Fyrirlestrar: Ussuriland - hin rússneska Amazon

Ég vil vekja athygli ykkar á opnum fyrirlestrum, annars vegar á vegum Náttúrufræðifélags Íslands og hins vegar á vegum líffræðistofnunar HÍ. Næstkomandi mánudag mun líffræðingurinn Jón Már Halldórsson, (hjá Fiskistofu) flytja erindið

Ussuriland - hin rússneska Amazon.

Erindið verður flutt mánudaginn 31. janúar kl. 17:15 í stofu 132 í Öskju, Náttúrufræðihúsi Háskóla Íslands.  Aðgangur er öllum heimill og ókeypis. Úr tilkynningu:

Ussuriland, hin rússneska Amazon, eins og landkönnuðurinn Nikolai Przemwalski (1839-1888) kallaði svæðið sunnan Amur-fljóts og austan Ussuri-fljóts. Nafngift svæðisins er nú óðum að hverfa úr landafræðibókum en er þekkt í eldri bókum á sviði náttúrufræði og meðal rússneskra náttúrufræðinga. Á tímum kalda stríðsins var Ussuriland harðlokað umheiminum vegna nálægðar við hernaðarmannvirki rauða hersins en eftir hrun Sovétríkjanna hefur svæðið ásamt öðrum náttúruperlum þessa víðlenda ríkis opnast umheiminum. Vísindamenn, ferðamenn og því miður veiðiþjófar hafa fengið tækifæri á að komast inn á þessi svæði. Í Ussurilandi má sjá einstakan samruna fánu og flóru barrskóga Síberíu og laufskóga suður-Asíu og er svæðið tegundaauðugasta svæði Rússlands. Ussuriland er aðeins 0,9% af flatarmáli landsins en 24% spendýrategunda og 61% fuglategunda eiga heimkynni eða dveljast þar í skamman tíma við votlendi, sjávarströndina og í þéttum frumskógum Ussurilands. Á svæðinu er að finna mörg af fágætustu hryggdýrum Asíu t.d. Amur-hlébarða og Ussuri-tígrisdýrið, en Ussuriland er síðasta vígi þessara stærstu núlifandi kattardýra. Auk þess er mikill þéttleiki annarra tegunda sem eru fágætar annars staðar.

Föstudagsfyrirlestrar líffræðistofnunar háskólans eru einnig að fara í gang aftur eftir nokkura ára hlé. Þeir verða haldnir kl 12:30 í stofu 131 í Öskju, náttúrufræðihúsi HÍ. Þeir eru öllum opnir. Fyrstu fyrirlesararnir eru:

Ester Rut Unnsteinsdóttir sem fjallar um svæðisnotkun hagamúsa á Kjalarnesi (4. feb.)

Kesara A. Jónsson sem fjallar um erfðamengi melgresis og skyldra tegunda (11. feb.)

Valgerður Andrésdóttir sem fjallar um mæði og visnu veiruna (18. feb.)

Þessir fyrirlestrar verða nánar auglýstir síðar.

Spurning um vísindalega aðferð

Dæmi 1.

Háskóli auglýsir eftir vísindamanni til starfa.

Nokkrir umsækjendur eru um stöðuna.

Einn þeirra sýnir með yfirlýsingum sínum að hann skilur ekki eðli hinnar vísindalegu aðferðar, og hvernig þekking verður til í vísindum. Hann trúir því að sköpunarsinnar hafi eitthvað til síns máls.

Háskólinn ákveður að ráða annan umsækjanda.

Umsækjandi með ranghugmyndir tilheyrir hópi sem hefur fjársterka bakhjarla á einum væng stjórnmálanna, og kærir úrskurðinn og fær bætur í gegnum dómsátt. 

Dæmi 2.

Fyrirtæki auglýsir eftir bókhaldara.

Nokkrir umsækjendur eru um stöðuna.

Einn þeirra sýnir með yfirlýsingum sínum að hann skilur ekki eðli bókhalds og almenns reiknishalds, og hvernig stemma á af bókhald. Hann trúir því að anti-debit sinnar hafi eitthvað til síns máls, og vill ekki færa neitt í þann dálk í bókhald fyrirtækisins.

Fyrirtækið ákveður að ráða annan umsækjanda.

Umsækjandi með ranghugmyndir tilheyrir hópi sem hefur fjársterka bakhjarla á einum væng stjórnmálanna, og kærir úrskurðinn og ...?

Niðurstaða

Ef um er að ræða trúarlegar skoðanir - er líklegt að rökvísin þurfi að víkja.

Ekki eru líkur á að málið fari á æðra dómstig vegna þess að sátt var gerð milli Gaskells og Kentucky Háskóla. Það er miður, því nú munu fleiri sköpunarsinnar og aðrir með álíka ranghugmyndir geta sótt um störf við háskóla og átt von á sæmilegri sáttagreiðslu.

