Leita í fréttum mbl.is

Bloggfærslur mánaðarins, janúar 2012

Erindi: Útbreiðsla og áhrif PKD - nýrnasýki á villta laxfiskastofna á Ísland.

Árni Kristmundsson fisksjúkdómafræðingur mun fjalla um PKD nýrnasýki.

Erindið er föstudaginn 3. febrúar 2012 (kl. 12:30-13:10).

Árni vinnur á Rannsóknastöð háskólans í meinafræði að Keldum.

Erindi Árna kallast Útbreiðsla og áhrif PKD - nýrnasýki á villta laxfiskastofna á Ísland. PKD-nýrnasýki, sem orsakast af smásæju sníkjudýri Tetracapsuloides bryosalmonae, er alvarlegur og útbreiddur sjúkdómur í laxfiskum í Evrópu, bæði villtum og í eldi. Dæmi eru um mikil afföll í villtum laxfiskastofnum erlendis, s.s. í Sviss og Noregi. Bleikja er lítið rannsökuð m.t.t. sjúkdómsins. Smittilraunir hafa þó sýnt að hún sé mjög næm fyrir sýkinni.

PKD-nýrnasýki var óþekkt á Íslandi þar til árið 2008 er hún greindist í bleikju úr Elliðavatni. Rannsóknir síðustu 3ja ára benda til þess að sýkillinn sé útbreiddur meðal laxfiska á Íslandi. Há tíðni fiska með alvarleg einkenni sjúkdómsins hefur greinst í vötnum þar sem bleikju hefur fækkað mikið. Líklegt er að PKD-sýki valdi umtalsverðum afföllum og sé því afgerandi áhrifaþáttur í hnignun bleikjustofna þessara vatna.

bleikja_kastljosi_apalsson2010.jpgMynd af Þingvallableikju á rannsóknarstofu (Picture copyright Arnar Pálsson).

Föstudagsfyrirlestrar Líffræðistofnunar eru haldnir í stofu 130 í Öskju, náttúrufræðahúsi HÍ og eru öllum opnir. Erindin eru flutt á íslensku, nema annað sé tekið fram.

Dagskrá vorsins má nálgast á vef Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ.


Mikilvægi þróunkenningarinnar fyrir læknisfræði

Þau tíðindi bárust um helgina að norskur geðlæknir hafi verið gefnar bætur vegna meintrar mismununar á grundvelli trúarskoðanna. Honum var ekki boðið starf, af því að hann trúði ekki á þróunarkenninguna. 

 

Hvað er þróunarkenningin?

Kenning er nafn á víðtækri útskýringu í vísindum. Fyrst kemur tilgáta, ef henni er ekki hafnað er e.t.v. komið lögmál, og mörg lögmál eru samþætt í stærri kenningu sem getur útskýrt margvísleg fyrirbrigði og tilfelli. Sbr. þyngdarlögmál Newtons og almennu afstæðiskenningu Einsteins.

Þróunarkenning Darwins felur í sér tvennt. Í fyrsta lagi lífsíns tré, að allr lífverur á jörðinni séu skyldar að meira eða minna leyti. T.d. eru menn og apar svipaðari í útliti en menn og flugur, vegna þess að við erum skyldari öpum en flugum. Í öðru lagi settu Darwin og Wallace fram hugmyndina um náttúrulegt val, sem útskýrir hvers vegna lífverur passa við umhverfi sitt, og hvers vegna þær eru með augu, laufblöð, typpi.

Náttúrulegt val er fjarska einfallt. Það byggist á fjórum atriðum.

1. Breytileika - einstaklingar eru ólíkir.

2. Erfðir, breytileiki milli einstaklinga er tilkomin vegna erfða (að einhverju leyti).

3. Mismunadi æxlunar-árangri (það er ekki nóg að æxlast - þú verður að geta af þér börn, því annars komast genin þín ekki áfram).

4. Baráttu fyrir lífinu, einstaklingar eru misjafnlega góðir í því að hlaupa, veiða, elda, þrífa sig, finna maka, búa til afkvæmi með makanum, verja afkvæmið o.frv.

Fleira þarf ekki til að útskýra fjölbreytileika lífsins, eiginleika lífvera og hvers vegna þær bila.

