Decode hvað, ENCODE er miklu stærra

Við íslendingar erum mörg hver stolt af íslenskri erfðagreiningu, fyrir að vera framarlega í erfðafræðirannsóknum (þrátt fyrir skjöldótta sögu áætlaðs samþykkis, taps margra á gráa markaðnum með bréf decode og gjaldþrots fyrir nokkrum árum).

Hluti af þessu er heimalingsáhrif, við erum stolt af (vísinda)mönnum sem koma úr okkar dal og gera eitthvað merkilegt (eða amk prenthæft). Markmið decode var að finna breytileika í erfðamenginu sem hafa áhrif á líkurnar á því að við fáum sjúkdóma.

ENCODE er allt annað dæmi. Skammstöfunin stendur fyrir ENCyclopedia Of Dna Elements og hefur það að markmiði að skilja virkni erfðamengisns, óháð því hvort einhver sé lasinn eða ekki. Ein aðalástæðan fyrir því að farið var út í ENCODE var sú að aðeins um 2% af erfðamengi mynda eiginleg prótín. Hitt dótið var að mestu óskilgreint, þegar erfðamengið var raðgreint fyrir rúmlega 10 árum.

Rannsóknir sýndu reyndar að stór hluti erfðamengisins er reyndar fullur af rusli, afgöngum af dauðum genum (gervigen), eigingjörnum genum sem kallast stökklar (því þeir stökkva um í erfðamenginu, svona rétt eins og Jóakim Aðalönd í myntinni sinni), einföldum endurtekningum (ATAT...endurtekið 50 sinnum) og leifum af víxlveirum ýmiskonar. 

En aðrir hlutar erfðamengisns virtust ekki vera rusl, og sterkustu rökin voru þau að þessir bútar voru eins í mönnum og öpum, og í sumum tilfellum mönnum og músum. Þetta er hliðstætt því að flest gen okkar eiga sér samsvörun í öðrum lífverum. Eintak okkar af Pax6, er mjög líkt einu geni músarinnar, og á sér reyndar einnig hliðstæðu í geni flugunnar. Það fynda er að bæði Pax6 og flugugenið (sem nefnist Eyeless), stýra þroskun augna.

Altént, líffræðingar sáu að bútar í erfðamenginu mynduðu ekki prótín, en voru samt ekki rusl. En hvað gerðu þeir? 

Þá fór ENCODE í gang, til að reyna að skilja þessar raðir. Það var vitað úr öðrum lífverum, bakteríum, sveppum, flugum og ormum að raðir umhverfis gen séu oft nauðsynlegar til að kveikja og slökkva á genum. Það skiptir máli að rétt gen séu ræst, t.d. í húð og önnur þögguð. Það væri óheppilegt ef meltingarensím seytluðu úr eyrum okkar.

Fyrstu niðurstöður birtust árið 2007, en nú vikunni birtis útgáfa 2 í Nature. Afrakstur margra ára vinnu 443 manna á 32 stofnunum um víða veröld, á 147 frumulínum/gerðum, 119 stjórnprótínum sem bindast DNA, fleiri tugum prótína sem sjá um pökkun og ræsingu á litni (sem er pakkað DNA) o.fl. o.fl.

Það sem kemur helst á óvart er hversu stór hluti erfðamengisins er lífvirkur, þ.e. hvar stjórnprótín bindast. Gögnin benda til að um 9% erfðamengisns bindi stjórnprótín, í einni eða fleiri frumugerð. Sumir þættir spila líka saman, tvö stjórn prótín þurfa að bindast við sama gen til að ræsa það. Á myndinni hér að ofan má sjá þetta samspil myndrænt, augljóst er að sumir þættir fylgjast að á meðan aðrir forðast hvor annan (ef við leyfum okkur smá persónugervingu). 

Þessar rannsóknir eru hreinasta dýrð, sem ég ætla að segja nemendunum í Mannerfðafræði frá í næsta tíma. Hann fjallar einmitt um byggingu erfðamengisins...

Leiðrétting. Í fyrstu útgáfu stóð 500 stjórnprótín, rétt tala er 119. Velvirðingar er beðist á mistökunum.

Sjá ítarefni

The Guardian: Alok Jha Breakthrough study overturns theory of 'junk DNA' in genome

The Guardian Ian Sample og fl.

Encode project explained

What it tells us about the human genome – video

Gátt sem Nature setti saman um verkefnið

http://www.nature.com/encode/#/threads

Athugasemdir

[Mofi, 6.9.2012 kl. 20:07]

Ég verð að benda á nokkur atriði varðandi þetta. Sumir segja að sköpun eða Vitræn hönnun gerir engar vísindalegar spár en í langan tíma hafa sköpunarsinar spáð fyrir um að þetta væri ekki drasl og núna er sú spá búin að rætast.  Hafa ber í huga að þróunarsinnar spáðu þessu ekki fyrir og þeir notuðu hugmyndina að þetta væri drasl sem rök á móti hönnun.

