Ráðgáta lífsins á prenti

Hver er mesta ráðgáta lífsins? Er það vitundin, uppruni lífsins, þróun nýrra tegunda eða undur frumunnar? 

Guðmundur Eggertsson, prófessor emeritus við HÍ, sameindaerfðafræðingur af guðs náð, hefur ritað snotra bók um ráðgátur lífsins, sem Bjartur gefur út. Í lýsingu á vefsíðu Bjarts segir.

Lífið á jörðinni á sér langa sögu en uppruni þess er enn mikil ráðgáta. Stóraukin þekking á innri gerð og starfsemi lífvera hefur ekki megnað að auka skilning á uppruna þeirra. Margvíslegar tilgátur um uppruna lífs hafa verið settar fram en um enga þeirra er einhugur. Jafnframt hefur reynst torvelt að svara spurningunni um eðli lífsins á sannfærandi hátt. Enn síður er til vísindaleg skýring á því að til skuli vera lífverur sem geta spurt spurninga um tilveru sína og uppruna.

Í þessari bók segir annars vegar frá upphafi sameindalíffræðinnar og merkum uppgötvunum sem lögðu grundvöllinn að nútímalíffræði. Hins vegar er fjallað um uppruna lífs og helstu tilraunir til að gera grein fyrir honum. Loks beinist umræðan að eðli lífsins og að meðvituðu lífi.

Dr. Guðmundur Eggertsson var um árabil prófessor í líffræði við Háskóla Íslands og vann að rannsóknum á sviði sameindaerfðafræði. Fjöldi greina eftir Guðmund hafa birst í íslenskum og erlendum tímaritum. Guðmundur er höfundur bókanna Líf af lífi: Gen, erfðir og erfðatækni og Leitin að uppruna lífs, líf á jörð, líf í alheimi. 

Ég er nýbyrjaður að lesa bókina og hún fer vel af stað. Stíll Guðmundar er aðdáunarverður og viðfangsefnið heillandi. Hann byrjar á að ræða sögu gensins og upphaf sameindaerfðafræðinnar. Segir meira frá bókinni eftir því sem lestrinum vindur fram.

Vafasamur heiður, elstir við útskrift í OECD

Nýleg samantekt frá OECD sýnir að við útskrift bendir til að meðalaldur íslenskra háskólanema sá hæsti sem þekkist.

Samkvæmt skýrslunni eru Íslenskir háskólanemar að meðaltali 30.7 ára gamlir við útskrift.

Brasilía, Svíþjóð og Ísrael koma í næstu sætum, í öllum tilfellum er meðalaldurinn hærri en 29 ár.

Reyndar er ég ekki alveg viss um þessar tölur, fyrst hélt ég að þetta væri aldur fólks sem klárar framhaldsnám frá háskólum hérlendis. En tölurnar segja "graduates" en þegar neðri hluti kúrfunnar eru skoðaður, þá eru nemar í Belgíu að klára rúmlega 22 ára. Það er ekki mögulegt að þeir séu að klára doktorspróf á þeim tíma, líklegra er að meðal BS nemi þeirra sé svo ungur.

Sjálfur er ég vitlausu neðan við meðaltalið, ég var 24 ára þegar ég kláraði BS próf og 32 þegar ég varði doktorsritgerðina mína.

Góðu fréttirnar eru þær að frekar lágt hlutfall okkar háskólamenntaða fólks er atvinnulaust.

Sjá nánar í grein eftir George Arnett í The guardian, 9 september 2014 Iceland - the home of the developed world's oldest graduates.

Leiðrétting:

Í fyrstu útgáfu hélt ég að um doktorsnema væri að ræða, en fréttin fjallar (að því að ég best held) um þá sem klára háskólapróf á BS stigi. Titill var uppfærður í samræmi við þetta.

Kerfi efnaskipta mannsins

Haldin verður fundur um ERC verkefni sem unnið hefur verið að á kerfislíffræðisetri HÍ undanfarin ár, núna á föstudaginn. Tilkynningin birtist hér að neðan.

 

Systems Biology of Human Metabolism

  

Föstudaginn 12. september 2014, Hátíðarsalur 13:15-16:00

Í tilefni af lokum rannsóknaverkefnisins Systems Biology of Human Metabolism verður málþing þar sem helstu niðurstöður verða kynntar og farið yfir farinn veg. EInnig verður rætt um mögulega notkun kerfislíffræði-líkana við einstaklingsmiðaða læknisþjónustu.  Þetta verkefni var styrkt af Evrópska rannsóknaráðinu (ERC, European Reseach Council) með einum stærsta rannsóknastyrk sem veittur hefur verið til Háskóla Íslands. 

