofanum sínum eða hundinum sem missti gúmmiöndina sína í ánna.

Af einhverri ástæðu erum við mjög móttækileg fyrir sögum, miklu frekar en staðreyndum eða lögmálum. Það að horfa á jöfnur sem lýsir lögmálum Newtons er flestum framandi, en þegar sagðar eru sögur af eplum, gangi himintunglanna eða sjónvarpstæki á leið útum hótelglugga þá skiljum við lögmál þyngdar og hreyfingar betur.

Fundur beinaleifa Neanderthalsmanns sem virðist hafa fallið fyrir kastvopni holdgerir spurningar um samskipti Homo sapiens við okkar nánasta ættingja. Svo virðist sem vísindamennirnir séu mjög varkárir í sínum ályktunum, en síðan taka fréttafulltrúarnir við og blása allt upp.

Þótt vissulega sé möguleiki að bardagar milli forfeðra okkar og Neanderthalsmanna hafi leitt til útrýmingar þeirra síðarnefndu, er einnig mögulegt að lítil stofnstærð hafi gert þeim lífsbaráttuna erfiðari. En það er erfiðara að setja fram dramatískar fréttir um litla stofnstærð en bardaga á bökkum Efrat og Tígris.

Neanderdalsmaður féll fyrir kastvopni

Frábær fundur

Hafrannsóknarstofnun gerði út leiðangur til að rannsaka kóralla og botnlíf við strendur Íslands. Myndirnar eru ótrúlega flottar, sjá má dæmi á síðu Hafrannsóknarstofnunar.

Maður heldur oft að lífríkið sé dauflegt á norðlægum breiddargráðum, en eins og þeir sem hafa heimsótt Mývatn, Þórsmörk eða Hornstrandir vita er náttúran við heimskautsbaug oft mjög mikilfengleg (sjá einnig ótrúlega hraða framvindu í Surtsey - frétt mbl.is og tilkynning Náttúrufræðistofnunar). Það sama á greinilega einnig við neðansjávar og greinilegt að lífríkið í kringum kórallana er mjög fjölskrúðugt og auðugt. Nokkuð ljóst er að Charcot hefði kunnað að meta þennan fund.

Manni verður ósjálfrátt hugsað til botnvörpuveiða þegar slíkar myndir birtast. Botnvörpur geta farið illa með kórallavistkerfi.

Dýrðin sést ágætlega í myndskeiði með frétt ríkissjónvarpsins. Einnig var rætt við Steinunni Hilmu Ólafsdóttur (sem ég get sagt með stolti að ég kenndi líffræði í þá daga). Hún gat ekki gefið um nákvæmt mat á aldri kórallanna, en skaut á að þeir væru líklega nokkur hundruð ára gamlir.

Einstakir kaldsjávarkóralar

Skörp gagnrýni á umgjörð íslenskra vísinda

Einar Steingrímsson, prófessor við Háskóla Reykjavíkur birti í morgublaði laugardagsins 18 júlí 2009 snarpa gagnrýni á umgjörð vísindastarfs á Íslandi. Greinina má lesa á vísindi.blog.is og einnig var rætt við Einar í morgunvakt útvarpsins í dag 20 júlí.

Einar gagnrýnir ýmislegt sem miður hefur farið í rekstri Háskóla Íslands og Reykjavíkur, umgjörðinni sem Menntamálaráðaneytið hefur skapað og starfi Rannsóknaráðs Íslands. 

Hann tekur dæmi um Markáætlun um öndvegissetur sem var svo sannarlega illa hönnuð til að byrja með og illa framkvæmd.

Ég er ekki sammála Einar með allt, t.d. held ég að það gagnast háskólunum lítið að ráða fullt af fræðimönnum, það þarf að skaffa þeim starfsgrundvöll og almennilegt umhverfi.

Vandamálið við Háskólanna er líklega það að þeir eiga að þjóna tvennskonar hlutverki, rannsóknum og menntun. Þeir sem sjá um rekstur háskólanna eru sjaldnast þeir sem hafa mikla reynslu af rannsóknum á alþjóðlegum vettvangi. Það er vandamál sem Einar bendir á og sem við þurfum að leysa.

Voru Neanderthalsmenn í útrýmingahættu?