Nánari umfjöllun og heimildir:

Pharyngula Dawkins on Gaskell og Martin Gaskell was not expelled

NYTimes: Astronomer Sues the University of Kentucky, Claiming His Faith Cost Him a Job By MARK OPPENHEIMER Published: December 18, 2010

Pistil Gaskels MODERN ASTRONOMY, THE BIBLE, AND CREATION

Sköpunarsinni fær bætur

Óvísindaleg vinnubrögð

Vísindamenn þurfa að uppfylla nokkur skilyrði til að rannsókn þeirra geti talist árangursrík.

Það er mikilvægt að:

setja fram skýra rannsóknarspurningu,

leggja niður fyrir sér hvaða útkomur eru mögulegar og hvaða merkingu þær hafa fyrir rannsóknarspurninguna.

hanna tilraunina rétt t.d. skipa tilraunadýrum/sjúklingum af handahófi í hópa,

beita viðeigandi tölfræðiaðferðum og leiðrétta fyrir fjölda tölfræðiprófa,

meta niðurstöðurnar í ljósi viðtekinnar þekkingar.

Óskrifaða reglan er sú að vísindamenn séu vel að sér á sínu fræðasviði, viti um aðrar rannsóknir sem tekist hafa á við svipaðar spurningar, tilgátur sem settar hafa verið fram til að útskýra það fyrirbæri sem verið er að rannsaka, styrk og galla þeirra aðferða sem beitt hefur verið notaðar hafa verið. Þetta á allt að koma fram í tilvísunum í eldri greinar í inngangi tímaritsgreinarinnar sem kynnir niðurstöður viðkomandi rannsóknar.  Með öðrum orðum, vísindamenn eiga að temja sér fræðileg og fagleg vinnubrögð.

Nýleg samantekt Karen A. Robinson and Dr. Steven N. Goodman í Annals of Internal Medicine gekk út á að meta hversu vönduð vinnubrögð vísindamanna eru. Þau skoðuðu tilvísanir á milli greina um rannsóknir á tilteknum lyfjum. Þau völdu stórgreiningar (meta-analysis) - sem eru rannsóknir sem draga saman niðurstöður nokkura eldri rannsókna og meta heildaráhrif einhvers þáttar (eins og lyfs X á sjúkdóm Y). Þau athuguðu hversu margar af rannsóknum á t.d. lyfi X vitnuðu í fyrri rannsóknir á lyfi X. Það gefur vísbendingu um hversu vel fræðimennirnir voru að sér á sínu sérsviði. 

Aðeins helmingur af þessum lyfjaprófunum vitnuðu til eldri rannsókna, sem er ótrúlega lágt hlutfall. Spurning er hvað sé ástæðan, trúa vísindamennirnir því að þeirra rannsókn sé merkilegri en rannsóknir allra annara, eða eru þeir svona lélegir fræðimenn, illa lesnir, eða hreinlega óheiðarlegir?

Goodmann sagði í viðtali við New York Times að þetta getur hreinlega leitt til rangra ályktana:

If you are not citing the most similar studies, it is really hard to imagine that the evidence they provided played a role in the formulation of your hypothesis,

If the eighth study is positive, and the preceding seven were cold negative, is it proper to report that a treatment works? ...This may not be the fire, but it’s a heck of a lot of smoke.

Tölfræðin kennir okkur nefnilega að það er alltaf möguleiki að fá jákvæða niðurstöðu úr rannsókn - bara vegna TILVILJUNAR (oftast er miðað við alfa = 0.05, sem þýðir að 1 af hverjum 20 rannsóknum lítur út eins og jákvæð, þegar í raun var það bara hending að leik). Það dytti engum í hug að ráða vélvirkja sem myndi slumpast á að gera við einn af hverjum 20 bílum, bara vegna tilviljunar. Þess vegna skiptir mjög miklu máli að vísindamenn setji sínar niðurstöður í stærra samhengi, taki hliðsjón af svipuðum eða eins rannsóknum á sama vandamáli.

Skyldur vísindamanna eru að vinna sínar rannsóknir af mestu og bestu kostgæfni, og þar skiptir ekki minnstu fræðileg vinnubrögð (scholarship). Við vísindamenn þurfum að veita félögum okkar aðhald, sem er kannski erfitt á tímum þegar mælistikumennirnir krefjast þess að við birtum fleiri og þynnri greinar og útskrifum BS nema með hraði (án nokkurs tilkostnaðar).