 

Darwinísk læknisfræði

Þróunarkenningin kastar einstöku ljósi á læknisfræðina, því hún hjálpar okkur að skilja byggingu lífvera, hvernig samskiptum sýkla og hýsla er háttað, hvernig erfðagallar viðhaldast í stofnum og togstreitu á milli kerfa lífverunnar. Hún sýnir okkur hvaða eiginleikar eru gamlir, hvað er sameiginlegt öllum dýrum/hryggdýrum/spendýrum/mannöpum, og hvað er nýtilkomið. Mjólkurkirtlar birtust í einum hópi lífvera, næringarsepar sæhestanna eru önnur leið að sama marki (nema hvað þeir eru á karldýrinu).

Þróunarkenningin útskýrir hvernig skaðlegar stökkbreytingar viðhaldast, þær eru fjarlægðar af náttúrulegu vali en það megnar aldrei að hreinsa allt burt (m.a. vegna þess að alltaf verða nýjar breytingar í hverri kynslóð).

Þróunarkenningin sýnir hvernig áhrif stökkbreytinga veltur á umhverfinu - ef umhverfi breytist þá getur það sem var gott orðið skaðlegt. Ekki allir sjúkdómar vegna erfða, umhverfisþættir valda mörgum sjúkdómum (sígarettur og asbest búa til lungnakrabbamein). Náttúrulegt val getur ekki varið okkur fyrir slíku, bara vitsmunaleg hegðun fólks (svona eins og að setja sílikon í poka og smeygja undir húðina....).

Og ef við notum of mikið af sýklalyfjum, þá mun þol gagnvart þeim þróast vegna náttúrulegs vals.  Það er því mikilvægt að læknar kunni þróunarfræði.

Það er hægt að hafna útskýringum þróunarkenningarinnar á fjölbreytileika lífsins og sýklalyfjaóþoli, og skírskota til yfirnáttúrulegra krafta. En þá ertu búinn hafna vísindalegri aðferð og opna dyrnar fyrir allskonar yfirnáttúrulegar skýringar á þyngdaraflinu, jarðskjálftum, getnaði, gangi tunglsins og sigri eða tapi í íþróttum.

 

Líkamspartavélvirkjar eða fræðimenn?

Það er reyndar praktísk spurning, hversu mikið þarf einstakur starfsmaður að vita. Ef hlutverk þitt er að greina lungnasjúkdóma í 30 einstaklingum á dag, hversu oft þarft þú að nýta þér þekkingu á þróunarkenningunni? Ef um er að ræða fjölónæman stofn baktería, sem þolir öll þekkt sýklalyf, þá er það gott. Ef um er að ræða 50 ml af steinolíu sem sjúklingurinn andaði að sér af því hann vildi vera eldgleypir, þá þarftu ekki að nýta þér þekkingu um þróunarkenninguna.

Norski læknirinn starfar á sviði geðlæknisfræði. Vera má að þróunarkenningin gagnist honum ekkert í sínu starfi. Spyrja má hefði umsókn viðkomandi verið hafnað er hann hefði efasemdir um erfðalögmál Mendels? Þyngdarlögmál Newtons? Taugalíffræði tuttugustu aldar?

 

Eru læknar líkamspartavélvirkjar*, sem þurfa ekki að vita neitt um þau lögmál sem móta líkama? Eða þurfa þeir að kunna skil á bestu útskýringum á því hvernig líkamar virka, ekki bara einkennum sem koma fram þegar þeir bila.

Kveikjan að pistlinum var upphringi frá Frosta og meðreiðarsveini hans í Harmageddon.

 

* Með þessari líkingu er ekki verið að kasta rýrð á starf vélvirkja, en mér skilst á kunningjum að margir nútímavélvirkjar þurfi ekki að skilja starfsemi véla, bara skipta um partana sem tölvan segir að séu bilaðir. Þar liggur grunnurinn að líkingunni.

 

Ítarefni:

George C. Williams og Randolph M. Nesse  Why We Get Sick: The New Science of Darwinian Medicine

Darwinian medicine, Nesse, RM et al. (2009). "Making evolutionary biology a basic science for medicine". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (PNAS) Suppl 1 (suppl_1): 1800–7.


Vistheimt á Íslandi í eina öld - hvað höfum við lært?

