Leitað að mótsögn

Garth Cooper flutti erindi miðvikudaginn 10 september um rannsóknir sínar á sykursýki. Hann sýndi meðal annars fram á lífvirkni ákveðinna prótín boðsameinda, sem hafa áhrif á framleiðslu insulíns og eiginleika fruma. Boðsameindin amylin virðist til dæmis koma í tveimur byggingarformum og hefur annað formið þau áhrif að frumur sem fyrir þeim verða fremja sjálfsmorð. Stýrður frumudauði (apoptosis) hefur verið þekktur um ára raðir, en það er samt erfitt að henda reiður á notagildi þessara frumudrepandi áhrifa amylíns, sérstaklega þar sem sykursýki er alvarlegur sjúkdómur. Cooper staðhæfði að amylín hefði þessi áhrif í prímötum og einnig innan hóps kattardýra, en ekki í öðrum spendýrum. Líkanið hans gerir ráð fyrir að þessi áhrif amylín hafi eitthvað notagildi fyrir lífveruna, en eins og við vitum eru margir eiginleikar lífvera afleiðing sögulegra slysa ekki endilega náttúrulegs vals.

Cooper lagði mikla áherslu á að vísindafólk ætti að leita að mótsögnum í þekkingu okkar, t.d. á sykursýki, og nota það sem stökkpall fyrir frekari rannsóknir. Viðtekin líkön fyrir sjúkdóma geta verið röng, og það er einmitt með því að rannsaka forsendur og finna mótsagnir, eitthvað sem ekki passar saman, sem við náum að afsanna rangar tilgátur og færast nær sannleikanum.

Rannsóknir Coopers byggðu einnig á góðri heimildavinnu, því sjúkdómurinn sykursýki hefur verið rannsakaður í rúma öld. Margar athuganir frá fyrri hluta síðustu aldar höfðu fallið í gleymsku en reyndust síðar hafa að geyma mikilvægar niðurstöður, sem beindu nútímalegri rannsóknum á rétta braut.

Á niðursoðnu formi, framhaldsnemar í GPMLS og aðrir vísindamenn, leitið að mótsögnum og lesið frumheimildir.

Litningar frá mömmu og pappa

Grundvallar atriði og lykilhugtök erfðafræðinnar eru nokkur, eindir, óháðar erfðir, endurröðun, ríkjandi, víkjandi, samverkun, tengsl og samsætur. Þótt alltaf sé verið að finna einhver gen, sem ef stökkbreytt hafa áhrif á hinn og þennan eiginleikann eða sjúkdóminn, þá felur það ekki í sér skilgreiningu nýrra hugtaka. Framfarir eru flestar á sviði tækni og aðferða, t.d. leiða til að draga nýjar upplýsingar úr gögnum.

Í júlí skrapp ég á erfðafræðiþing í Berlín og heyrði ljómandi gott erindi Augustine Kong frá Íslenskri erfðagreiningu. Hann lýsti lausn á erfðafræðivandamáli er varðar tvílitna erfðamengi. Ef þú veist að einstaklingur er arfblendinn um margar stökkbreytingar á einhverju svæði, t.d. T/A, G/C, T/G, þá er ómögulegt að vita á hvaða litningi (frá pabba eða mömmu?) hver basi er. Er einstaklingurinn með röð TGT á einum litningi (og þá ACG á hinum) eða er röðin TCT, TCG eða þar fram eftir götunum?

Kong lýsti því hvernig hægt er að ákvarða hvaða basar fara saman í tvílitna einstaklingum, með því að nota gögn um 300.000 stökkreytingar í erfðamengjum þúsunda manna. Grein þess efnis er nýkomin út í Nature Genetics og félagi Mailund gerir efni hennar greinarbetri skil í nýrri færslu. Það verður að viðurkennast að efnið er í flóknara lagi, en um er að ræða stórmerkilegar framfarir í erfðafræði.

