Góð ábending frá Sölva

Það er mikilvægt að spyrja hvers vegna geðlyfjanotkun er svona mikil hérlendis?

Því miður er vandamálið ekki bara bundið við Ísland, bandaríkjamenn hafa þurft að kljást við svipaðan vanda og treysta að miklu leyti á lyfjagjöf.

Blaðamaðurinn Robert Whitaker hefur kannað þessi mál í bandaríkjunum og ritað um það tvær bækur ( Mad In America og Anatomy of an epidemic). Þær eru reyndar umdeildar, en mörg af þeim atriðum sem hann tiltekur eru það alvarleg að ekki er hægt að láta kurt liggja.

Hérlendis hefur Steindór J. Erlingsson beitt sér á þessu sviði, og m.a. gagnrýnt misvísandi upplýsingar frá lyfjafyrirtækjum. Ég bendi áhugasömum á fjölda ágætra greina Steindórs um þessi mál.

Besta útlistun á vandamálunum sem plaga lyfjageirann og heilbrigðiskerfið er bók Ben Goldacre's Bad Pharma. Ég las hana fyrir áramót og er byrjaður á ritdómi, en efnið er svo mikið að því verður ekki gerð skil í stuttum pistli á bloggsíðu.

Á geðlyfjum árum saman

Veröld hins verulega skrýtna - hringlaga RNA sameindir

Grunnsetning sameindalíffræðinnar er að upplýsingar eru geymdar í DNA, eru afritaðar í RNA sem síðan er þýtt yfir í prótín.

DNA -> RNA -> Prótín

Reyndar eru þekkt nokkur frávik frá þessari grunnsetningu, eins og t.a.m. víxlriti HIV og skyldra veira. Ensímið getur nefnilega búið til DNA afrit frá RNA móti, og þar með flutt upplýsingar "á móti straumnum".

Á síðustu 2 áratugum hefur einnig komið í ljós að  í frumum eru fleiri RNA sameindir, sem gegna mikilvægum hlutverkum. Hér er ekki átt við rRNA, tRNA og áþekkar sameindir sem eru nauðsynlegar við framleiðsluprótína, heldur miRNA, piwiRNA og lincRNA sem gegna bæði stjórnhlutverkum og öðrum.

Nýjasta undrið í þessum efnum eru hringlaga RNA sameindir.

Aðferðir sem beitt hefur verið til að finna og skilgreina RNA sameindir byggja nær allar á því að líma tengla á lausa enda RNA. En hringlaga sameindir eru ekki með neina lausa enda. Þannig að hefðbundnar aðferðir geta treglega greint þær.

Þessum hringlaga RNA sameindum (circRNA) var fyrst lýst í grein í PLoS one, og í vikunni birtu tveir óháðir hópar ítarlegar rannsóknir á þeim í Nature.

Eðlilegt er að spyrja - hvaða hlutverki þær gegni?

Vísbendingar eru um að þær geti virkað bælandi á miRNA stjórnsameindir. Þær bæla þá virkni miRNA sem bæla tjáningu ákveðinna gena. Þetta er reyndar alþekkt fyrirbæri í sameindalíffræði og þroskun, það eru auðveldara að bæla bælinn, en að örva beint.

Mynd úr grein Salzman og félaga í Plos One 2012 sýnir tvö líkön sem þeir prófuðu. Gögnin fella líkan 1 og styðja líkan 2 - um hringlaga RNA sameindir.

Ítarefni:

Salzman, J., Gawad, C., Wang, P. L., Lacayo, N. & Brown, P. O. Circular RNAs Are the Predominant Transcript Isoform from Hundreds of Human Genes in Diverse Cell Types PLoS ONE 7, e30733 (2012). doi:10.1371/journal.pone.0030733

Memczak , S. et al. Nature http://dx.doi.org/10.1038/nature11928 (2013).

Hansen, T. B. et al. Nature http://dx.doi.org/10.1038/nature11993 (2013).