Hið íslenska náttúrufræðifélag stendur fyrir röð erinda um fróðleg og forvitnileg efni. Í dag mun Ása L. Aradóttir, vistfræðingur og prófessor hjá Landbúnaðarháskóla Íslands, fjalla um vistheimt á Íslandi. Úr tilkynningu:

Erindið verður flutt mánudaginn 30. janúar kl. 17:15 í stofu 132 í Öskju, Náttúrufræðihúsi Háskóla Íslands.  Aðgangur er öllum heimill og ókeypis.

Ágrip

Vistheimt hefur verið skilgreind sem ferli er stuðlar að endurheimt vistkerfa sem hefur hnignað, hafa skemmst eða eyðilagst. Skipulegt tarf að vistheimt á Íslandi spannar rúma öld, frá því að sett voru
lög um skógrækt og varnir gegn uppblæstri lands árið 1907. Í kjölfar þess var meðal annars skógarleifum bjargað á nokkrum stöðum og birkiskóglendi endurheimt í nágrenni þeirra. Mikinn hluta síðustu aldar var einkum lögð áhersla á að stöðva sandfok og græða upp örfoka land til þess að vernda byggð, bæta búskaparskilyrði og „greiða skuldina við landið”. Þær aðgerðir leiddu oft til vistheimtar, þó hún hafi í fæstum tilvikum verið upphaflegt markmið þeirra. Á síðustu áratugum hefur áhersla á endurheimt mikilvægra vistkerfa í íslenskri náttúru, svo sem votlendis og birkiskóga, farið vaxandi. Sú áhersla tengist meðal annars verndun líffræðilegrar fjölbreytni og viðleitni
til að binda kolefni og draga þannig úr gróðurhúsaáhrifum.“
asa_20a_bigMynd af vef Náttúrufræðistofnunar Íslands.

Á síðasta ári gáfu Landbúnaðarháskóli Íslands og Landgræðsla ríkisins út ritið Vistheimt á Íslandi. Þar er í fyrsta sinn birt samantekt yfir vistheimt á Íslandi og rannsóknir í hennar þágu. Alls er í ritinu lýst 85 vistheimtarverkefnum sem ná yfir um 1700 km2. Í erindinu verður stiklað á stóru um sögu og árangur vistheimtar hér á landi síðustu öldina og rætt um lærdóma sem draga má af þeirri reynslu.

Ása L. Aradóttir fæddist árið 1959. Hún lauk B.S. prófi í líffræði frá Háskóla Íslands 1981, M.S. prófi í líffræði frá Montana State University 1984 og doktorsprófi í vistfræði og stjórnun úthaga (Rangeland Ecology and Management) frá Texas A&M University 1991. Ása starfaði við Rannsóknastöð skógræktar, Mógilsá 1991-1998, var sviðsstjóri rannsóknarsviðs Landgræðslu ríkisins 1998-2006 en hefur verið prófessor við Landbúnaðarháskóla Íslands síðan 2006.


Afkoma lunda í Vestmannaeyjum með tilliti til aldurs

fraticulaartica_sigridurrutfranzdottir.jpg

Hálfdán H. Helgason heldur meistarafyrirlestur frá Líf- og umhverfisvísindadeild. Efni ritgerðar hans fjallar um afkomu lunda í Vestmannaeyjum með tilliti til aldurs

Erindið er þann 26. janúar kl. 15:40 í stofu 132 í Öskju, náttúrufræðahúsi HÍ.

 

Í ritgerðinni, sem er skipt upp í þrjá kafla, fjallar Hálfdán um;
A.  Mælingar á varpárangri lunda í Vestmannaeyjum sumrin 2008 og 2009, í sjö byggðum  í þremur eyjum.
B.   Samantekt á endurheimtum lunda eftir aldri, tíma og staðsetningu, byggt á merkingum Óskars J. Sigurðssonar og Sigurgeirs Sigurðssonar frá 1959 til 2007. Niðurstöðurnar eru bornar saman við  erlendar rannsóknir.
C.   Lífs- og endurheimtulíkur fullorðinna varpfugla í Stórhöfða frá 1959 til 2007 metnar með Cormack, Jolly Seber líkani leiðréttu fyrir,,flökkufugla-áhrifum”  (e. Transience effect). Val á líkani er rökstutt og niðurstöður bornar saman við  niðurstöður sambærilegra rannsókna beggja vegna Atlantshafs.