Now that the ERC project Systems Biology of Human Metabolism is coming to an end, a symposium will be held and its results and the lessons learned presented.  The possible use of systems biology models in personalised medicine will also be discussed. This project  funded by the ERC, European Research Council, by one of the biggest grants received by the University of Iceland. 

Dagskrá/Program:

13:15 Kristín Ingólfsdóttir, rektor,  setur málþingið

13:30 Ines Thiele, Computational modelling of human metabolism

Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, University of Luxembourg.

14:00 Ronan M Fleming,  Generalised monotonicity meets systems biochemistry

Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, University of Luxembourg.

14:30 Giuseppe Paglia,   Metabolomics: Analytical Tools for Understanding Biological Phenomena

Istituto Zooprofilattico Sperimentale di Puglia e Basilicata, Foggia, Italy

15:00 Óttar Rolfsson,  Functional genomic applications of metabolic networks

Rannsóknasetur í kerfislíffræði, Háskóla Íslands

15:30 Bernhard Pálsson,  Towards Personalized Systems Biology Models

UC San Diego, USA og gestaprófessor við Háskóla Íslands

16:00 Léttar veitingar - Refreshments

https://systemsbiology.hi.is

Þróun plöntuerfðamengja könnuð með næstu kynslóðar raðgreingartækni

Málstofa Lífvísindaseturs verður haldin fimmtudaginn 11. september kl. 12:00-12:40 í stofu 343 í Læknagarði

Dr. Sæmundur Sveinsson nýdoktor og sérfræðingur við byggkynbætur við Landbúnaðarháskóla Íslands mun fjalla um doktorsverkefni sitt við grasafræðideild háskólans í Bresku Kólumbíu í Vancouver, Kanada; Þróun plöntuerfðamengja könnuð með næstu kynslóðar raðgreingartækni

Útdráttur: Þær gríðarlegu framfarir sem hafa orðið á DNA raðgreiningar tækni á undanförnum fimm árum hafa gert vísindamönnum kleift að nálgast ýmsar líffræðilegar spurningar, sem fyrir einungis nokkrum árum sýndust óraunhæf rannsóknaverkefni. Í doktorsrannsókn minni notaðist ég við raðgreiningar tækni sem kennd er við Illumina, til þess að kanna ýmsa þætti varðandi þróun plöntuerfðamengja. Í fyrirlestri mínu mun ég fjalla um fornfjöllitnun í lín ættkvíslinni (Linum), þróunarlegan uppruna endurtekinna raða í grænukorna erfðamengjum smára (Trifolium) og þróun umfangsmikilla enduraðanna í grænukornaerfðamengjum fimm náksyldra belgjurta ættkvísla (Trifolium, Pisum, Lathyrus, Lens og Vicia).

http://lifvisindi.hi.is/events/bmc-seminar-dr-saemundur-sveinsson

Hvenær hefst þessi viðburður: 

Thursday, September 11, 2014 - 12:00 to 12:40

Staðsetning viðburðar: 

Læknagarður

Nánari staðsetning: 

Room 343

 

Forgangsröðun í þágu vísinda og nýsköpunar

Guðrún Nordal formaður vísinda og tækniráðs ritaði grein í Morgunblað vikunnar. Þar sagði hún.

Þar var samþykkt áætlun um stórauknar fjárveitingar ríkisins, 800 milljónir árið 2015 og 2 milljarða árið 2016, í Rannsóknarsjóð og Tækniþróunarsjóð, tvo mikilvægustu samkeppnissjóði vísinda og nýsköpunar í landinu.

Á vísi.is sagði nú í vor:

Á fundi Vísinda- og tækniráðs, sem haldinn var í dag, var samþykkt aðgerðaáætlun sem ætlað er að styðja við og efla samkeppnishæfni atvinnulífsins og gagnsæja nýtingu opinbers fjár en þetta kemur fram í tilkynningu frá forsætisráðuneytinu.

Í kjölfarið verður auknu fjármagni varið í þennan málaflokk. Stórauka á fjárveitingar til vísinda og nýsköpunar þannig að árið 2016 nái þær 3,0% af vergri landsframleiðslu (VLF) og verði sambærilegt því besta sem þekkist innan OECD. Aðgerðunum er sömuleiðis ætlað að laða fram aukna fjárfestingu fyrirtækja í vísindum og nýsköpun.