Umfjöllun Heidi Ledfo  Circular RNAs throw genetics for a loop Nature  494, 415 (28 February 2013) doi:10.1038/494415a

Vel heppnað málþing um Tilviljun og nauðsyn

Þann 8. febrúar 2013 stóð Líffræðistofa HÍ fyrir málþingi um bók Jacques Monod Tilviljun og nauðsyn. Fjölmargir áhorfendur hlýddu á fjögur stutt erindi tengd efni bókarinnar og höfundinum. Hið íslenska bókmenntafélag gaf Tilviljun og nauðsyn út í lok árs 2012.

Þýðandinn, Guðmundur Eggertsson prófessor emeritus, hélt erindi um lífshlaup höfundar og tilurð þýðingarinnar. Guðmundur byrjaði að þýða bókina fyrir þremur áratugum, í samstarfi við Þorstein Gylfason heimspeking. Guðmundur tók síðan upp þráðinn þegar hann hafði lokið við bækurnar Líf af lífi og Leitin að uppruna lífs og kláraði þýðinguna í samstarfi við Björn Þorsteinsson heimspeking, annan ritstjóra lærdómsrita Hins íslenska bókmenntafélags, ritstýrði útgáfunni. Guðmundur sagði einn frá sínum persónulegu kynnum af Monod, en hann hélt einmitt erindi við Yale háskóla þegar Guðmundur vann þar að doktorsverkefni sínu.

Ólafur S. Andrésson prófessor í erfðafræði við Háskóla Íslands kynnti vísindi Monods. Hann lýsti rannsóknum Monod á sykurnámi Eschericia  coli gerla, sem hann fékk metið til doktorsprófs frá Sorbonne háskóla. Í kjölfarið gerðu Monod og samstarfsmaður hans Francois Jacob frekari rannsóknir á sykurnámi E. coli, og sýndu að gerilinn stýrði myndun ensíma eftir því hvaða sykur var í umhverfinu. Sú hugmynd að lífverur gætu stýrt tjáningu gena olli straumhvörfum í líffræði. Þeir félagar og samlandi þeirra Andre Lwoff fengu Nóbelsverðlaunin 1965 fyrir að uppgötvanir sínar á genastjórnun. Monod velti fyrir sér sameindalíffræði í víðu samhengi í bók sinni Tilviljun og nauðsyn sem kom út árið 1970.

 

Monod var umhugað um að kveða niður lífhyggju (vitalism) og velti einnig fyrir sér stöðu mannsins í alheiminum. Björn Þorsteinsson sérfræðingur við Heimspekistofnun HÍ ræddi hugtak Monods um „siðfræði þekkingarinnar“. Jafnframt fjallaði Björn um samband hugtaksins við skoðanir Monods á samfélagsmálum.

 

Luc Fuhrmann sendiráðunautur flutti einnig stutta hugvekju um áhrif og félagslegt samhengi bókar Monod á Frakkland á tímamótum gamalla og nýrra gilda.  Eva Benediktsdóttir, forseti Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ var fundarstjóri.

 

Að erindum loknum var boðið upp á léttar veitingar, og gátu gestir rætt og reifað málin.

 

Ljósmynd af Guðmundir Eggertsyni tók Einar Garibaldi - höfundaréttur er Einars. Picture copyright Einar Garibaldi.

 

Guðmundur Eggertsson var í viðtali í Víðsjá 5 febrúar 2013. Þar sagði hann meðal annars að Monod geri mikið úr þætti tilviljunarinnar í þróun lífsins (og etv. starfsemi).  

 

Málþingið var styrkt af

Sendiráði Frakklands á Íslandi

Líffræðifélagi Íslands

Örverufræðifélagi Íslands

Mannerfðafræðifélagi Íslands

Verk og náttúruvísindasviði HÍ

Gróco ehf

ORF líftækni

Hinu Íslenska bókmenntafélagi

GPMLS við HÍ

Nýr prófessor og litlar RNA sameindir í bleikju

Tvö erindi um líffræði verða í HÍ í seinni hluta vikunnar.

Í dag flytur Guðmundur Ó. Hreggviðsson svokallaðan innsetningarfyrirlestur, af því tilefni að hann hefur verið skipaður prófessor við HÍ. Guðmundur starfar við Líf og umhverfisvísindadeild HÍ og Matís. Rannsóknir hans hafa verið á mörgum sviðum örverufræði, sameindalíffræði og stofnvistfræði.