Erindi: Sykursýki af gerð 2

Orsakir og afleiðingar sykursýki eru fjarri þvi að vera útskýrðar. Margir hópar hérlendis og ytra hafa krufið sjúkdóminn, og varpað ljósi á mismunandi fyrirbæri sem tengjast honum eða orsaka. Á miðvikudaginn flytur Garth Cooper, Nýsjálenskur vísindamaður erindi um rannsóknir sínar á sykursýki. Hann hefur einbeitt sér að prótínum sem bendluð hafa verið við sjúkdóminn og stofnað tvö líftækni fyrirtæki í kringum niðurstöður sínar. Cooper flytur yfirlitserindi sitt á Háskólatorgi í stofu 101 kl 16:00. Erindið er vitaskuld á ensku, en öllum opið og eflaust fróðlegt mörgum sem vilja skilja sjúkdóminn.

Fyrirlesturinn er sá fyrsti í röð erinda sem boðið er upp á í sameindalíffræði. Erindin eru undir merkjum framhaldsnáms í sameindalífvísindum, svokallaðari "graduate program in molecular life sciences" sem kynnast má á vefsíðunni www.gpmls.hi.is.

Sjá einnig ágrip úr fréttatilkynningu á ensku:

 Professor Garth J.S. Cooper from the University of Auckland, New Zealand will deliver a lecture on his research into type 2 diabetes on Wednesday September 10th. This represents the inaugural lecture of the Graduate program in Molecular Life Sciences which was launched at the University of Iceland this fall. The talk is open to all and will be in English.

Coopers discoveries into diabetes are highly celebrated and he has been awarded several important rewards in the field. Briefly, he discovered amylin precipitate in the spleen of diabetic patients, deficiency of this protein promotes type 2 diabetes. His discoveries have inspired two biotechnological companies, Amylin Pharmaceuticals and Protemix. The latter focuses on developing compounds that reduce the risk of heart-disease in patients with diabetes.

Fuglar, fiskar og taugar tvær

Laugardaginn 6 september verður ofgnótt erinda um líffræðileg efni á boðstólnum.

Áður minntumst við á ráðstefnu til heiðurs Arnþóri Garðarssyni, sem verður í Öskju Náttúrufræðihúsi Háskóla Íslands frá 9 til 16. Þar verður tæpt á mörgu, en rauði þráðurinn er borinn uppi af fuglum, þ.e. erindum um rannsóknir á fuglum.

Einnig verður erindi á vegum hins nýstofnaða Taugavísindafélags Íslands. Fyrirlesarinn er Nóbelsverðlaunahafinn Susumu Tonegawa sem hefur rannsakað minni. Minni er fjölbreyttara en virðist í fyrstu, en hægt er að skilgreina mismuandi gerðir minnis, og rannsaka það með sameindaerfðafræði, frumulíffræði og lífeðlisfræðilegum aðferðum (Heiða María gefur ítarlegra ágrip um viðfengsefnið).

Að síðustu má einnig minnast á alþjóðlega ráðstefnu um fiskisjúkdóma sem Keldur rannsóknastofa Háskóla Íslands í meinafræðum stendur fyrir. Dagskrá ráðstefnunar er mjög metnaðarfull og það að hún skuli vera haldin hér er til marks um hversu framarlega á þessu sviði Keldur standa. Ráðstefnan stendur frá 6 til 9 september.

Aðalvandamálið er að velja...

Eftirskrift: orðið tveir í titlinum hefur enga sérstaka merkingu, heldur bættist það við vegna þess að orðanna hrynjandi kallaði eftir því. Sumar lífverur eru reyndar með furðulega fáar taugar, t.d. ormurinn C.elegans sem er einungis með 1000 frumur í líkama sínum, en geta samt sýnt flókið atferli og hegðun.