„Það er von mín að stefnan og aðgerðaáætlunin, sem nú hefur verið samþykkt, muni efla til muna nýsköpun og þróun hér á landi og hafi jákvæð og varanleg áhrif á hagvöxt og lífskjör til framtíðar litið. Það er í samræmi við áherslur stjórnvalda um nýsköpun í öllum atvinnugreinum,“ segir Sigmundur Davíð Gunnlaugsson forsætisráðherra og formaður Vísinda og tækniráðs. 

Það er sem sagt von á skynsamlegri fjárlögum þetta árið en í fyrra. Amk hvað varðar framlög og áherslur á vísindi og nýsköpun.

Ítarefni:

Guðrún Nordal 4. september 2014 | Morgunblaðið

Forgangsröðun í þágu vísinda og nýsköpunar

Greinin er því miður aðeins aðgengileg þeim sem eru í áskrift af Morgunblaðinu.

Vísir.is 22. maí 2014 Framlög til vísinda og nýsköpunar efld verulega

Arnar Pálsson Verða framlög til vísinda og nýsköpunar efld verulega?

Hvernig erfðafræði hjálpar í baráttu við Ebóluveirunna

Faraldrar á borð við Ebólu eru prófsteinn fyrir samfélög nútímans. Veiran fjölgar sér venjulega í dýrum, en getur sýkt menn og borist okkar á milli.

Í slíkum tilfellum eru sóttvarnir mikilvægastar. Lærdómur frá faröldrum fortíðar og þekking á smiti og áhrifum veirunnar skipta öllu fyrir meðhöndlun sjúklinga og til að aftra útbreiðslu.

Nú er ljóst að um faraldur er að ræða, en ekki einangruð tilfelli á afmörkuðum svæðum. Það er mjög eðlilegt að þjóðir heims taki höndum saman til að veita heimamönnum aðstoð við að meðhöndla sjúkdóminn. Og til að árétta, þá er fyrsta víglína mönnuð læknum og heilbrigðisstarfsmönnum sem beita bestu mögulegu þekkingu og aðferðum.

Þegar ógn sem þessi steðjar að, er einnig eðlilegt að leita að nýjum meðferðarúrræðum eða leiðum til að greina smitið eða sjúkdóminn. Hér mun ég fjalla um rannsókn á erfðamengi Ebólaveirunnar, sem kom út fyrir mánaðarmótin síðustu.

Erfðamengi Ebólu

Ebóla veiran er RNA veira með 7 þekkt gen á innan við 19.000 basapara löngum litningi. Hópar amerískra vísindamanna fóru í samstarf við lækna í Sierra Leone, þar sem Ebóla veiran hefur grasserað. Þau raðgreindu 99 veirustofn úr 78 einstaklingum og gátu dregið nokkrar mikilvægar niðurstöður.

1. Faraldurinn í Sierra Leone og Guineu er allur af sama meiði. Það er ein gerð Ebóla veiru sem er hér á ferðinni.

2. Þessi veira er ólík Ebólaveirum frá þeim tilvikum sem þekkt eru frá síðasta áratug og síðustu öld (og sem hafa verið raðgreind!).

3. Umtalsverður fjöldi nýrra stökkbreytinga hefur orðið á veirunni frá því að faraldurinn hófst. Það getur tengst breytingum á meinvirkni eða sýkingarmætti.

4. Stökkbreytingarnar hafa líka verið á svæðum í erfðamengi veirunnar sem notuð eru til að greina hana með sameindaerfðafræðilegum aðferðum. Þar sem greiningarprófin voru hönnuð fyrir eldri Ebólaveirur, þarf að endurhanna þau með hliðsjón af byggingu nýju veirunnar. Og með hliðsjón af þeim breytingum sem verða á henni á meðan faraldurinn geisar.

Þetta síðasta atriði er ákaflega mikilvægt, og getur hjálpað til við að greina smit fyrr. Því mér skilst að gamla greiningarprófið hafi ekki virkað snemma í sýkingarferlinu, þegar veiran er í lágum styrk í blóði viðkomandi.

Stofnerfðafræði faraldursins

Vitað er að um 3000 manns hafa sýkst og þar hafa um 1900 manns dáið. Meðal annars sex höfundar greinarinnar í Science (sjá neðst). Stofnerfðafræðin kennir okkur að því stærri sem stofn verður, því meiri líkur eru á að stökkbreytingar verði, sem gagnist viðkomandi stofni.

Með öðrum orðum, því fleira fólk sem Ebólaveiran  nær að smita, því meiri líkur eru á að í henni verði stökkbreytingar sem gera hana betri í að fjölga sér og smita fólk. Það er því ákaflega mikilvægt að reyna að hemja faraldurinn í Afríku sem fyrst. 