Erindið hefst kl. 15:00 í stofu 132 í Öskju, náttúrufræðihúsi HÍ. 

Föstudaginn 1. mars heldur Kalina H. Kapralova erindi um tengsl miRNA sameinda við þroskun bleikju.

Erindið kallast Are miRNAs involved in the morphological diversity of Icelandic Arctic charr? Hluti ágrips:

The small non-coding micro-RNAs (miRNAs) have over the past decade emerged as a major class of developmental regulators. Although their sequences appear to be  highly conserved among taxa, miRNAs often exhibit temporal and spacial differences in expression between species. In this study we are looking into the differential miRNA expression during the development of two contrasting morphologies of Arctic charr (small bentic charr from lake Thingvallavatn and Arctic charr from a stable aquaculture line (Hólar)). We sampled each morph at several time points during development and selected four time points, based on key events in craniofacial development, for high-thoughoput small-RNA sequencing.

Mynd af bleikjufóstri var tekin af Kalinu (picture copyright - Kalina H. Kapralova).

Kalina er doktorsnemi við Líf og umhverfisvísindadeild og er leiðbeinandi hennar Sigurður S. Snorrason. Rannsóknarverkefnið er hluti af stærra verkefni sem miðar að því að finna þroskunalegar ástæður fjölbreytileika íslenskra bleikjuafbrigða (developmental bases of morphological diversity in Icelandic Arctic).

Önnur erindi líffræðistofu vorið 2013 verða auglýst á vef Líf og umhverfisvísindastofnunar.

Erindið verður flutt á íslensku, í stofu 131 í Öskju, náttúrfræðahúsi HÍ. Aðgangur er ókeypis og allir eru velkomnir með húsrúm leyfir.

Nemendur eru sérstaklega hvattir til að mæta

Íslenskt landslag og kerfi frumnanna

Í dag mánudaginn 25. febrúar 2013 eru tvö erindi af líffræðilegum toga í HÍ.

Þóra Ellen Þórhallsdóttir og Þorvarður Árnason flytja erindi í boði Hins íslenska náttúrufræðifélags sem kallast Íslenskt landslag, lýsing þess og flokkun eftir sjónrænum eiginleikum. Erindið verður kl 17:15 í stofu 132 í Öskju (náttúrufræðihúsi HÍ). Úr ágripi:

Í fyrirlestrinum verður sagt frá Íslenska landslagsverkefninu en markmið þess var tvíþætt: 1) að þróa aðferðir til að lýsa og flokka landslag eftir eðlisrænum og sjónrænum eiginleikum og 2) að nota þessa aðferð á stórt úrtak svæða til að fá fram grófa en heildstæða flokkun fyrir allt Ísland. Alls hefur nú verið safnað gögnum frá hátt í 200 svæðum. Ríflega 20 ólíkar breytur eru metnar, meðal annars um grunnlögun landsins, víðsýni, línur, form, mynstur og áferð í landi og breytileiki í hæð. Fjölgreiniaðferðir voru notaðar til að greina meginflokka íslensks landslags en þeir eru 11 samkvæmt niðurstöðum verkefnisins.

Fyrr um daginn mun Karsten Zengler gestaprófessor við Líf- og umhverfisvísindsdeild og starfsmaður kerfislíffræðiseturs ræða rannsóknir sínar. Erindi hans kallast: Systems biology approaches to elucidate direct electron transfer mechanisms. Úr ágripi:

The ability of microorganisms to exchange electrons directly with their environment has large implications for our knowledge of industrial and environmental processes. For decades, microbes have been known to use electrodes as electron acceptors in microbial fuel cell settings. Recently, is has been shown that microorganisms are also capable to accept electrons directly from an electrode and to use this energy to fix carbon dioxide for the production of multi-carbon molecules (microbial electrosynthesis). The origin of these industrially relevant processes probably lies in the ability of microorganisms to transfer electrons directly between each other. Analysis of multi-omics data in the context of genome-scale models for single species as well as microbial consortia enables us to decipher the underlying mechanism and cellular requirements prerequisite for direct electron transfer

Erindi Karstens hefst kl 13:15 í stofu 132 í Öskju.