Leiðbeinendur: dr. Arnþór Garðarsson Líf- og umhverfisvísinda deild HÍ, dr. Erpur Snær Hansen Náttúrustofu Suðurlands, dr. Jón Einar Jónsson Rannsóknasetri HÍ á Snæfellsnesi, dr. Páll Hersteinsson Líf og umhverfisvísindadeild og dr. Ævar Petersen Náttúrufræðistofnun Íslands.
Prófdómari: dr. Tómas Grétar Gunnarsson forstöðumaður Rannsóknaseturs Háskóla Íslands á Suðurlandi.

Ljósmynd af lunda tók Sigríður R. Franzdóttur, má ekki eftirprenta - copyright.


Sagan um saltið

Salt er einfaldur kristall natríums og klórs. Þessi tvö frumefni eru eitruð ein og sér, það er alls ekki mælt með því að drekka klór.*

saltkurlansky.jpgSalt er samofið sögu mannkyns og er lífverum nauðsynlegt. Fílar ganga mörg hundruð kílómetra leið að úfnum hömrum. Þar taka þeir til við að raspa upp úr klettunum með tönnum sínum og innbyrða salt köggla og mylsnu. Fjölfrumungar þurfa salt til margra starfa, natríum og klórjónir eru notaðar í boðskiptum, starfsemi taugafruma veltur á flæði þeirra yfir himnur.

Mannkynið fann snemma upp á því að vinna og nýta salt. Salt er heppilegt til að geyma fæðu, forfeður okkar höfðu takmarkað aðgengi að frystirými. Langvarandi snjóskaflar í Unaðsdal og öðrum bæjum á Snæfjallaströnd töldust til hlunninda fyrr á öldum en engu slíku var til að dreifa sunnar í álfunni á tímum Alexanders mikla. Salt hefur löngum verið notað í matargerð, aðallega þar sem það hjálpar til við varðveislu með því að draga út vatn og hindra vöxt örvera. Saltfiskur er fullkomið dæmi, ferskur helst þorskurinn harla stutt en að lokinni verkun breyttist hann í varanlegt nesti. Enda var engin furða að saltfiskur varð ein helsta tekjulind íslendinga fyrr á öldum og grundvöllur að viðskiptaveldi Baska, Englendinga og Bandaríkjanna (allavega Nýja Englands). 

Saltvinnsla hefur tekið umtalsverðum breytingum á umliðnum öldum. Lengi vel var það skafið af botni uppþornaðra lóna eða flæðiengja. Síðar fóru menn að beina vatni inn á ákveðin svæði, flytja salt mettað vatn í önnur lón, hita lausnirnar og bæta við fleiri skrefum sem juku afköstin. Námagröftur var einnig mikilvæg leið til að afla salts, Salzburg er t.a.m. talin hafa sprottið á framleiðslu nálægra saltnáma. Kínverjar fundu einnig upp bortækni fyrir meira en tveimur árþúsundum til þess að dæla upp saltmettuðu grunnvatni. Árið 1901 var borð eftir salti í hæðinni Spindletop í Texas, sem varð upphaf olíualdar. Saga saltsins er því samofin sögu viðskipta, tækni og þjóða.

Nútildags er framleiðsla á salti í höndum fárra mjög stórra fyrirtækja, Morton Salt og Cargill eru tveir stærstu framleiðendurnir í Bandaríkjunum (en eru með mikið af framleiðslu annara landa á sínum snærum). Bandaríkin framleiða um 22% af salt í heiminum, Kína 17% og önnur lönd minna. Innan við 10% af salti sem framleitt er fer til manneldis, í Bandaríkjunum fer rúmur helmingur á vegina - til að draga úr hálku og bræða snjó. Saltiðnaðurinn er meira að segja með sína eigin stofnun Salt institute sem gætir hagsmuna framleiðenda (m.a. með því að bera í bætifláka fyrir salt í fæðu).

Margar rannsóknir hafa sýnt að ofneysla salts er hættuleg, hún hækkar blóðþrýsting, eykur líkurnar á hjartaáfalli, heilablóðfalli og nýrnabilun. Bandaríska matareftirlitið (FDA) hefur lagt til að fólk dragi úr notkun salts.