Annað sem þetta hefur líka áhrif á er þróun mannsins en í mörg mörg ár hafa þróunarsinnar verið að segja að menn og apar eru nærri því eins, aðeins sirka tveggja prósenta munur á milli okkar og simpansa en þessi niðurstaða gjör breytir því. Er ekkert skrítið að aðhyllast þróunarkenninguna en þessi galla gripur virðist eiga svakalega erfitt með að aðlagast nýjum uppgvötunum, eins ég benti á hérna: Hvaða uppgvötanir á síðustu öld studdu þróunarkenninguna?

[Vilhjálmur Örn Vilhjálmsson, 7.9.2012 kl. 10:01]

Samkvæmt þessu er vart hægt að tengja mútasjónir við sjúkdóma á þann hátt sem yfirborðsrannsóknir deCODE þykjast gera? Það eru ekkert annað en getgátur, nema að vísindmenn deCODE haldi að allt í heiminum sé monokausalt.

Mofi, drasl og dót eru bara orð, og innihald orðanna skýrist ekki á sama hátt hjá hjá sköpunarsinnum og erfðafræðingum. En eitt er ljóst, sköpunarsinnar hafa ekki skilið nokkurn skapaðan hlut og spámennska þeirra er hreint orðagjálfur.

Mikilvægara væri að skýra hvernig menn trúa því að þeir geti grætt peninga með því að setja þá í rannsóknir deCODE. Það er svona álíka og að vera auðtrúa sköpunarsinni.

[DoctorE (IP-tala skráð) 7.9.2012 kl. 10:09]

Mofi þú lest of mikið í þessu.. þetta er ekki eins og þú heldur, þetta styður heldur ekki við vitræna hönnun... sorry fyrir þig

[Mofi, 7.9.2012 kl. 10:15]

Vilhjálmur, hvaða skilningur heldur þú að sköpunarsinnar leggja í orðið "drasl" og hvaða skilning heldur þú að þróunarsinnar leggja í orðið "drasl"?

Sköpunarsinnarnir sem hafa talað um þetta eru ótal menn með doktorsgráður í þessum fræðum og kenna við viðurkennda háskóla. Af hverju svona ad hominem móðgun, áttu við einhver andleg vandamál að stríða?

[Vilhjálmur Örn Vilhjálmsson, 7.9.2012 kl. 10:26]

Lærðu fyrst hvernig ad hominem rök eru skilgreind, áður en þú segir meira Mofi. Ég réðst ekki á neinn persónulega fyrir skoðanir hans trú eða annað.

Við eigum örugglega öll við andleg vandamál að stríða og genin eru að gera alla vitlausa.

Nú, þegar þú ert búinn að fletta upp ad hominem, þá sérðu að þú, með því að spyrja mig hvort ég stríði við andleg vandamál, ert sá eini sem kemur með með ad hominem móðgun og hún er gróf og barnaleg. Ég fyrirgef þér þetta, því þú ert svo góður við dýrin og þar með talið frændur okkar dínósárana.

[Mofi, 7.9.2012 kl. 10:36]

Vilhjálmur, þegar þú segir einhvern ekki skilja eitt eða neitt þá ertu að ráðast á viðkomandi og það er ad hominem rökleysa. Ad hominem rökvillan er ekki bara að uppnefna einhvern.

Spurning er síðan ekki ad hominem rökvilla en ég einfaldlega spurði þig vegna þess að þú stökkst strax í að vera móðgandi í staðinn fyrir að koma með málefnaleg rök fyrir því sem þú vilt koma á framfæri.

Ég síðan spurði þig spurningu varðandi hvaða skilning þú hélst að sköpunarsinnar höfðu á hugtakinu "drasl DNA" og síðan hvaða skilning þróunarsinnar lögðu í "drasl DNA". Ef þú getur ekki svarað einfaldri spurningu þá veistu einfaldlega að þú hafðir rangt fyrir þér og getur ekki horst í augu við það.

[DoctorE (IP-tala skráð) 7.9.2012 kl. 10:37]

Enn og aftur mofi.. þú veist ekki hvað þú ert að tala um, þú apar bara upp það sem aðrir sköpunarsinnar segja.
Það vita allir sem hafa skoðað þín skrif að þú viðurkennir ekkert, þó svo að hlutir séu reknir öfugir ofan í þig.. þá jarmar þú sköpunarruglið út ít eitt, byður um gögn/sannanir en neitar svo að lesa nokkuð nema það eitt sem styður glópabullið í sköpunarsinnum... og ég hvet þig til að efla skrif þín.. þú gerir þér kannski ekki grein fyrir því en þú ert einn helsi bandamaður trúleysinga, vitleysan frá þér er svo yfirgengileg.

Mark my words Mofi.. þú og sköpunarliðið eruð að lesa of mikið út úr þessu...

[Vilhjálmur Örn Vilhjálmsson, 7.9.2012 kl. 10:54]

Verst að Nature birti ekki spár sköpunarsinna, þegar þeir vissu þetta allt fyrir.

Margt er greinileg líkt með Kára klón og Guði. 

Æi, Mofi, farðu og bjargaðu prinsessum úr turni og dreptu græna drekann sem rændi henni, sem er örugglega friðsamlegur dynósár, eða froskur á deleríum

[Mofi, 7.9.2012 kl. 11:06]

Vilhljálmur, allt vísindasamfélagið vissi af þessum spám enda búið að gefa út nóg af greinum og bókum þar sem vísindamenn útskýrðu þessi mál.