Stuð í samskiptum blóma og býflugna

Af einhverri ástæðu eru blóm og býflugur oft notaðar sem einfallt dæmi um kynlíf, m.a. þegar fræða þarf ungu kynslóðina.

Býflugurnar og blómin eru hins vegar einnig dæmi um samþróun (co-evolution). Það er vegna þess að nútildags eru margar býflugur frjóberar, sem hjálpa blómunum við fjölgun sína. Í staðinn fá þær næringu í formi blómasafa.

Þessi samvinna gagnast báðum tegundum, og leiðir til samstilltrar þróunar þeirra. Til dæmis, ef einhver breytileiki í eiginleika blómsins hagnast flugunni, er hann valinn ef  hann leiðir einnig til hærri hæfni blómsins. T.d. ef stökkbreyting gerir blómið ilmfegurra eða greinilegra fyrir fluguna, þá koma fleiri flugur og sækja frjókorn í það. Það eykur hæfni stökkbreytingarinnar sem stuðlar að ilmfegurð, og þróun á sér stað.

Fjölmargir eiginleikar blóma og flugna eru afurðir slíkrar samþróunar (litir, lögun og ilmur blóma, ranar og munnpartar flugna). Nýjasta dæmið kann að vera hæfileiki hunangsflugna til að greina rafspennu í blómum. 

Í vikunni birtist rannsókn í Science sýnir að hunangsflugur geta skynjað rafspennu í blómum (sjá tengil neðst). Spennan breytist eftir að fluga sest á blómið (og sýgur safa). Það er mikilvægt fyrir flugurnar að eyða ekki orku í að setjast á og sjúga tóm blóm.

Það er ekki jafn augljóst hvað blómið græðir á því að senda út skilaboð um að það sé enginn safi til staðar?

Í það minnsta er hægt að álykta að það sé stuð í samskiptum blóma og býflugna.

Bees and plants communicate via electric signals, say scientists Press association The Guardian

 Detection and Learning of Floral Electric Fields by Bumblebees Dominic Clarke, Heather Whitney, Gregory Sutton, and Daniel Robert Science 1230883Published online 21 February 2013 [DOI:10.1126/science.1230883]

Reyndar er grein þessi í lokuðum aðgangi, þannig að ég hef ekki náð að lúslesa aðferðir og niðurstöður. Pistill þessi er ritaður með þeim fyrirvara.

Fjölbreytileiki hryggdýra og síldarstofna

Menn hafa frá örófi alda velt fyrir sér mismun á ólíkum dýra, sveppa og plöntutegundum. Tilurð þessa mismunar var lengstum ráðgáta, þar til Charles R. Darwin og Alfred R. Wallace komu fram með hugmyndina um þróun vegna náttúrulegs vals.

Kjarninn í hugmyndum þeirra er sá að breytileiki er á milli einstaklinga. Í hópi lífvera, t.d. síldarstofni, er munur á einstaklingum og ef munurinn er arfgengur að hluta, þá getur stofninn þróast.

Í þessari viku áttu að ver tvö erindi við líffræðistofu HÍ sem fjalla um breytileika milli einstaklinga og tegunda. Erindi Herbert H.T. Prins prófessor við Wageningen University í Hollandi (og gestaprófessor við Dept. Ecology and Evolutionary Biology,  Princeton University), The future of mammal diversity fellur niður.

--------------------

Lisa Anne Libungan, doktorsnemi hjá Snæbirni Pálssyni við Háskóla Íslands vinnur að verkefni í samstarfi við Hafrannsóknarstofnun. Hún mun fjalla um aðgreiningu síldarstofna í NA-Atlantshafi (Stock identification of herring in the NE-Atlantic). Erindi hennar verður föstudaginn 22. febrúar kl. 12:30 í stofu 131 í Öskju. Lisa fjallar um rannsókn sína á formi kvarna, sem hún hefur notað til að greina mun á milli undirstofna síldar í norður Atlantshafi. Úr ágripi:

Atlantic herring (Clupea harengus) may have the most complex stock structure of any marine fish species where stocks are defined based on where and when they spawn. Atlantic herring often share the same morphological body features regardless of origin, making it problematic to estimate the contribution of each stock in mixed fisheries.