Til heiðurs Arnþóri Garðarssyni

Áhugi á náttúrunni og lífverum kemur snemma fram hjá sumum. Arnþór Garðarsson hefur alla tíð heillast af fuglum, birti sína fyrstu grein 17 ára gamall og hefur aldrei slegið af. Nú lætur hann af störfum sem prófessor í líffræði eftir áratuga starf og laugardaginn 6 september verður haldin ráðstefna honum til heiðurs.

Ráðstefnan fer fram í Náttúrufræðihúsi Háskóla Íslands og stendur frá 9 til 16. Fyrirlesrarar kynna efni sem spanna álíka mörg viðfangsefni og Arnþór hefur rannsakað á ferli sínum. Nefna má að Þóra Ellen Þórhallsdóttir ræðir um landslagsvernd, Ólafur K. Nielsen ræðir um rjúpuna og Jón S. Ólafsson um botndýr í Mývatni. Mývatn hefur skipað lykilsess í starfi Arnþórs, og snúast mörg erindanna um rannsóknir á vistkerfi þess. Að siðustu er rétt að benda sérstaklega á erindi Árni Einarssonar mun fjalla um fæðukeðjur og Anthony Ives lýsir líkanisem lýsir sveiflum í stofni mýflugna í vatninu (sem þeir félagar birtu fyrr í ár, sjá eldri færslu). Einurð og framsýni ber frjóan ávöxt í vísindum. Þetta bendir einnig til þess að þeir kollegar þekki Mývatn all sæmilega.

Og öllum er sama?

Náttúran á sér fáa málsvara. Fólk fylkir sér um hvali og ljón, fiska og fiðrildi, en ósköp fáir eru til varnar þegar mosaþembum eða smádýrum á hafsbotni er ógnað.

Þóra Ellen Þórhallsdóttir kenndi okkur umhverfisfræði í Háskóla Íslands og meðal annars um ógnir sem steðja að óspilltum vistkerfum. Í Evrópu er erfitt að finna óspillt vistkerfi. Ísland er undantekning því enn finnast svæði hérlendis sem eru ómótuð af mannana völdum. Auðvitað hefur beit haft áhrif á gróðusamsetningu, sérstaklega dregið úr skógi en víðáttumikil óspillt svæði eru samt eitt af einkennum landsins.

Slíkar auðnir eru í sumra augum einskís nýtar en fágæti þeirra gefur þeim gildi. Um leið og síðasta auðnin er eyðilögð, af virkjun, vegi, línu, bústað, hóteli eða einhverju ámóta, munu allir skilja hvað við misst höfum.

Og sé erfitt að sannfæra fólk um að verja náttúru á landi, er það nánast ómögulegt þegar rætt er um vistkerfi hafs og stranda. Slík vistkerfi eru í mikilli hættu, bæði vegna loftslagsbreytinga en einnig vegna gamaldags mengunnar frá manninum. Innstreymi efnsambanda getur leitt til eitrunnar, eða ofauðgunar og þar með súrefnisþurrðar. Þannig verða til dauð svæði eins og breiðast nú út í Eystrasalti. Vandamálið er víðtækara eins og rætt er um í nýlegri grein eftir David Adam í the Guardian.

Við þurfum að vernda auðnina áður en hún deyr.

Eystrasaltið í hættu

Þýðingarþjónusta mbl.is

Við höfum áður vakið athygli á dapurlegum vinnubrögðum fréttafólksins á mbl.is. Nú sanna þeir regluna með því að snara grein af vef BBC, setningu fyrir setningu og frekar stirðbusalega.

Frétt BBC

"Scientists say they have taken a big step towards blocking a chemical vital to the growth of many cancers.

They have unpicked the structure of telomerase, an enzyme which, when active, helps keep cells in an "immortal" state.

The chemical is at work in more than nine out of ten types of tumour.

Researchers from Philadelphia's Wistar Institute, writing in the journal Nature, say their efforts could lead to drugs which switch it off.

All cells in the body have a natural clock - the telomeres - which shorten every time the cell divides.