Þú ræður ekki við að svara spurningunni minni, gott að fá það á hreint sem sýnir að þú fórst með rangt mál þarna í þinni fáfræði. Þú værir meiri maður ef þú bara biðst afsökunar og viðurkennir mistök þín frekar en enn fleiri móðganir í minn garð sem hef ekki gert þér neitt.

[DoctorE (IP-tala skráð) 7.9.2012 kl. 11:51]

Greyið hann mofi.. líkast til telur hann allt mótlæti vera uppfyllta spádóma úr biblíu... og þér munið hæddir verða en örvæntið ekki því Guddi galdrameistari mun verðlauna yður eftir dauða yðar.

[Vilhjálmur Örn Vilhjálmsson, 7.9.2012 kl. 13:01]

Með allri virðingu fyrir guðstrú manna, sem ég geri ekki lítið úr, þá stendur í engum trúarbrögðum, nema etv í viðbótum við Sciontology-delluna, að Guð hafi verið erfðaverkfræðingur. Þú verður að átta því á því, Mofi, að þú ert að reyna að heimfæra eitthvað upp á trúarbrögðin/ritninguna, sem ekki var þar fyrir. Það er hvorki vísindi né trú. Í versta falli bara della og okkúltismi.

Þótt menn raðgreindu Biblíuna fyndist aldrei neitt sem sýnir að sköpunarsagan er annað en frekar lygileg saga. Þú mátt hrópa ad hominem móðgun héðan í frá til dómsdags, en njóttu heldur trúar þinnar án þess að reyna sannfæra aðra um ágæti hennar. þegar þú reynir að predíka ertu kominn í sama hlutverk og vantrúarmenn.

[Vilhjálmur Örn Vilhjálmsson, 7.9.2012 kl. 13:04]

Nú ætla ég ekki að kommentera þessa þráhyggju þína frekar, Mofi, því meltingarvökvarnir eru farnir að seytla út úr eyrunum á mér.

Gaman væri að fá athugasemd frá Arnari.

[Mofi, 7.9.2012 kl. 13:25]

Vilhljálmur
Þú verður að átta því á því, Mofi, að þú ert að reyna að heimfæra eitthvað upp á trúarbrögðin/ritninguna, sem ekki var þar fyrir. Það er hvorki vísindi né trú. Í versta falli bara della og okkúltismi.

Einn af helstu guðleysingjum síðustu aldar komst að þeirri niðurstöðu að Guð væri til úr frá því að rannsaka DNA. Hann komst ekki að þeirri niðurstöðu að Biblían væri sönn eða neitt þannig heldur aðeins að eina rökrétta útskýringin á DNA og upplýsingunum sem þar eru er að hönnuður hafi verið á bakvið það og honum fannst einhvers konar Guð vera besta útskýringin.

Þú hefur líklegast ekkert skoðað DNA og hvaða ályktanir við getum dregið af þeirri þekkingu en ég hvet þig til að gera það.

Vilhjálmur
Þú mátt hrópa ad hominem móðgun héðan í frá til dómsdags

Ég aðeins bendi dónum á að þeirra dónaskapur er ekki málefnalegt innlegg í neina umræðu né rök fyrir einu eða neinu nema þeirra skort á mannasiðum.

[DoctorE (IP-tala skráð) 7.9.2012 kl. 15:31]

Og þú Mofi, þú komst að því að guð væri til vegna þess að þér þótti svo fúlt að vera bara dauður þegar lífið endaði.... sjálfselskan tók þig.

P.S. Hver hannaði hönnuðinn.. hann getur varla hafa búist til vegna tilviljana.. ha.. Nei, mofi segir bara að hann hafi alltaf verið til..

[Arnar Pálsson, 11.9.2012 kl. 11:24]

Almennir lesendur

Pistillinn hér að ofan er miðaður á almenning, og hugmyndin er að reyna að fá fólk til að átta sig á mikilvægi, stærðargráðum og hlutföllum gena og annara svæða í erfðamenginu.

Niðurstöðurnar sem hér er lýst eru afurðir vísindalegra rannsókna, þar sem gögnum er safnað og tilgátur prófaðar (þ.e. reynt að afsanna þær). Rannsóknirnar eiga ekkert skylt við það sem kallast sköpunarvísindi eða vithönnun, sem hvoru tveggja nota yfirnáttúrulega þætti (guð) til að útskýra eiginleika lífvera.

Ég lagði áherslu á það í pistlinum að sumir hlutar erfðaefnisins voru álitnir rusl, en að það væru vísbendingar (þróunarfræðilegar vísbendingar) um að þeir væru það ekki. Margir vísindamenn hafa um áratuga skeið rannsakað þessi svæði milli gena, og fundið að þau eru lífvirk. Mofi fer með fleipur þegar hann heldur því fram að þróunarfræðingar hafi skilgreint alla þessa hluta erfðamengisins sem rusl.