Ítarefni:

NYTimes Trial in a Vacuum: Study of Studies Shows Few Citations by GINA KOLATA Published: January 17, 2011

Karen A. Robinson, Steven N. Goodman, A Systematic Examination of the Citation of Prior Research in Reports of Randomized, Controlled Trials Annals of Internal Medicine January 3, 2011 vol. 154 no. 1 50-55 

Hugmyndir um klónun loðfíla

Fréttablaðið birti stórkostlega frétt í gær um hugmyndir japanskra vísindamanna og samstarfsaðilla þeirra um að vekja loðfíla upp frá dauðum, með klónun.

Endurlífga útdauða tegund

VÍSINDI Japanskir vísindamenn ætla að freista þess að vekja loðfíla til lífsins á ný, 65 milljónum ára eftir að sú dýrategund leið undir lok.

Vísindamennirnir ætla að hefjast handa strax á þessu ári og stefna að því að ljúka verkinu innan fimm eða sex ára.

Meiningin er að fá frumur úr hræi af loðfíl, sem fannst í Síberíu fyrir nokkrum árum og er geymt í rannsóknarstöð í Rússlandi. Hræið er óvenju heillegt.

Ætlunin er að taka frumukjarna úr loðfílnum, setja hann í kjarnalausa eggfrumu úr venjulegum fíl og rækta þannig fóstur með erfðaefni loðfíls.- gb

Vísir.is birti fréttina líka undir sama titli, en leiðrétti síðan hinn augljósa miskilning síðdegis. 65 milljón ár urðu að tíuþúsundum árum.

Villan er komin frá Yahoo-pistlahöfundi (contributor, sem virðist vera virðulegt heiti á bloggari), sem birti útdrátt úr japanskri AFP fréttatilkynningu. Þetta sýnir þann hvískurleik sem alþjóðlegar fréttastofur og minni spámenn hér á klakanum taka þátt í. En þegar alvörunni/gamninu sleppir situr spurningin eftir...

er mögulegt að klóna loðfíl?

Rannsóknarhópurinn sem um ræðir inniheldur m.a. rússneska loðfílasérfræðinga. Loðfílar dóu út fyrir um 10.000 árum, en mörg hræ hafa varðveist merkilega vel í sífrera Síberíu. Lykilmenn í hópnum eru tveir japanir, Akira Iritani við Kyoto háskóla og Teruhiko Wakayama við Riken stofnunina.

Wakayama vinnur við að klóna mýs. Klónun felur í sér að kjarni úr líkamsfrumu, t.d. vöðva eða júgri er settur inn í egg sem erfðaefnið hefur verið fjarlægt úr. Wakayama og samstarfsmenn tóku kjarna úr vef músar sem hafði legið í frosti (-20°) í 16 ár, skutu honum inn í kjarnalaust egg. Árið 2008 birtu þeir grein sem lýsti því að eðlilegar mýs uxu úr slíkum fóstrum. Þetta sýnir að a.m.k. 16 ára gamlir kjarnar, geymdir við bestu aðstæður, eru nægilega heillegir til að taka þátt í þroskun.

Iritani er kominn á eftirlaun, en hefur einnig sýslað við æxlunarlíffræði og klónun músa. Hann og félagar birtu árið 2009 grein í tímariti japönsku vísindaakademíunar  þar sem þeir lýstu hreinsun á "heillegum" kjarna úr u.þ.b. 15000 ára gömlum loðfíl. Kjarnanum komu þeir fyrir í kjarnlausri músafrumu, og sögðu hann a.m.k. ekki hafa rofnað eða aflagast. Hins vegar gerðist ekker, loðfílskjarninn skipti sér ekki í músa-umfryminu (enda tæplega við því að búast - prótín músarinnar hafa tæplega passað við kjarna loðfílsins).

Félagarnir forvitnu í morgunútvarpi Rásar tvö, Guðmundur Pálsson og Freyr Eyjólfsson, plötuðu mig í viðtal um þetta mál í morgun. Ótrúlegt nokk, a.m.k. einn af nemendunum í þroskunarfræði var vaknaður þarna rétt rúmlega 7.

Frúin brýndi fyrir mér að vera ekki of neikvæður í útvarpinu (bráðnauðsynlegt ráð!) en ég get ekki metið málið öðru vísi en að hæpið sé að hægt verði að klóna loðfíl. Ástæðurnar eru, i) klónun krefst mjög margra eggja og staðgöngu-mæðra (þúsundir eggja og kannski hundruðir fílakúa), ii) prótínin í loðfílskjarnanum er líklega skemmd ef ekki ónýt, iii) erfðaefnið í loðfílskjarnanum er örugglega brotið upp og e.t.v. einnig stökkbreytt. Sannarlega væri mikilfenglegt að sjá loðfíl rölta niður Skólavörðustíg, en bévítans óvissuþættirnir benda til að það sé ólíklegur möguleiki.

Ítarefni:

Kato H, o.fl. Recovery of cell nuclei from 15,000 years old mammoth tissues and its injection into mouse enucleated matured oocytes. Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2009;85(7):240-7.