Hérlendis kom upp sérkennilegt tilfelli, þar sem iðnaðarsalt var selt til matvælafyrirtækja. Nokkrir fletir eru á því máli sem blaðamenn hafa gert ágætlega í að fylgja eftir. Vonandi láta þeir ekki deigan síga og reyna að greina hvort að þetta sé afleiðing brotalama í i) regluverki, ii) framkvæmd eða framfylgingu regluverks, iii) eftirliti opinberra aðilla, iv) innra eftirliti fyrirtækja. Einhver verður að axla ábyrgð, (borga, hætta störfum eða vera rekinn), og síðan þarf að sjá til þess að þetta komi ekki upp aftur.

Salts heldur samt sínu hlutverki í samfélagi manna, og mun gera um ókomna tíð.

* Eiginleikar salts eru flóknari eiginleikar frumefnanna sem mynda það, sem er lögmál um uppsprotna eða uppkomna eiginleika (e. emergent properties). Þetta lögmál útskýrir af hverju eiginleikar verða til á hverju stigi skipulags. Eiginleikar natríum og klórs hjálpa t.d. ekki til við að skilja starfsemi taugakerfis, til þess þarf að horfa á annað stig skipulags, í þessu tilfelli byggingu tauganna, tengingu þeirra við skynfærin, og hegðan einstaklinga.

Leiðrétting. Í upphaflegri útgáfu pistils stóð öldum, en það átti að vera árþúsundum.

Ítarefni.

Pistillinn er innblásin af ágætri bók eftir blaðamanninn Mark Kurlansky um saltið (bestu þakkir fyrir lánið Daníel).

Salt Mark Kurlansky 2002.

Sagan um Þorskinn. Mark Kurlansky. Umfjöllun Morgunblaðsins 1998.


mbl.is Upplýsi um salt á vefnum
Tilkynna um óviðeigandi tengingu við frétt

Erindi: Hlutföll kynja og mögnuð æxlisgen

Ég vildi benda líffræðiáhugamönnum á tvö erindi í vikunni.

Snæbjörn Pálsson dósent við Líf og umhverfisvísindadeild HÍ mun fjalla um kynhlutföll hjá fuglum í erindi föstudaginn 27. janúar 2012 (kl. 12:30-13:10).

Samkvæmt lögmáli Mendels og spám um áhrif náttúrulegs val má búast við að kynhlutföll meðal kynæxlandi lífvera séu jöfn. Athuganir á kynhlutföllum hjá fuglum hafa þó í mörgum tilvikum sýnt skekkt kynhlutföll, þar sem karlfuglar eru oft í meirihluta. Greint verður frá athugunum á kynhlutföllum vaðfugla, einkum fullorðinna fugla á vetrarstöðvum. Ástæður að baki þessum mun og mögulegar afleiðingar verða ræddar.

gunnarhallgrimsson_img_4634.jpg

Föstudagsfyrirlestrar Líffræðistofnunar eru haldnir í stofu 130 í Öskju, náttúrufræðahúsi HÍ og eru öllum opnir. Erindin eru flutt á íslensku, nema annað sé tekið fram.

Ljósmynd Gunnar Þór Hallgrímsson (copyright), fleiri myndir Gunnars má sjá á vefnum www.fuglar.is.

Snæbjörn hefur stundað rannsóknir á þróun, m.a. endurröðunar sem er bein afleiðing byggingar litninga og kynæxlunar. Hann fjallaði almennt um kenningar um þróun kynæxlunar í bókinni Arfleifð Darwins.

Mögnuð æxlisgen 

Edda Olgudóttir líffræðingur mun halda verja meistararitgerð sína frá Læknadeild HÍ á fimmtudaginn 26. janúar 2012.

Ritgerð Eddu heitir “Hugsanleg æxlisgen á 8p12-p11 mögnunarsvæðinu: Æxlisgen tilgreind og prófuð í brjóstakrabbameinsfrumulínum”.