Mofi segir:

Ég verð að benda á nokkur atriði varðandi þetta. Sumir segja að sköpun eða Vitræn hönnun gerir engar vísindalegar spár en í langan tíma hafa sköpunarsinar spáð fyrir um að þetta væri ekki drasl og núna er sú spá búin að rætast.  Hafa ber í huga að þróunarsinnar spáðu þessu ekki fyrir og þeir notuðu hugmyndina að þetta væri drasl sem rök á móti hönnun.

Þetta er hreinlega rangt (og dæmigert fyrir málflutning sköpunarsinna). Þróunarfræðingar spáðu því að meðal ruslsins mætti finna svæði sem nýttust lífverum, og sú spá rættist. 

Vandamál sköpunarsinna er að þeir spái ekki fyrir um hluti, heldur að þeirra spár er ekki hægt að afsanna, OG að þeir eru tilbúnir að meðtaka yfirnáttúru.

Annað  vandamál er óheiðarlegur málflutningur (sbr. að ofan).

Annað sem þetta hefur líka áhrif á er þróun mannsins en í mörg mörg ár hafa þróunarsinnar verið að segja að menn og apar eru nærri því eins, aðeins sirka tveggja prósenta munur á milli okkar og simpansa en þessi niðurstaða gjör breytir því.

Þetta er líka rangt. King og Wilson 1975 (Science. 1975 Apr 11;188(4184):107-16. Evolution at two levels in humans and chimpanzees. King MC, Wilson AC.) ræddu sérstaklega mikilvægi genastjórnunar fyrir þróun. Síðan hafa þúsundir rannsókna fjallað um þetta, og það að segja að þróunarfræðingar hafi ekki hugsað út í þetta er óheiðarlegt (en dæmigert!).

Vilhjálmur

Samkvæmt þessu er vart hægt að tengja mútasjónir við sjúkdóma á þann hátt sem yfirborðsrannsóknir deCODE þykjast gera? Það eru ekkert annað en getgátur, nema að vísindmenn deCODE haldi að allt í heiminum sé monokausalt.

Reyndar er þetta samrýmanlegt. Munurinn sem ég var að draga fram var fókusinn.

Decode horfir á svipgerð og arfgerð, en lítur ekki inn í kassann. ENCODE opnar kassann og reynir að finna út hvernig allar snúrurnar eru tengdar.

Decode byrjaði með frekar barnalega sýn á veröldina, etv nauðsynlega til að selja hlutabréf. En þeir hafa síðan uppgötvað (enduruppgötvað) öll lykilatriði erfðafræðinnar og hafa bærilega þroskaða sýn á erfðir mannasjúkdóma.

[Mofi, 11.9.2012 kl. 13:18]

Arnar Pálsson
Mofi fer með fleipur þegar hann heldur því fram að þróunarfræðingar hafi skilgreint alla þessa hluta erfðamengisins sem rusl.

Þú kannski þekkir ekki nógu vel þessa umræðu um sköpun þróun en margir frægir þróunarsinnar hafa notað "rusl DNA" sem sönnunargögn fyrir þróun.

Jerry Coyne
“Perfect design would truly be the sign of a skilled and intelligent designer. Imperfect design is the mark of evolution; inf fact, it’s precisely what we expect from evolution.” 
...
“when a trait is no longer used or becomes reduced, the genes that make it don’t instantly disappear from the genome: Evolution strops their action by inactivating them, not snipping them out of the DNA. From this we can make a prediction. We expect to find, in the genomes of many species, silenced, or ‘dead,’ genes: genes that once were useful but re no longer intact or expressed. In other words, there should be vestigial genes.”

Annað dæmi er Michael Shermer sem sagði þetta:

Michael Shermer - Skeptic Magazine, 2006
We have to wonder why the Intelligent Designer added to our genome junk DNA, repeated copies of useless DNA, orphan genes, tandem repeats, and pseudogenes, none of which are involved directly in the making of a human being. In fact, of the entire human genome, it appears that only a tiny percentage is actively involved in useful protein production, It looks as though Rather than being intelligently designed, the human genome looks more and more like a mosaic of mutations, fragment copies, borrowed sequences, and discarded strings of DNA that were jerry-built over millions of years of evolution

Annað skemmtilegt dæmi er á síðunni minni fyrir bara nokkrum dögum síðan þar sem einn bloggari notaði rusl hugmyndina til að finna leið til að auðvelda möguleikann fyrir apalega veru að breytast í mann, sjá: Geta tilviljanakenndar stökkbreytingar breytt apa í mann?

Síðast en ekki síst Richard Dawkins

Richard Dawkins. The Selfish Gene, 2nd ed., pp. 44-5, Oxford University Press, 1989
it appears that the amount of DNA in organisms is more than is strictly necessary for building them: a large fraction of the DNA is never translated into protein. [snip] Biologists are racking their brains trying to think what useful task this apparently surplus DNA is doing. But from the point of view of the selfish genes themselves, there is no paradox. The true 'purpose' of DNA is to survive, no more and no less. The simplest way to explain the surplus DNA is to suppose that it is a parasite, or at best a harmless but useless passenger, hitching a ride in the survival machines created by the other DNA.