Wakayama S, o.fl. Production of healthy cloned mice from bodies frozen at -20 degrees C for 16 years. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Nov 11;105(45):17318-22. Epub 2008 Nov 3.

Skyldur pistill:

Barbapabbi mun ekki bjarga lífinu á jörðinni

Ágengar framandi lífverur eru umhverfisvandamál

Eftirfarandi grein birtist í fréttablaði dagsins (20. janúar 2011) og á visir.is.

Vistfræðifélag Íslands vill koma eftirfarandi á framfæri vegna ummæla talsmanna garðyrkju og skógræktar um drög að frumvarpi um breytingu á lögum um náttúruvernd, sem birst hafa í Fréttablaðinu undanfarna daga:

Þótt alltaf megi finna skiptar skoðanir meðal vísindamanna, má fullyrða að meðal vistfræðinga hérlendis sem erlendis er það viðhorf ríkjandi að útbreiðsla ágengra framandi lífvera geti haft mjög róttækar líffræðilegar afleiðingar. Þessi skilningur er alls ekki bundinn við þröngan hóp vísindamanna heldur er hann almennt viðurkenndur í samskiptum ríkja á alþjóðavettvangi. Þar ríkir sátt og samstaða um þá alvarlegu ógn sem steðjar að náttúrulegum vistkerfum vegna ágengra framandi lífvera. Er hún til komin af slæmri reynslu þjóða heims og endurspeglast meðal annars í fjölda alþjóðlegra samninga sem Ísland er aðili að og hafa það að markmiði að draga úr neikvæðum áhrifum manna á náttúru jarðar. Má nefna Samninginn um líffræðilega fjölbreytni, Bernarsamninginn, Ramsarsamninginn, hafréttarsamning Sameinuðu þjóðanna og alþjóðasamning um plöntuvernd.

Ágengar framandi tegundir eru taldar meðal helstu ógna náttúrulegra vistkerfa. Kemur þetta skýrt fram í Þúsaldarskýrslu Sameinuðu þjóðanna (Millenium Ecosystem Assessment), ályktun nefndar Alþjóðanáttúruverndarráðsins (IUCN) um tegundir í útrýmingarhættu og með greiningum á válistum mismunandi landa. Þá valda ágengar framandi lífverur gríðarlegu fjárhagslegu tjóni um allan heim en áætlað hefur verið að það nemi meira en 5% af vergri heimsframleiðslu. Til samanburðar lögðu ríki OECD að jafnaði 6,2% af vergri landsframleiðslu til menntamála (öll skólastig) árið 2007. Þá bendir allt til þess að vandamál í tengslum við ágengar framandi tegundir eigi eftir að aukast á heimsvísu á næstu árum. Til að spyrna gegn þessari þróun hafa margar þjóðir sett sérstök lög eða lagagreinar um framandi tegundir og reynt að takmarka innflutning þeirra. Er þetta gert af illri nauðsyn, ekki til að leggja stein í götu hagsmunaaðila.

Í vísindasamfélaginu er almenn sátt um það hvaða tegundir teljist framandi. Staðfestingu á því má m.a. sjá í efnislega samhljóðandi skilgreiningum á framandi lífverum í líffræðilegum orðabókum, alþjóðlegum samningum og samvinnuverkefnum, ritrýndum vísindagreinum, fræðibókum um ágengar framandi lífverur og löggjöf fjölda landa. Í þessu sambandi er bent á úttekt Falk-Petersen o.fl. sem birtist í tímaritinu "Biological Invasions" árið 2006 og samantekt á alþjóðlegum samningum og lögum sem sjá má á heimasíðu NOBANIS verkefnisins um framandi og ágengar tegundir í Norður- og Mið-Evrópu, www.nobanis.org. Ísland er þátttakandi í því verkefni.

Samkvæmt skilgreiningu er lífvera framandi ef menn hafa flutt hana viljandi eða óviljandi út fyrir sitt náttúrulega útbreiðslusvæði, þ.e. út fyrir það svæði sem lífveran gæti numið á náttúrulegan hátt án tilstilli manna, óháð því hvenær það gerðist. Reynslan hefur sýnt að um 10% framandi tegunda sem ná fótfestu í náttúrulegu umhverfi verða ágengar, þ.e.a.s. rýra líffræðilega fjölbreytni, valda efnahagslegu eða umhverfislegu tjóni eða verða skaðlegar heilsufari manna. Það er hins vegar tvennt sem gerir ágengar tegundir sérlega erfiðar viðfangs. Í fyrsta lagi getur reynst mjög erfitt að sjá fyrir hvaða tegundir verði ágengar þar sem tegundir haga sér oft allt öðruvísi á nýjum stað en þær gera í sínum náttúrulegu heimkynnum. Hegðun tegundar á öðrum svæðum þar sem hún telst framandi veitir þó vísbendingu um hvort hún verði ágeng. Í öðru lagi getur reynst mjög erfitt og kostnaðarsamt að losna við ágenga tegund ef beðið er með aðgerðir gegn henni þar til hún er orðin útbreidd og ekki fer milli mála að hún valdi tjóni. Fjölmörg vel rannsökuð dæmi eru um mjög alvarlegar og óafturkræfar neikvæðar afleiðingar ágengra tegunda. Þetta eru ástæður þeirrar varkárni sem boðuð er gagnvart framandi tegundum í alþjóðasamningum og regluverki.