After a fixed number of divisions in most cells, the telomeres are reduced to a certain length, and the cell cannot continue dividing.

This change is responsible for changes within the ageing body, as cell division slows down.

Some cells, such as stem cells within the embryo, use the chemical telomerase to maintain telomere length.

Many tumours have hijacked the telomerase system to fuel their uninhibited growth.

The Wistar team has found a new way to map the structure of the most active part of the chemical."

Og þýðing mbl.is

"Vísindamenn segja að þeir hafi náð miklum árangri í að loka fyrir efni sem er nauðsynlegt fyrir vöxt krabbameins. Vonast þeir til að hægt verði að þróa lyf sem gera ódrepandi krabbameinsfrumur aftur venjulegar.

Þeir hafa kortlagt byggingu ensímsins telomerasa en það hjálpar til við að halda frumum lifandi þegar það er virkt. Það er fréttavefur BBC sem skýrir frá þessu.

Efnið er að finna í níu af hverjum tíu æxlum.

Rannsóknarlið frá Wistar stofnuninni í Fíladelfíu skrifa um árangur sinn í ritið Nature og segja að árangurinn geti leitt til lyfja sem geti skrúfað fyrir þetta efni.

Allar frumur í líkamanum hafa náttúrlega klukku, litningaendana, sem styttast í hvert sinn sem fruma skiptir sér. Eftir ákveðinn fjölda skiptinga í flestum frumum eru litningaendarnir orðnir ákveðið stuttir og fruman getur ekki skipt sér lengur. Þessi breyting, á sama tíma og frumum fækkar, er orsök annarra breytinga í líkama sem er að eldast.

Sumar frumur, svo sem stofnfrumur, nota efnið telomerasa, til að halda við lengd litningaendanna.

Mörg æxli hafa tekið yfir þessa tækni svo þau geti haldið áfram að vaxa endalaust.

Rannsóknarliðið í Wister hefur nú fundið leið til þess að skrá byggingu virkasta hlutans í efninu."

Einhver gæti sagt að bein þýðing sé besta leiðin til að koma merkingu texta áleiðis. En það er ekki rétt, ef þú skilur ekki efnið þá er bein þýðing gagnslaus, og beinlínis skaðleg í sumum tilfellum.

Litningaendar eru forvitnilegt fyrirbæri og þeir koma til með að styttast ef erfðaefnið er eftirmyndað á venjulegan hátt. Slíkt er auðvitað vandamál því lífverur eru alltaf að eftirmynda sig, búa til kynfrumur og einnig skipta frumur í hverjum líkama sér oft og mörgum sinnum. Ef litningaendarnir styttast of mikið geta mikilvæg gen skaddast eða hreinlega horfið.

Elisabeth Blackburn, sem hélt yfirlitserindi í Berlín í sumar, uppgötvaði telomerasa sem viðheldur litningaendum. Telomerasi er flóki RNA og prótíns og er nauðsynlegt til að viðhalda erfðamengi kynfruma, en það er sjaldan tjáð í venjulegum frumum líkama okkar. Skortur á virkni þess er talin vera ein ástæða þess að frumur eldast og deyja. En ef virkni þess er of mikil geta frumur orðið ódauðlegar (þetta er lykilhugtak í krabbameinsfræðum, sem mbl.is tókst ekki að koma til skila). Ódaulegir frumustofnar eru vandamál, því þeir geta vaxið taumlaust, myndað æxli og meinvörp með afdrifaríkum afleiðingum.

Framfarirnar sem rætt er um í greininni eru þær að bygging ensímsins var ákvörðuð, sem gefur möguleika á því að hanna lyf. Vissulega eru niðurstöðurnar spennandi en því fer fjarri að lyf sé í þróun.

Því miður leiða fyrirsagnir og knappir frasar í fréttamiðlum oft til óraunhæfra væntinga.

Merkileg uppgötvun í krabbameinsrannsóknum