Þetta hlýtur að duga sem dæmi um að vísindamenn sem aðhyllast þróunarkenninguna sögðu að þessir hlutar genamengisins voru rusl og að það styddi þróunarkenninguna vegna þess að hún spáir fyrir um slíkt. Auðvitað er eðlilegt að álykta að tilviljanakenndar breytingar á DNA muni valda einhverju rusli þar sem við vitum að nærri því allar stökkbreytingar eru skaðlegar eða hlutlausar.

Arnar Pálsson
Vandamál sköpunarsinna er að þeir spái ekki fyrir um hluti, heldur að þeirra spár er ekki hægt að afsanna, OG að þeir eru tilbúnir að meðtaka yfirnáttúru.

Þarna sérðu spá sem var gerð fyrir mörgum áratugum síðan og sú spá er núna að rætast fyrir framan nefið á þér. Af hverju eiginlega lætur þú svona?   Hérna er sagan meira að segja að endurtaka sig því að þróunarsinnar héldu því fram að helling af líffærum í mannslíkamanum væru drasl afgangslíffæri þróunnar og notuðu það sem rök fyrir þróun. Þeir sem aðhylltust sköpun sögðu nei, þeir spáðu því að framtíðar rannsóknir myndu leiða í ljós virkni þessara líffæra og í dag hefur sú spá líka ræst.

Hérna er grein um vísindalegar spár út frá sköpun, sjá: Vitræn hönnun er vísindi

Arnar Pálsson
Síðan hafa þúsundir rannsókna fjallað um þetta, og það að segja að þróunarfræðingar hafi ekki hugsað út í þetta er óheiðarlegt (en dæmigert!).

Eina sem ég sagði var að þróunarsinnar hafa sagt að DNA manna og apa væri nærri því eins, upp á sirka 98%. Ertu að segja að það sé rangt?

[Guðmundur Á. Þórisson (IP-tala skráð) 14.9.2012 kl. 09:31]

Það má einnig benda á að ENCODE er engann vegin ekki óumdeilt, eins og mörg af þessum risavöxnu "big science" verkefnum. Bæði fyrir að "sjúga" til sína mikið fjármagn sem hefði annars farið í helling af smærri rannsóknarverkefnum, og (í þessu tilfelli a.m.k.) hvernig útgáfu greina, fréttatilkynnunum og öðru kynningarstarfi var háttað:

Casey Bergman: The Cost to Science of the ENCODE Publication Embargo:

http://caseybergman.wordpress.com/2012/09/05/the-cost-to-science-of-the-encode-publication-embargo/

Michael Eisen: Blinded by Big Science: The lesson I learned from ENCODE is that projects like ENCODE are not a good idea

http://www.michaeleisen.org/blog/?p=1179

Ars Technica: Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history

http://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/

[Arnar Pálsson, 18.9.2012 kl. 13:46]

Mofi

Þú kannski þekkir ekki nógu vel þessa umræðu um sköpun þróun en margir frægir þróunarsinnar hafa notað "rusl DNA" sem sönnunargögn fyrir þróun. 

Ójú, þessi umræða er á mínum heimavelli. Ég vinn með stjórnraðir, og svæði á milli þeirra sem eru rusl.

Þú heldur því fram að þróunarfræðingar hafi haldið því fram að ALLAR raðir milli gena væru rusl. Það gerður þeir aldrei.

En sú staðreynd að sum svæði milli gena eru rusl, er þróunarkenningunni til stuðnings. Eins og Coyne segir, þá mun gen breytast í rusl ef náttúrulegt val hættir að varðveita þau...og það sjáum við. Gögnin staðfesta spánna.

Og eins og Coyne segir eru raðir milli gena sem hafa engin áhrif á eiginleika lífverunar, eru rusl (sem einnig styður þróunarkenninguna).

Málflutningur þinn byggir á því að rangtúlka staðhæfingar líffræðinga, setja alhæfingu í stað vægara orðalags. Það eru fleipur.

Mofi

Þeir sem aðhylltust sköpun sögðu nei, þeir spáðu því að framtíðar rannsóknir myndu leiða í ljós virkni þessara líffæra og í dag hefur sú spá líka ræst.

Ekki allir eiginleikar lífvera, líffæri eða genapartar, eru nauðsynlegir. Orð þín megna ekki að breyta þeirri staðreynd. Það eru til hellingur af líffæra leifum, sem ekki gagnast (t.d. rófubein).

Aftur kemur þú með falskan málflutning, með því að halda fram að ef sköpunarsinnar myndu spá rétt fyrir um einn hlut þá sé kenning þeirra rétt í heild sinni.

Það er ekkert mál að búa til kenningu sem spáir rétt fyrir um hlutina, hún bara spáir því að "allt muni  gerast eða að ekkert muni gerast". Þessi kenning er hins vegar ekki vísindaleg af því að hana er ekki hægt að afsanna, og það sama á við um sköpunar"vísundanna".

Mofi:

Eina sem ég sagði var að þróunarsinnar hafa sagt að DNA manna og apa væri nærri því eins, upp á sirka 98%. Ertu að segja að það sé rangt?

Aftur ertu að einfalda flókinn hlut.