Við endurskoðun íslenskra laga um náttúruvernd verður að teljast eðlilegt að samræma skilgreiningar við þá alþjóðasamninga sem Ísland er aðili að og taka mið af reynslu annarra þjóða varðandi framandi lífverur. Þess skal þó getið að í þeim drögum sem nú eru til skoðunar er alls ekki tekið fyrir allan innflutning framandi tegunda. Verði drögin að lögum verða útbúnir listar yfir tegundir sem ekki þarf að fá leyfi fyrir innflutningi eða dreifingu á. Þar sem þörf er á áhættumati verður innflutningur eða dreifing væntanlega leyfð ef litlar líkur eru taldar á að viðkomandi tegund verði ágeng. Þær fyrirbyggjandi aðgerðir sem finna má í núverandi drögum að frumvarpi um breytingu á lögum um náttúruvernd munu að áliti Vistfræðifélagsins draga verulega úr þeirri áhættu sem fylgir innflutningi og dreifingu framandi lífvera, íslenskri náttúru og skattborgurum í hag.
 

Stjórn Vistfræðifélags Íslands:
Ingibjörg Svala Jónsdóttir
Gísli Már Gíslason
Guðrún Lára Pálsdóttir
Lísa Anne Libungan
Tómas Grétar Gunnarsson

Starfshópur Vistfræðifélagsins um ágengar tegundir:
Menja von Schmalensee
Kristín Svavarsdóttir
Ása L. Aradóttir
Guðmundur Ingi Guðbrandsson
Hafdís Hanna Ægisdóttir
Ragnhildur Sigurðardóttir
Rannveig Magnúsdóttir
Róbert A. Stefánsson
Þóra Ellen Þórhallsdóttir

Ég fékk reyndar ekki leyfi til að eftirprenta greinina, en þykir ólíklegt að hreyft verði mótmælum.

Arfleifð Darwins: ritdómar

Fyrstu tveir ritdómar um Arfleifð Darwins birtust á undangengnum vikum. Annar þeirra ritaði Brynjólfur Þór Guðmundsson á miðjunni (23. des. 2010), og hinn var í Bændablaðinu (1. tbl. 2011, bls. 24) - sem er aðgengilegt á vefnum (höfundur ritdóms er JVJ).

Lokaorð ritdóms bændablaðisins:

Ástæða er til að hvetja allt áhugafólk um þróun liffræðilegs fjölbreytileika til að kynna sér vel efni þessarar bókar. Hún sýnir vel að kenningar Darwins hafa staðist tímans tönn og eru grundvöllur hugmynda í náttúruvísindum. Hér er komið ákaflega vandað verk sem á næstu árum hlýtur að verða grundvallarrit í þessum efnum fyrir íslenska lesendur.

Brynjólfur segir á Miðjunni:

Guðmundur Eggertsson skrifar svo dæmi sé tekið ágæta grein um uppruna lífs og rekur þar ýmsar kenningar sem hafa verið settar fram í þá veru, sumar sem hafa verið slegnar af og aðrar sem mönnum finnst enn koma til greina. Sennilega eru fáir ef nokkrir betur til þess fallnir en Guðmundur sem sendi einmitt fyrir fáeinum árum frá sér þá mjög svo ágætu bók Leitin að uppruna lífs.

Steindór J. Erlingsson skrifar um hvernig þróunarkenningunni var tekið á Íslandi í fyrstu. Þar er meðal annars að finna þennan gullmola í samantekt þar sem hann fjallar um hvernig Þorvaldur Thoroddsen sneri frá stuðningi við þróunarkenninguna: „Þegar horft er til baka á hin snöggu og algeru umskipti í heimspekilegri afstöðu Þorvalds til náttúrunnar, er freistandi að álykta að hann hljóti að hafa orðið geðveikur.“ Steindór lýsir því reyndar yfir strax í næstu setningu að þetta sé að öllum líkindum ekki raunin heldur megi rekja breytinguna til þróana í eðlisfræði, auk þess sem ótímabært andlát dóttur Þorvalds kann þar að hafa haft áhrif. Er þessi ritgerð nokkuð áhugaverð lesning um móttökur þróunarkenningarinnar hérna og af hverju afstaða manna kann að hafa stjórnast.

