Hvar er genið mitt tjáð?

Stundum ber svo við að maður landar geni en veit fjarska lítið um það.

Ein fyrsta spurningin sem kemur upp í hugan er, hvar er genið tjáð?

Tjáning er margþætt ferli, en fyrst er myndað mRNA afrit af geninu, í ferli sem kallast umritun (transcription).

Nútildags eru til nokkrar góðar aðferðir til að meta umritun á erfðamenginu í heild sinni, t.d. í ákveðnum vef eða þroskastigi. Úr slíkum rannsóknum verða til fjarska stór gagnasett, sem spanna kannski 25000 gen í 100 vefjum. Einnig hafa verið gerðar skimanir fyrir ákveðnum prótínafurðum í vefjum, frumugerðum og krabbameinsfrumum.

Sem betur fer eru til tól til að leita í þessum gagnasettum.

BioGPS.org

Gene expression Atlas á EBI (http://www.ebi.ac.uk/gxa/)

Flyatlas (http://flyatlas.org/)

Human protein atlas (http://www.proteinatlas.org/)

Allen brain atlas (http://www.brain-map.org/)

Encyclopedia of DNA Elements 

Model organism ENCODE (http://www.modencode.org/)

Ágengar framandi tegundir í speglinum

Óskar Sindri Gíslason  hefur rannsakað  framandi tegundir í sjónum við Ísland. Hann hefur einnig kynt sér þætti sem tengjast því hvort tegund verður ágeng eður ei. Hann hélt erindi um þetta efni fyrir Líffræðistofu HÍ 3. mars 2012, og miðvikudaginn 7. mars 2012 var flutt viðtal við hann í Speglinum. Þar segir meðal annars:

Um 10.000 tegundir af plöntum og dýrum berast af manna völdum til nýrra heimkynna á degi hverjum.

Ágengar framandi tegundir eru taldar ein stærsta ógn við vistfræðilegan fjölbreytileika í heiminum í dag. Ágengar framandi tegundir geta valdið verulegum usla í lífkerfum - jafnvel skilið eftir sig sviðna jörð þar sem þær ná algerum yfirburðum og útrýma tegundum sem fyrir eru. Grjótkrabbinn, sem fannst fyrst við Íslandsstrendur fyrir sex árum, virðist vera orðin ráðandi tegund. Óskar Sindri Gíslason sjávarlíffræðingur segir tegundir dýra og plantna flytjast með fjölmörgum hætti - þær séu fluttar í gróðatilgangi, gæludýrum sé sleppt í nýjum heimkynnum en flestar tegundir flytjist líklega í kjölfestuvatni. Það er vatn sem dælt er í skip til að það nái stöðugleika í einni höfn, og svo dælt út einhvers staðar allt annars staðar. Í kjölfestuvatninu geta verið lifrur, sýli, svif, þörungar. Afar erfitt er að halda aftur af útbreiðslu framandi tegunda þar sem þær hafa fest rætur.

Hlýða má á viðtalið á vef RUV.

Mynd af grjótkrabba er tekin af Sindra (höfundaréttur - copyright). Fleiri myndir af grjótkröbbum og aðrar myndir Sindra má finna á Flickr síðunni Sindrinn.

Vænglausir harðhausar

Vísindamenn við University College í London (UCL) hafa komist að því að prótínið Dkk1 stuðlar að uppsöfnun mýlildis í heilum Alsheimersjúklinga.

Þeir komust að þessu með því að setja mótefni gegn Dkk1 inn í mýs, og kanna þversneiðar af heilum þeirra nokkru síðar. Hópur músa sem fékk mótefnið var með marktækt minna af mýlildi en þær samanburðarmýs, sem engin mótefni fengu.

Dkk1 er skammstöfun á Dickkopf-1, sem útleggst sem harðhaus. Genið var fyrst uppgötvað í afríska klófroskinum (Xenopus leavis) sem er í miklu uppáhaldi þroskunarfræðinga. Prótínið virkar sem neikvæður stjórnþáttur á Wnt boðefni. Frumur dæla báðum gerðum prótína út úr sér, og er hlutverk Dkk1 að draga úr virkni Wnt boðefnanna. Wnt er stór fjölskylda boðsameinda sem eru virkjuð við myndun ólíkustu vefja. Þau fundust fyrst í músum og í ávaxtaflugum sem vantaði vængi. Þegar erfðagalli flugunar var greindur kom í ljós galli í geni sem hlaut nafnið Wingless. Í manninum eru 19 Wnt gen, sem skipta með sér verkum og eða starfa saman t.a.m. við þroskun og viðhald taugakerfisins. Mynd af vænglausri ávaxtaflugu og villigerð af vef Biology Arizona.

Undir venjulegum aðstæðum stjórnar Dkk1 virkni Wnt boðefna, tryggir að áhrif þeirra séu ekki of mikil. Þessar nýju niðurstöður benda hins vegar til að í einhverjum tilfellum séu áhrif Dkk1 of mikil - og að það ýti undir uppsöfnun mýlildis.