Líffræðingar sáu að sá hluti erfðamengisins sem skráir fyrir prótín er að meðaltali 98% eins milli simpansa og manna.

Önnur svæði í erfðamenginu eru að meðaltali ólíkari, 95-85% eins. Það eru svæðin sem ENCODE skoðaði mest.

[Arnar Pálsson, 18.9.2012 kl. 13:48]

Mummi takk fyrir ábendingarnar.

Mér fannst gaman að lesa þessa pistla, sérstaklega eftir Casey því hann kannast ég við frá fyrri tíð. Hann gaf fyrrum yfirmanni sín það góð meðmæli að ég ákvað að fara til Chicago sem nýdoktor.

[Mofi, 19.9.2012 kl. 08:49]

Arnar Pálsson
Ójú, þessi umræða er á mínum heimavelli. Ég vinn með stjórnraðir, og svæði á milli þeirra sem eru rusl.

Ég var að tala um umræðuna um sköpun þróun og þú vildir ekki kannast við að þróunarsinnar hafi haldið því fram að megnið af DNA manna væri rusl. Fyrir þá sem kunna að meta kaldhæðni þá er þessi athugasemd þín mjög skemmtileg :)

Arnar Pálsson
Þú heldur því fram að þróunarfræðingar hafi haldið því fram að ALLAR raðir milli gena væru rusl. Það gerður þeir aldrei.

Ég kannast ekki við það, ertu með sannanir fyrir þessu?

Umræðan var aðeins að megnið af DNA væri rusl og núna segja rannsóknir að minnsta kosti 80% af því svæði sem flokkað var sem rusl er ekki rusl.

Alok Jha, "Breakthrough study overturns theory of 'junk DNA' in genome," UK Guardian (September 5, 2012))
Long stretches of DNA previously dismissed as "junk" are in fact crucial to the way our genome works, an international team of scientists said on Wednesday. ... For years, the vast stretches of DNA between our 20,000 or so protein-coding genes -- more than 98% of the genetic sequence inside each of our cells -- was written off as "junk" DNA. Already falling out of favor in recent years, this concept will now, with Encode's work, be consigned to the history books.

Arnar Pálsson
En sú staðreynd að sum svæði milli gena eru rusl, er þróunarkenningunni til stuðnings. Eins og Coyne segir, þá mun gen breytast í rusl ef náttúrulegt val hættir að varðveita þau...og það sjáum við. Gögnin staðfesta spánna.

Gaman að sjá að þú kannast núna við að þróunarsinnar nota drasl DNA sem rök fyrir þróunarkenningunni. Miklu frekar er það að fáfræðin um virkni þess sem menn flokka sem rusl styður þróunarkenninguna. Gögnin sem eru núna á borðinu er að minnsta kosti 80% af því sem var talið rusl er ekki rusl og þeir sem stóðu að rannsókninni telja líklegt að restin muni líka hafa virkni.

Junk No More: ENCODE Project Nature Paper Finds "Biochemical Functions for 80% of the Genome"
And what's in the remaining 20 percent? Possibly not junk either, according to Ewan Birney, the project's Lead Analysis Coordinator and self-described "cat-herder-in-chief". He explains that ENCODE only (!) looked at 147 types of cells, and the human body has a few thousand. A given part of the genome might control a gene in one cell type, but not others. If every cell is included, functions may emerge for the phantom proportion. "It's likely that 80 percent will go to 100 percent," says Birney. "We don't really have any large chunks of redundant DNA. This metaphor of junk isn't that useful."

Arnar Pálsson
Ekki allir eiginleikar lífvera, líffæri eða genapartar, eru nauðsynlegir. Orð þín megna ekki að breyta þeirri staðreynd. Það eru til hellingur af líffæra leifum, sem ekki gagnast (t.d. rófubein).

Rófubeinið að ég best veit er með vöðva tengt við það sem halda og styðja...við ákveðna líkamsparta svo ég efast stórlega um að þú værir til í að láta fjarlægja þitt rófubein ef þú skoðaðir aðeins hverjar afleiðingarnar væru.  Hvaða helling af líffærum heldur þú að eru gagnslaus?

Arnar Pálsson
Aftur kemur þú með falskan málflutning, með því að halda fram að ef sköpunarsinnar myndu spá rétt fyrir um einn hlut þá sé kenning þeirra rétt í heild sinni.

Þegar kenning gerir spá og hún reynist rétt þá styður það kenninguna. Ég sagði hvergi að slík spá sannaði sköpun.

Arnar Pálsson
Það er ekkert mál að búa til kenningu sem spáir rétt fyrir um hlutina, hún bara spáir því að "allt muni gerast eða að ekkert muni gerast". Þessi kenning er hins vegar ekki vísindaleg af því að hana er ekki hægt að afsanna, og það sama á við um sköpunar"vísundanna".

Hvernig er þróunarkenningin öðru vísi að þínu mati?  Hvað getum við fundið sem afsannar hana?

Ég gerði eitt sinn grein sem er mjög tengd þessari athugasemd, sjá: Hvaða gögn myndu ekki passa við sköpun?

Arnar Pálsson
Aftur ertu að einfalda flókinn hlut.