Fleiri greinar mætti að ósekju nefna þó það verði ekki gert hér að svo stöddu.

All nokkuð er af skýringarmyndum í bókinni og er það gott því á köflum mega lesendur hafa sig við til að fylgja þræði þó bókin sé vissulega ætluð áhugasömum almenningi. Þetta er kannski ekki mjög hentug lesning fyrir sólarströndina en áhugaverð bók fyrir þá sem vilja kynna sér efnið nánar og gott framtak að leggja fram svona greinasafn sem hvort tveggja heldur arfleifð Darwins á lofti og skýrir hana um leið. Greinarnar eru sem fyrr segir fjölbreyttar og þó viðbúið sé að þær geti vakið misjafnlega mikinn áhuga hjá hverjum og einum gefa þær ágætis vísbendingu um fjölbreytileikann í þessum efnum.

Að lokum má svo geta þess að kápuhönnun Bjarna Helgasonar[tengill AP] er afar vel heppnuð.

Áhugasömum er bent á að nokkrir af kaflahöfundum munu taka þátt í námskeiði á vegum Endurmenntunar HÍ, þar sem farið verður í valda kafla í bókinni og rætt um Charles R. Darwin og þróunarkenninguna í víðu samhengi.

Ritdómur Bændablaðsins er einnig aðgengilegur á pdf-formi á vefsíðu Steindórs J. Erlingssonar. Þar misrituðust reyndar nöfn tveggja kaflahöfunda, "Steindór J. Eiríksson" á að vera Steindór J. Erlingsson, "Agnar Pálsson" á að vera Arnar Pálsson.

Nýju fötin háskólans

Í tilefni hundrað ára afmælis Háskóla Íslands verður mikið um dýrðir á þessu ári. Heilmikil dagskrá var sett saman, nóbelsverðlaunahafar og heimsfrægir gestir koma og halda fyrirlestra, opnir dagar verða á öllum sviðum, fuglaskoðunarferðir, sýningar, ráðstefnur, fundir, fyrirlestrar, sprengingar og blóðþrýstingsmælingar svo einhver dæmi séu tekin.

Meðal annars mun Kári Stefánsson, forstjóri Íslenskrar Erfðagreiningar (útgáfu 2) halda fyrirlestur um mannerfðafræði (laugardaginn 15.janúar 2011 kl 15:00), sjónvarpsmaðurinn kunni David Suzuki heldur fyrirlestur 4. apríl um öfl náttúrunnar og Elizabeth Blackburn, sem fékk nóbelsverðlaun ásamt samstarfsmönnum sínum Carol Greider og Jack Szostak fyrir að uppgötva ensím-RNA-flóka sem verndar litningaenda, heldur fyrirlesturinn Telomerar og Telomerasar: Hvernig hafa þeir áhrif á heilsu manna og sjúkdóma? 21. maí.

Titill erindis Kára er hönnun manns – hvernig maðurinn skapast af samspili erfða og umhverfis. Mér finnst seinnihluti nafns fyrirlestursins betri en sá fyrri, vegna þess að samspil erfða, umhverfis og tilviljunar skipta mestu um eiginleika og afdrif lífvera. Sumir eiginleikar eru með hátt arfgengi en aðrir lágt, aðrir ráðast af umhverfi eða hreinni tilviljun. Ungt fólk skilgreinir sig gjarnan út frá tónlist, það er líklegra að ungur nútíma piltur hallist að rímum Erps eða Eminems en jafnaldri hans frá miðri síðustu öld varð líklega að skilgreina sig sem Elvismann eða Ólafs Gauks. Í öðrum tilfellum er það alger tilviljun hvað fólk hlustar á, heyrir í the Triffids í kvikmynd eða Grieg hjá rakaranum.

Vissulega hafa erfðaþættir áhrif, en byltingin í mannerfðafræði á síðasta áratug staðfestir það sem þróunarfræðin og erfðafræðingar vissu, að flestar stökkbreytingar hafa væg áhrif. Bróðurpartur þeirra gena sem fundist hefur á þessari gullöld mannerfðafræðinnar hefur lítil áhrif, eykur líkurnar um sjúkdóm kannski um nokkra tugi prósenta. ÍE, ásamt Broad Institute og Wellcome Trust hafa leitt þessa byltingu í mannerfðafræði, og saman hafa þessir aðillar fundið flest af þeim mannagenum sem skilgreind hafa verið á síðustu 5 árum.