Auðvitað. Þeir dóu út fyrir um 30000 árum.

Ein sérgrein þróunarfræði stofnerfðafræðin getur spáð fyrir um þróun stofna, t.a.m. hvernig náttúrulegt val mun breyta tíðni arfgerða, hver áhrif tilviljunar eru á litla stofna og hvernig uppskipting stofna og far mun móta erfðabreytileikann.

Stofnerfðafræðin segir okkur líka hægt er að nota erfðabreytileika til að meta stofnstærð viðkomandi tegunda. Og ef til eru erfðafræðileg gögn, einnig útdauðra tegunda eins og Neanderthalsmannsins.

Nú hafa Adrian Briggs, Svante Paabo og félagar raðgreint hvatberalitninga 6 Neanderthalsmanna og komist að því að stofnstærð þeirra var frekar lítil (um 3500 manns - töluverð óvissa er í þessu mati). Vitanlega er þetta aðeins metið út frá einum litningi og mögulegt að önnur gen séu breytilegri, en í augnablikinu er þetta okkar besta mat (ekki er hægt að álykta út frá gögnum sem maður hefur ekki!).

Sjá má dreifingu beinasýnanna og þróunartré hvatberalitningsins fyrir Neanderthalsmenn, menn og ættingja okkar simpansa og górillu á mynd frá Briggs o.fl. 2009.

Stofnar með litla stofnstærð og lítinn erfðabreytileika eru í meiri hættu en ella á því að deyja út.

Fyrir rúmri viku flutti Montgomery Slatkin mjög skemmtilegan og fræðandi fyrirlestur um erfðamengi Neanderthalsmannsins.  Hann ræddi vandamál við greiningu á erfðaefni úr steingervingum og hvernig hægt er að læra um skyldleika tegunda og áhrif náttúrulegs vals á erfðabreytileika.

Fyrirlestur Montýs var hluti af Darwin dögunum 2009.

Adrian W. Briggs og félagar Targeted Retrieval and Analysis of Five Neandertal mtDNA Genomes Science 17 July 2009: Vol. 325. no. 5938, pp. 318 - 321.

Jeanna Bryner á Livescience.com Neanderthals Were Few and Poised for Extinction.

Lundar og vígarjúpur

Nokkrar léttar fyrirsagnir.

Baggalútur um erfðabreyttar lífverur.

Baggalútur vill banna lundaveiði.

Dindill, ný rannsókn leiðir ekkert í ljós.

Franzdóttur líffræðing

Vill bara óska Sigríði aftur til hamingju með áfangann.

Áður en fólk fer að klappa fyrir lipurlega skrifaðri frétt frá mbl.is er vert að geta þess að hún er í raun endurprentun á fréttatilkynningu frá lífvísindasetri HÍ. Kosturinn við þá tilkynningu er reyndar sá að mynd af Sigríði fylgir, sem tryggir að hún fær engan frið á golfvellinum og í kokteilboðunum næstu vikuna því hún er orðinn frægur vísindamaður.

Húrra fyrir Sigríði, Thisbie, Pyramus, heartless og breathless.  Thisbie og Pyramus eru FGF boðsameindirnar, á meðan heartless og breathless skrá fyrir viðtökum þeirra. Við þroskun tauganna í auganu skiptir heartless mestu máli. Nafn gensins er samt komið til vegna þess að það fannst fyrst í flugum sem vantaði hjarta. Breathless fannst í flugum sem voru með skert loftæðakerfi. Genin koma samt við sögu í þroskun margra annara líffæra og vefja.

Nature birtir grein eftir Sigríði Rut

Vel gert Bergþóra

Þetta er ein best skrifaða vísindafrétt sem ég hef séð á mbl.is í háa herrans tíð. Hún tekur á mikilvægu máli, setur það skýrt fram og varast oftúlkanir eða æsifréttastílinn sem stundum loðir við vísindafréttir. Það verður að viðurkennast að undirritaður veldur móðurmálinu ekki mjög vel, en ég kann að meta þann skýra stíl sem Bergþóra Njála ritar í (það er til fyrirmyndar að hún kvitti undir). Vel gert Berþóra.