Líffræðingar sáu að sá hluti erfðamengisins sem skráir fyrir prótín er að meðaltali 98% eins milli simpansa og manna.

Og í mörg mörg ár litu þeir á restina sem rusl og þar af leiðandi var því haldið á lofti mjög lengi að DNA manna og simpansa væri 98% eins og mjög öflug sönnun fyrir þróunarkenninguna. Ef ég einfaldaði þetta efni þá biðst ég afsökunar á því en svona sá ég málflutningin þróunarsinna á þessu.

[Arnar Pálsson, 19.9.2012 kl. 11:55]

Arnar: Ójú, þessi umræða er á mínum heimavelli. Ég vinn með stjórnraðir, og svæði á milli þeirra sem eru rusl.

Mofi: Ég var að tala um umræðuna um sköpun þróun og þú vildir ekki kannast við að þróunarsinnar hafi haldið því fram að megnið af DNA manna væri rusl. Fyrir þá sem kunna að meta kaldhæðni þá er þessi athugasemd þín mjög skemmtileg :)

En ég var að tala um stjórnraðir og rusl.  Kaldhæðni er hlýleg, sérstaklega þegar fólk er að miskilja hlutina.

Þetta fjallar ennþá um alhæfingar, jafnvel þótt þú hafir aldrei staðhæft að þróunarfræðingar hafi sagt að allar milligenaraðir væru rusl.

Hversu stórt hlutfall af milligenaröðunum mega vera rusl, til að það rusl sé ekki vísbending um þróun?

Þróunarfræðingar sögðu að rusl (stökklaleifar, gervigen og endurtekningar) væru vísbending um þróun. Ruslið finnst í flestum erfðamengjum. Ef við tökum víðustu skilgreiningu á líffræðilega virkum röðum (80% erfðamengis)úr ENCODE greininni, þá eru ennþá 20% eftir sem ekki sýna neina lífvirkni. Það er ennþá rusl, og hvernig útskýrir þú það vísindalega? Nema með þróunarkenningunni?

Og það sama gildir ef bara 1% af erfðamenginu er rusl (t.d. gervigen).

Að auki, talan sem hampað úr ENCODE greininni var hin 80%. Hin talan, varfærna matið er 20%, þ.e. vísbending er um að 20% af milligenasvæðum séu virk í lífverum. Ewan Birney, sem þú vísar í ræðir þetta ítarlega í grein (ENCODE: My own thoughts). Þar ræðir hann að binding umritunarþátta hafi verið skilgreind sem lífefnafræðileg virkni, en að það sé ekki endilega virkni sem sé nauðsynleg lífverunni.

Og, þótt að þróunarkenningin nýtist til að útskýra rusl, þá er hún einnig studd öðrum rökum. M.a. eiginleikum starfhæfra gena og stjórnraða. Hún útskýrir hvernig sumir hlutar gena og stjórnraða eru mikið varðveittir og aðrir síður. Þannig að þessi niðurstaða ENCODE um að stærri hluti erfðamengisns sé stjórnraðir, breytir engu um stöðu þróunarkenningarinnar!

Ars Technica: Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history

http://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/

MOFI:Hvaða helling af líffærum heldur þú að eru gagnslaus?

Líffæraleifar ekki líffæri. Leifar beina útlima í mörgum snákum, augna í hellafiskum, þefskynfæra apa, einnig vitagagnslaus einkenni eins og eyrnasneplar og fingraför.

MOFI:Þegar kenning gerir spá og hún reynist rétt þá styður það kenninguna. Ég sagði hvergi að slík spá sannaði sköpun.

Þannig að þú yrðir sáttari við sköpunarkenningu sem útskýrði eina athugun!...frekar en þróunarkenninguna sem útskýrir milljónir athuganna! 

Ég hef áður reynt að útskýra fyrir þér hvernig prófa má þróunarkenninguna og nenni ekki að tyggja það ofan í þig aftur.

ARNAR:

Líffræðingar sáu að sá hluti erfðamengisins sem skráir fyrir prótín er að meðaltali 98% eins milli simpansa og manna.

Önnur svæði í erfðamenginu eru að meðaltali ólíkari, 95-85% eins. Það eru svæðin sem ENCODE skoðaði mest.  [sleppt í tilvitnun MOFA]

MOFI:Og í mörg mörg ár litu þeir á restina sem rusl og þar af leiðandi var því haldið á lofti mjög lengi að DNA manna og simpansa væri 98% eins og mjög öflug sönnun fyrir þróunarkenninguna.

98% munur á byggingu protínkóðandi gena manns og simpansa sýnir að þessar tvær tegundir eru náskyldastar. Þetta hrekur þá tilgátu, sem lengi var uppi að górillur og menn væru náskyldir. Bæði DNa greiningar (á prótínkóðandi röðu, stjórnröðum, öðrum röðum) og mælingar á líkamsformi og útliti sýna að við erum skyldust simpönsum, af öllum öðrum lífverum á jörðinni. Þarna hefur þú líka dæmi um prófun AFSANNANLEGRAR tilgátu byggða á þróunarkenningunni.