Helsta framlag Decode (geymum umræðuna um kostnað) er samt ekki í fjölda gena, heldur í genakortinu og í byltingakenndri aðferð til að ráða í uppruna stökkbreytinga. Það er, þeir þróuðu aðferð til að finna út hvort að tiltekin stökkbreyting sem situr á ákveðnum litningabúti kom frá föður eða móður, án þess að skoða arfgerð foreldranna. Þetta nýtist meðal annars til þess að kortleggja erfðaþætti sem hafa mismunandi áhrif, eftir því hvort þeir koma frá móður eða föður. Foreldramörkun er þekkt í nokkrum tilfellum og tilraunalífverum en Augustine Kong og félagar hjá ÍE fundu leið til að skima fyrir slíkum áhrifum í öllu erfðamenginu.

Nú er ÍE að raðgreina erfðamengi nokkur þúsund íslendinga og stefnir á að samþætt þær upplýsingar gögnum um erfðasamsetningu 40000 einstaklinga og ættatré þeirra. Þetta er hluti af næsta skrefi í erfðafræði, þegar heil erfðamengi verða raðgreind og rannsökuð (e.t.v. á nokkrum dögum). Þá er mjög, mjög mikilvægt að átta sig á því að genin hafa lítil áhrif og að enginn er "dæmdur til hjartaáfalls" við það að vera arfhreinn um einn ákveðinn basa á litningi 9.

Nýju fötin háskólans 

Þegar drög að afmælisárinu voru kynnt starfsfólki HÍ var lögð áhersla á tvennt. Alla venjulega starfsemi sem fram fer innan skólans skal klæða í afmælisföt. Venjulegur föstudagsfyrirlestur Líffræðistofnunar verður fyrirlestur í tilefni afmælisárs HÍ. Háskólinn hefur undanfarin ár lagt auka fé í sjóð, til að geta staðið fyrir afmælisdagskrá - vegna þess að ríkið gefur ekkert til skólans að þessu tilefni. Í staðinn er fjárveiting til HÍ (eins og annara háskóla) skorin niður, um 15-25% á næstu þremur árum. Háskólarektor kynnir nýja stefnu, með glæsilegum markmiðum og glansandi yfirsýn - fjársjóð til framtíðar. Talað er um það langtímamarkmið að koma HÍ á lista yfir 100 bestu háskóla heims, sem er svona álíka raunhæft og plan ísfirskra heimsvaldasinna að ná völdum í Bandaríkjunum og leggja undir sig sólina. Þessi nýja stefna er ekkert nema glansmynd, svipuð því úttektum menntamálaráðaneytisins á fjármagni til rannsókn og þróunarstarfs hérlendis.

Það var rætt á kaffistofunni í gær að menntamálaráðaneytið hafi tvítalið fjármagn til rannsókna í samantektum um nýsköpun og rannsóknir á Íslandi. Þeir telja krónur sem Rannís útdeilir í rannsóknaverkefni og síðan aftur þær krónur sem HÍ, Matís eða HR fá til rannsókna (frá Rannís). Að auki hafa þeir til margra ára talið Hafrannsóknarstofnun með og allan fjáraustur ÍE (sem íslenskir tómstundafjárfestar borguðu glöðu geði).

Útlit en ekki innihald var uppskrift af hruni bankanna. Kannski erum við íslendingar eða mannfólk yfir höfuð svo grunnhyggin að glepjast af skrumi og skýjaborgum en látu hjá líðast að meta efnislegt innihald. Þessi pistill þróaðist öðruvísi en upp var lagt með. Nú er ég kominn í þunglyndi yfir íslenskum sýndarveruleika og sný mér að skemmtilegri hlutum, breytileika í stjórnröðum.

Hvað í skollans nafni er tegund?

Til að geta verndað líffræðilega fjölbreytni þurfum við að skilja öflin sem móta hann. Þetta er inntakið í samtali Péturs Halldórssonar og Bjarna Kr. Kristjánssonar í Tilraunaglasinu föstudaginn 7. janúar 2011.

Bjarni fjallar um skilgreiningar á tegundum, fjölbreytileika í vistkerfum og verndun. Bjarni er einn af ritstjórum bókarinnar Arfleifð Darwins, sem örlítið hefur verið fjallað um á þessu bloggi.

Nokkrir af höfundum kafla í bókinni munu taka þátt í námskeiði á vegum Endurmenntunar HÍ, þar sem farið verður í valda kafla í bókinni og rætt um Charles R. Darwin og þróunarkenninguna í víðu samhengi.

RNA skák

Kjarnsýrurnar DNA og RNA eru með ótrúlegustu sameindum veraldar. DNA er örmjór þráður byggður úr tveimur sameindum sem tvinnast saman og parast með efnahópum (bösum). Það er DNA er tvíþátta. Í erfðamengi okkar eru 24 (25 í körlum) mismunandi litningar, 22 A-litningar, kynlitningarnir X og Y og litnisörverpi í frumulíffæri sem kallast hvatberi.