Otoliths are earstones located in the inner ear of teleost fishes and their shape has been used for species and stock identification. The otolith shape is affected both by genetic factors and the characteristics of the area inhabited by the fish throughout its life. Using otoliths as a phenotypic marker is particularly practical because they are routinely collected for stock assessment purposes and therefore no additional sampling is needed.

Mynd af kvörnum var tekin af Lísu Libungan - picture copyright Lisa Anne Libungan.

Önnur erindi líffræðistofu vorið 2013 verða auglýst á vef Líf og umhverfisvísindastofnunar.

Erindið verður flutt á íslensku, í stofu 131 í Öskju, náttúrfræðahúsi HÍ. Aðgangur er ókeypis og allir eru velkomnir með húsrúm leyfir.

Leiðrétting. Pistillinn var lagfærður eftir að fyrirlestur Herberts Prins féll niður.

Aðalfundur Líffræðifélags Íslands 20. febrúar 2013

Aðalfundur Líffræðifélags Íslands verður haldinn í Öskju, Náttúrufræðahúsi
Háskóla Íslands, kaffistofu starfsfólks, þann 21. febrúar næstkomandi kl.
20.00.

Félagsmenn eru hvattir til að mæta.

Dagskrá:
Fjármál félagsins.
Kosning stjórnar.
Starfið á árinu 2013.
Önnur mál.

Síðustu ár hefur starf félagsins aðallega snúist um Líffræðiráðstefnuna sem haldin er á tveggja ára fresti. Hún var síðast haldin í nóvember 2011, og liggur fyrir að halda hana nú í árslok.

Allir að styrkja uBiome

Nú er hægt að rannsaka örverur í meltingarveginum með aðferðum erfðamengjafræðinnar.

Margvíslegar rannsóknir eru stundaðar í þessu forvitnilega fagi.

Umfjöllun Joe Palca hja NPR kynnti nýjan vinkil á þessum rannsóknum, og rannsóknum yfirleitt.

Vísindamennirnir sem standa að uBiome  létu hattinn ganga. Þeir báðu almenning um pening, til að stunda rannsóknir á örverum í iðrum. Almenningur tók tilboðinu vel og hafa lagt $600.000 í hattinn.

Útfærslan er smá skemmtileg, því styrkjendur fá einnig sína eigin örveruflóru greinda. Vísindamennirnir fá pening og efnivið, og styrkjendur nýja sýn á sinn innri mann.

Ítarefni:

Scientists Pass The Hat For Research Funding by Joe Palca February 14, 2013

 

Vísindamaður í stöðu páfa

Besta lesning morgunsins er atvinnuumsókn Dean Burnett um starf páfa.

Dean er vísindamaður í lausamennsku, reyndar trúlaus en samt mörgum kostum gæddur. Atvinnuumsókn hans birtist á vef The Guardian nú í morgunsárið.

Pope resigns, scientist applies for job

Nokkrir góðir molar úr umsókninni:

Dear Sir/Madam/Holy Ghost

I am very interested in applying for the recently announced vacancy for the position of pope....

Although I am not a practising member of the Catholic (or any other) Church, I am a qualified and enthusiastic scientist. I believe this makes me an ideal choice for the next pope, for a number of reasons. For example, I have had many jobs where it is compulsory to wear a white coat, and the wearing of long white garments appears to be the main duty of the pope. I also regularly lecture on the subject of neuroscience, so am extensively experienced at speaking in an unfamiliar language to rooms full of people who are struggling to stay awake, so it would be no trouble for me to offer Mass whenever required.

I am not a cardinal, but a recent check of my wallet reveals that I still have a membership cards for both GAME, Blockbuster Video and MVC, showing that I am clearly dedicated to declining institutions and have a robust if unrealistic belief in resurrection....

I can also turn water into wine, which is viewed as more of a "classic" miracle. It takes some time as it involves me pouring the water onto grapevines before growing, picking, sorting, crushing, fermenting, maturing, bottling and selling. But overall, it's definitely water being turned into wine. With Science! (Unless that doesn't count as a miracle, in which case it's clearly magic).