MOFI.Ef ég einfaldaði þetta efni þá biðst ég afsökunar á því en svona sá ég málflutningin þróunarsinna á þessu.

Afsökunarbeiðni meðtekin, en þetta er líka kjarni málsins. Þín sýn á málflutninginn er brengluð af spuna amerískra presta bjóða uppá Prufaðu að lesa ENCODE greinarnar og yfirlitin sjálfur, þar er enginn að prófa sköpunartilgátur!

[Mofi, 20.9.2012 kl. 10:09]

Arnar Pálsson
Hversu stórt hlutfall af milligenaröðunum mega vera rusl, til að það rusl sé ekki vísbending um þróun?

Þetta virkar dáldið undarlega. Fyrst halda þróunarsinnar fram að megnið af DNA er rusl vegna þess að enginn veit hvað það gerir og það eru rök fyrir þróunarkenningunni. Núna er staðan að við vitum að megnið er ekki rusl og þessir vísindamenn spá því að það mun nærri því ekkert vera rusl eftir því sem þetta er rannsakað meira.

Út frá Biblíulegri sköpun þá ætti magn af rusli að vera eitthvað sem við myndum búast við frá því að vera 100% gagnlegt en síðan sirka 6000 árum af skaðlegum stökkbreytingum gæti myndað eitthvað rusl.

Arnar Pálsson
Ef við tökum víðustu skilgreiningu á líffræðilega virkum röðum (80% erfðamengis)úr ENCODE greininni, þá eru ennþá 20% eftir sem ekki sýna neina lífvirkni. Það er ennþá rusl, og hvernig útskýrir þú það vísindalega? Nema með þróunarkenningunni?

Tuttugu prósent væri að mínu mati of hátt hlutfall til að samræmast Vitrænni hönnun og hvað þá Biblíulegri sköpun. Þarna má segja er þá ennþá dæmi um spá sem frekari rannsóknir munu leiða í ljós, eru 20% rusl eða mun spá sköpunarsinna reynast rétt og rusl vera innan við 5%.

Við sjáum í dag stökkbreytingar valda skaða í erfðamenginu svo eitthvað rusl ætti að hafa myndast frá því að þetta var upprunalega hannað.

Arnar Pálsson
Þannig að þessi niðurstaða ENCODE um að stærri hluti erfðamengisns sé stjórnraðir, breytir engu um stöðu þróunarkenningarinnar!

Aðeins að hún spáði vitlaust fyrir um niðurstöðu frekari rannsókna, enn aftur...

Arnar Pálsson
Þannig að þú yrðir sáttari við sköpunarkenningu sem útskýrði eina athugun!...frekar en þróunarkenninguna sem útskýrir milljónir athuganna!

Mér finnst hún einmitt ekki útskýra neitt miljónir athuganna. Vísindamenn eru sífellt að uppgvöta snilldar hönnun í náttúrunni og ég get ekki séð hvernig slíkt getur stutt neitt annað en hönnun. Menn geta auðvitað reynt að skálda upp hvernig tilviljanir gætu sett slíka snilld saman en það er svona eftir á hyggja bakklór til að reyna að afsaka það sem snilldarhönnun gefur mjög svo sterklega til kynna.

Þú virðist vera alveg sannfærður um þessar miljónir athugunna, ég hefði mjög gaman að lesa grein frá þér þar sem þú tilgreinir hvað þú átt við með þessu.

Arnar Pálsson
Þarna hefur þú líka dæmi um prófun AFSANNANLEGRAR tilgátu byggða á þróunarkenningunni.

Hvaða prósenta hefði afsannað tilgátuna?  Hefði sex prósent munur látið menn efast um þróunarkenninguna?

Núna þegar það er komið nokkuð á hreint að aðal munurinn milli manna og simpansa liggur í hlutanum sem ekki býr til prótein heldur þeim sem stjórnar þeim. Hversu stór munur á milli DNA simpansa og manna væri nóg til að láta þig efast um þróunarkenninguna?

Miðað við það sem við þekkjum um stökkbreytingar og hve erfitt það er fyrir stökkbreytingar að verða hluti af genamengi dýrategundar, hvað heldur þú að fjöldi stökkbreytinga þarf til að breyta apalegri veru í manneskju og hve langan tíma ætti það að taka?

Ef við tökum t.d. bara muninn þegar kemur að þeim hluta sem snýr að próteinum þá telja menn muninn þar vera minnsta kosti 120 miljón DNA "stafi".  Núna bætist þó nokkuð mikið við þó ég held að enginn hafi reiknað hann. 

Arnar Pálsson
Afsökunarbeiðni meðtekin, en þetta er líka kjarni málsins. Þín sýn á málflutninginn er brengluð af spuna amerískra presta bjóða uppá Prufaðu að lesa ENCODE greinarnar og yfirlitin sjálfur, þar er enginn að prófa sköpunartilgátur!

Takk en eins og ég sagði þá fékk ég þetta frá þróunarsinnum, ekki bandarískum prestum.  Þeir voru að prófa tilgátu þróunarsinna og sköpunarsinna hvort sem þeir vissu það eða ekki; ég er alveg handviss um að þeir vissu það.