RNA er myndað eftir DNA í ferli sem kallast umritun. RNA sameindir geta ýmist þjónað sem mót fyrir prótínmyndum (það eru mRNA sameindir: m-ið stendur fyrir enska orðið messenger) eða starfað sjálfar.

RNA sameindir eru einþátta og mynda því ekki einfaldan þráð heldur krullast þær um sjálfan sig, á ófyrirsjáanlegan hátt. Þegar sameindir hegða sér á þann hátt komum við að takmörkunum stærðfræði og tölvunarfræði - því möguleikarnir á samsetningum verða stjarnfræðilega margir. Svona dálítið eins og í skák.

EteRNA (eterna.cmu.edu/content/EteRNA) er nýtt forrit sem gerir annars dagfarsprúðu fólki að framkvæma tilraunir á RNA byggingu. Með því að para saman basa, setja saman lykkur og að endingu nýjar sameindir. Forritið er nokkurskonar leikur, þar sem maður lærir á grunnatriði í byggingu RNA sameinda, og fær að byggja sameindir frá grunni (í tölvu auðvitað). Þeir krydda ævintýrið með því að efna til samkeppni, þar sem sá sem bjó til stöðugustu sameindina þá vikuna fær hana framleidda og prófaða á tilraunastofunni.

Mynd af wikimedia commons - tRNA sameind.

Ef einhver með guðlegar tilhneygingar langar til að búa til lífverur, þá er RNA góð byrjun*. Þróunarfræðingar og sameindalíffræðingar færðu í lok síðustu aldar rök fyrir því að snemma í sögu lífsins á jörðinni hafi RNA verið grundvallasameind þar sem RNA getur bæði verið erfðaefni og lífhvati. Það var talað um RNA veröldina sem rann sitt skeið. En í raun fór RNA aldrei neitt, það er grundvöllur í mörgum kerfum frumunnar, tRNA og rRNA eru hluti af prótínmyndunarkerfinu, viðhald litningaenda krefst RNA sameinda og mRNA verkun og styrk er stýrt að miklu leyti af RNA sameindum (snRNA, miRNA, piwiRNA og lincRNA).

Ítarefni:

RNA Game Lets Players Help Find a Biological Prize, John Markow, NY Times 10. janúar 2011.

*Vill taka fram að þetta er grín, það eru engin þörf fyrir að vísa til yfirnáttúrulegra skýringa á tilurð, eiginleikum eða fjölbreytileika lífvera.

Mér er ekki sama...

Byltingakenndar ályktanir krefjast stórkostlegra gagna.

Grein sem mun fljótlega birtast í The Journal of Personality and Social Psychology ályktar að fólk geti spáð fyrir um framtíðina. Niðurstöðurnar er fengnar úr prófunum á 1000 manns og virðast benda til þess að fólk geti spáð fyrir um handahófskennda atburði eða atburði sem muni gerast í framtíðinni.

Ég hef ekki séð greinina eða prófin sem framkvæmd voru, og treysti á umfjöllun NYTimes (Journal’s Paper on ESP Expected to Prompt Outrage).

The paper describes nine unusual lab experiments performed over the past decade by its author, Daryl J. Bem, an emeritus professor at Cornell, testing the ability of college students to accurately sense random events, like whether a computer program will flash a photograph on the left or right side of its screen. The studies include more than 1,000 subjects.

Some scientists say the report deserves to be published, in the name of open inquiry; others insist that its acceptance only accentuates fundamental flaws in the evaluation and peer review of research in the social sciences.

“It’s craziness, pure craziness. I can’t believe a major journal is allowing this work in,” Ray Hyman, an emeritus professor of psychology at the University Oregon and longtime critic of ESP research, said. “I think it’s just an embarrassment for the entire field.”

The editor of the journal, Charles Judd, a psychologist at the University of Colorado, said the paper went through the journal’s regular review process. “Four reviewers made comments on the manuscript,” he said, “and these are very trusted people.”

All four decided that the paper met the journal’s editorial standards, Dr. Judd added, even though “there was no mechanism by which we could understand the results.”

But many experts say that is precisely the problem. Claims that defy almost every law of science are by definition extraordinary and thus require extraordinary evidence. Neglecting to take this into account — as conventional social science analyses do — makes many findings look far more significant than they really are, these experts say.

Mér finnst samt eðlilegt að svona byltingakennd niðurstaða sé studd af frekari gögnum, en ekki bara rannsóknum eins manns. Það ætti að vera nægilega auðvelt að endurtaka tilraunirnar og sannreyna þær frekar. Það er mjög algengt að líffræðingar séu beðnir um að gera auka-tilraunir, eða endurtaka ákveðnar tilraunir ef yfirlesarar eru ekki sáttir.