Og þetta á einnig við um aðra smitsjúkdóma, sama hvort sem þeir eru orsakaðir af veirum, frumdýrum eða bakteríum. Hinir vanræktu sjúkdómar hitabeltisins eru ekki einkamál fólks í suðrænum löndum, heldur viðfangsefni mannkyns alls.

Ítarefni:

Stephen K. Gire, o.fl. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak Science 1259657Published online 28 August 2014

DONALD G. McNEIL Jr. NY Times  28. ágúst, 2014 Outbreak in Sierra Leone Is Tied to Single Funeral Where 14 women were infected

NY Times Among a Single Study's Authors, Five Ebola Casualties

Arnar Pálsson 4. ágúst 2014 Ó hví veira, ó hví pest, ó hvít froða

 

Telja blóð geta hjálpað

Hvatberalækningar

Við höfum stundum fjallað um fyrirhugaðar lækningar á hvatbera sjúkdómum. Nú síðast í pistli í sumar í kjölfar fréttar Rúv 7. ágúst 2014. Deilt um þátt „þriðja foreldris“

Við sögðum:

Erfðalækningar eru á teikniborðinu, og hafa verið prófaðar í nokkrum tilfellum. Þær fela í sér að gera breytingar á erfðaefni einstaklinga, til að lækna þá af sjúkdómi eða til að fyrirbyggja sjúkdóm. Þær tilraunir sem gerðar hafa verið, hafa verið til að reyna að lækna sjúkdóm.

Enn hefur ekki verið farið í að breyta erfðasamsetningu fólks, til að fyrirbyggja sjúkdóm.

Það kann að breytast. Eins og við höfum fjallað um hér (sjá pistla neðst), skaða ákveðnar stökkbreytingar starfsemi hvatbera í frumum. Hvatberar eru orkuverksmiðjur líkamans, og bera í sér stutta litninga sem eru með nokkra tugi gena. Bróðurpartur erfðaefnis okkar er annars geymt í kjarnanum (heildar fjöldi gena í okkur er um 25.000).

Andstætt öðrum genum, erfast gen hvatbera eingöngu frá móður. Ástæðan er sú að sæðisfrumur bera í sér lítið annað en einlitna kjarna, en eggið er stappfullt af hvatberum - afrit þeirra sem móðurinn hefur. Ef karlmaður þjáist af sjúkdómi, sem sprettur af galla í genum hvatberans, þá þarf hann ekki að hafa áhyggjur af því að börn hans fái sjúkdóminn. En ef kona er með galla í hvatberageni, þá er öruggt að afkvæmi fái stökkbreytinguna.

Slíkt er hægt að lækna með erfðalækningum. Tilraunir Shoukhrat Mitalipov og félaga með rhesusapa hafa sýnt að hægt er að búa til þriggja foreldra apa, með einföldum tilfæringum.

Ítarefni:

Arnar Pálsson | 28. júní 2013  Barn með þrjá foreldra

Arnar Pálsson | 26. október 2012  Stofnfruma með þrjá foreldra

Arnar Pálsson | 28. ágúst 2009  Api með þrjá foreldra

Charlotte Pritchard BBC 31. ágúst 2014 The girl with three biological parents

Á þrjá líffræðilega foreldra

Eyrnakerti og skynsemin

Læknirinn Björn Geir ritaði pistil um eyrnakerti og notkun þeirra.

Hann segir

--------------------

Eru eyrnakerti örugg? Nei.

Það er að sjálfsögðu hægt að brenna sig á þessu, kveikja í hári, fötum eða húsgögnum. Betra að hafa einhvern annann tilbúinn með vatnsfötu eða slökkvitæki ef maður endilega þarf að prófa .

En það er líka hægt að skaða eyrað. Bráðið vax drýpur niður í kertið innanvert eins og áður er lýst og tilfelli hafa komið upp þar sem fólk hefur brennst illa inni í ytra eyranu, fyllt það af storknu vaxi og jafnvel brennt gat á hljóðhimnuna. Íslandsvinurinn Edzard Ernst, Professor emeritus í græðarafræðum skrifaði nýlega um efnið á bloggi sínu og segir þar meðal annars frá ýmsum svona dæmum.  Í grein í einu af vísindatímaritum HNE lækna er sagt frá athugunum á eyrnakerta"meðferð" og m.a. höfðu um 20% HNE lækna sem spurðir voru meðhöndlað  skaða á eyrum af þessu.

... Heilbrigðisyfirvöld víða um  heim vara við notkun eyrnakerta. Meðal annars þau kanadísku.

http://bjorn-geir.blog.is/blog/bjorn-geir/entry/1435752/