Fréttin um H1N1 er mun betri en endurprentun fréttatilkynninga (Ný uppgötvun í erfðaprófi ÍE og grein um rannsókn Hjartaverndar [f]inna gen sem tengist gáttaflökti). Þetta væri í sjálfum sér ekki tíðindavert, mbl.is stundar það að birta fréttatilkynningar meira eða minna óbreyttar. Það sem gerir þetta svona vandræðalegt er að báðar rannsóknirnar voru að rannsaka sama sjúkdóminn (gáttaflökt), fundu tengsl við sama gen (ZFHX3) og birtu rannsóknirnar í sama vísindariti (Nature Genetics). Alvöru ritstjórar hefðu fattað að þarna væri skemmtilegt efni, tveir íslenskir hópar komast að sömu niðurstöðu um mikilvægan sjúkdóm og birta samhliða í virtu tímariti.

Heimild í Nature um "svínaflensun":

Yasushi Itoh og félagar In vitro and in vivo characterization of new swine-origin H1N1 influenza viruses 2009 Nature, 13 júlí.

Vefgátt The Guardian um H1N1 veiruna.

Frumheimildir greina ÍE og Hjartaverndar.

Benjamin og félagar Variants in ZFHX3 are associated with atrial fibrillation in individuals of European ancestry 2009 Nature Genetics.

Daniel F Gudbjartsson og kameratar A sequence variant in ZFHX3 on 16q22 associates with atrial fibrillation and ischemic stroke 2009 Nature Genetics

Ýmsar hliðstæður við spænsku veikina 1918

Til hamingju SRF

Það gerist ekki á hverjum degi að íslendingur birti grein í Nature. En í þessari viku var sett á vef tímaritsins eintak af grein sem Sigríður R. Franzdóttir birti úr doktorsverkefni sínu.

Hún rannsakaði samskipti og far fruma í augum ávaxtaflugna. Hún rannsakaði  þroskun taugatróðsfruma og samskipti þeirra við taugafrumur þegar augað er að þroskast. Boðferlið sem skiptir mestu máli er FGF boðferlið, sem kemur við sögu í mörgum öðrum ferðalögum fruma (bæði í flugum og mönnum). Þetta sýndi Sigríður fram á með því að kanna þroskun í flugum sem báru gallað eintak af ákveðnum genum (t.d. FGF viðtakanum, boðpróteinunum (Thisbie og Pyramus)) og með því að auka tjáningu genanna markvisst. 

Þetta er dæmi um mjög flotta rannsókn sem dýpkar skilning okkar á því hvernig taugar og stoðvefur þeirra ræða saman á meðan þroskun stendur. Ef til vill getur einhver snjall fjölmiðlafulltrúi snúið þessari grunnrannsókn upp í heillandi fréttatilkynningu, um mögulega lækningu á augna sjúkdómum eða þróun frumufars, en framfarir í vísindum gerst ekki með fréttatilkynningum heldur traustum rannsóknum sem þessari.

Mynd eftir Franzdóttur og félaga í Nature. Því miður er myndin með lélega upplausn, biðst forláts á því.

Heimild:

Sigrídur Rut Franzdóttir og félagar Switch in FGF signalling initiates glial differentiation in the Drosophila eye Nature 2009, 13 July 2009, doi:10.1038/nature08167.

 

 

Hvalir að skoða menn

Töluvert er rætt um um hvalveiðar og vernd þessa dagana. Mér finnst eðlilegt að nýta hvalastofnanna en hlýt samt að hrífast af hvölum sem stórbrotnum lífverum. Rétt eins og mér finnst kýr mikilfenglegar, sauðkindur sjarmerandi og ávaxtaflugur töfrandi. Það er mjög eðlilegt að hrífast af hvölum, stórum rólegum verum sem sinna afkvæmum sínum og blaka hreifunum eins og þeir séu að vinka manni.

Ég ætla ekki að dvelja lengi við, bara hvetja fólk sem langar til að hvíla sig á sólinni til að verja góðum hálftíma í að lesa grein um hvali, félagsatferli þeirra og sögur fólks sem rannsakar þá.

Watching Whales Watching Us eftir CHARLES SIEBERT, grein í New York Times, magazine 8 júlí, 2009. Má vera að skráningar sé þörf.