Rannsóknin sem um ræðir staðfestir mikilvægi Dkk1 og líklega Wnt sameinda fyrir tilurð alsheimer mýlildis. Í fréttatilkynningu segir einn höfunda (Professor Salinas):

Despite significant advances in understanding the molecular mechanisms involved in Alzheimer’s disease, no effective treatment is currently available to stop the progression of this devastating disease.

This research identifies Dkk1 as a potential therapeutic target for the treatment of Alzheimer’s disease.

Vitanlega er ALLTAF möguleiki að þróa lyf gegn genum og prótínum sem tengjast tilurð sjúkdóms. En sem kennari í þroskunarfræði, þá finnst mér mjög hæpið að ætla að fara að möndla með starfsemi gens eins og Dkk1. Vegna þess að þetta gen kemur að svo mörgum öðrum ferlum. Ef við drögum úr virkni prótínsin í heila, kann að vera að aukaverkanir birtist í öðrum vefjum þar sem Dkk1 er til mótvægis við Wnt boðefnin.

Leiðréttingar:

Frétt MBL.is er helbert kjaftæði.

Í titli og megin máli er gefið í skyn að mótefnið finnist í músum. Það er rangt, mótefnið (antibody) var hluti af meðhöndlun vísindamannanna.

Mbl.is segir:

Mótefnin stöðva ákveðið prótein er nefnist Dkk1 en það veldur því að mýlildisflákar hætta að byggjast upp í heilanum.

Í þessari setningu er orsök og afleiðing á reiki. Veldur mótefnið  eða Dkk1  því "að mýlildisflákar hætta að byggjast upp í heilanum"? Samkvæmt rannsókninn stuðlar Dkk1 að myndun mýlildis, og mótefnið dregur úr því.

Ítarefni:

UCL News press release

Mótefni í músum gegn Alzheimers

Kortlagning á arfbreytileikum sem tengjast krabbameinsáhættu

Þórunn Rafnar yfirmaður krabbameinsrannsókna hjá Íslenskri erfðagreiningu mun fjalla um kortlagninu erfðaþátta sem tengjast krabbameinsáhættu í erindi föstudaginn 9. mars 2012 (kl. 12:30-13:10).

Erindi hennar kallast Kortlagning á arfbreytileikum sem tengjast krabbameinsáhættu (Identification of genetic variants that associate with risk of cancer). Erindið verður flutt á ensku.

Mannerfðafræðin hefur tekið stórstígum framförum á síðustu 10 árum, með raðgreiningu erfðamengisins og nýjum aðferðum til að greina breytileika í byggingu þess. Margar gerðir krabbameina eru arfgengar, þ.e. ef foreldri hefur greinst með krabbamein, eru auknar líkur á að börnin greinist einnig. Tilraunir til að kortleggja þætti í erfðamenginu sem auka eða draga úr áhættunni á krabbameinum hafa afhjúpað mörg gen á undanförnum árum. Þórunn mun fjalla um það hvernig Íslensk erfðagreining hefur kortlagt suma af þessum þáttum og þau líffræðilegu ferli sem hlut eiga að máli.

Mynd. Þórunn Rafnar.

Föstudagsfyrirlestrar Líffræðistofnunar eru haldnir í stofu 130 í Öskju, náttúrufræðahúsi HÍ og eru öllum opnir.

Dagskrá vorsins má nálgast á vef Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ.

Sexí slagur um um um umfjöllun fjölmiðla um lífvísindi

Tilkynning var að berast um gríðarlega átök. Miklir hagsmunir takast á. Líf og dauði hanga á spýtunni og hausinn sem verður fyrir spýtunni klofnar ef nógu hart er slegið. Dramatík er hluti af daglegu lífi og sláandi fyrirsagnir grípa athygli og fá blóðið til að renna hraðar. Tilfinningar drífa umræðuna ekki rök, sem er einmitt það sem við þurfum í umræðu um ....vísindi. Eins og segir í tilkynningu:

Lífvísindasetur HÍ efnir til málstofu fimmtudaginn 8. mars, kl. 12-13, þar sem rætt verður um umfjöllun fjölmiðla um vísindi, með sérstakri áherslu á lífvísindi. Hvað er vel gert og hvað mætti betur fara? Hvernig getur vísindasamfélagið komið til móts við fjölmiðla til þess að bæta vísindaumfjöllun?

Guðni Elísson, prófessor í bókmenntafræðum, flytur inngangserindi.

Síðan flytja Bergljót Baldursdóttir, fréttamaður RÚV, og Karl Blöndal, aðstoðarritstjóri Morgunblaðsins, erindi og taka þátt í opnum umræðum.
 
Málstofan fer fram í stofu 343, Læknagarði, og eru allir velkomnir.

Ég hvet alla sem áhuga hafa á málefninu til að mæta. Og tjá tilfinningar sínar og fordóma, helst án röksemda og með sexí fyrirsögnum