Í sumum gerðum krabbameins sjást oft sömu breytingar á ákveðnum svæðum erfðamengisins. Dæmi um slíkar breytingar er fjölföldun á ákveðnum hlutum litninga. Venjulegir einstaklingar eru með 2 eintök af hverjum litningi í hverri frumu. En ákveðnum krabbameinsfrumum hefur hluti eins litnings fjölfaldast. Í tilfelli brjóstakrabbameina hefur svæði á litningi 8, (kallað 8p12-p11) fundist fjölfaldað í stórum hluta krabbameina. Tilgátan er sú að þessi fjölföldun sé ekki tilfviljun, heldur að hún geti verið ein af orsökum krabbameinsins. Á þessu svæði á litningnum er slatti af genum, og rannsókn Eddu miðaði að því að skoða hvort að einhvert genanna gæti aukið líkurnar á brjóstakrabbameini?


Gömul viðskiptaveldi og nútíminn

Mörg fyrirtæki byggjá einkaleyfum á tiltekinni vöru eða rétti til að fjölfalda efni (bækur myndbönd eða tónverk). Þetta er skiljanlegt, hvað varðar höfund og framleiðslu. Ef einhver hefur haft fyrir því að semja mikið skáldverk, eða taka saman fræðilegan texta um hvali eða stjörnuþokur, þá er eðlilegt að viðkomandi fái greiðslu fyrir vinnu sína. Þeir geti selt Jarðnæði, Harðsoðið undraland... eða Biophiliu (Wilsons eða Bjarkar) fyrir sanngjarnt verð. Til þess að auðvelda fólki þetta spruttu upp útgefendur, bóka, hljóðritanna og tímarita. Sérhæfðir aðillar sem gerðu hlutina á hagkvæmari hátt en einyrkjar.

Nú er kominn upp annar veruleiki. Gömlu viðskiptaveldin riða til falls, vegna þess að tölvu og netvæðingin hefur grafið undan tangarhaldi þeirra og vegna þess að hinir klassísku miðlar eru á undanhaldi.

Opið aðgengi og stuldur

Tveir mikilvægir þættir í þessu samhengi eru heimspeki tölvunarfræði og vísinda og mannlegt eðli. Víkjum fyrst að heimspeki sem mjög margir "frítt-lifandi" tölvunarfræðingar vinna eftir. Þetta er hugmyndin um opinn aðgang (open access), sem er sérstaklega sterk í linux-hluta netheima. Fjöldinn allur af forritum hafa verið skrifuð með þessu fororði, forritið er opið og öllum aðgengilegt til breytinga og betrumbóta, að því skilyrtu að viðkomandi reyni ekki að selja það þriðja aðilla.

Mannlega eðlið kemur svo til leiks þegar napster kynslóðin kýs að hundsa höfundarétt. Fólki finnst ekkert mál að stela tónlist, kvikmyndum, bókum og texta af netinu, jafnvel þótt það þýði að Mugison eða Stephen Hawking hafi ekki efni á humar þau jólin. Fyrir hvern metsöluhöfund eru örugglega 100 eða fleiri höfundar eða listamenn sem rétt skrimta, og þá munar aldelis um hvert selt eintak af bók, diski eða mp-þristi.

wikipedia

Einn vettvangur baráttu klassískra viðskiptavelda og hins opna netsamfélags eru síður eins og Wikipedia. Þar er markmiðið að skapa opna alfræðiorðabók, sem allir geta lagt sín lóð á vogaskálarnar. Þar geta margir sérfræðingar hjálpast að til að skrifa skýra og aðgengilega pistla um mikilvægustu hugmyndir og staðreyndir. Þetta er frábær hugmynd, en alls ekki fullkomin í framkvæmd. Vinur minn lenti í því að bítast við nokkra sérfræðinga um ákveðið málefni, þeir leiðréttu texta hvors annars á víxl, því að þeir höfðu mjög mismunandi skilning á grundvallaratriðunum. Lyktir málsins urðu þær að vinur minn var lokaður út af stjórnendum Wikipedia, í krafti fjöldans þá höfðu hinir betur. Vinur minn hefur stundum rangt fyrir sér, en spurning er hvort að fjöldakosning sé rétta leiðin til að ákvarða atriði í alfræðiorðabók. Encyclopedia Brittanica sem finnast á mörgum íslenskum heimilum (alltaf mjög gamlar útgáfur!) gengur út á hið gagnstæða, sérfræðingar eru ráðnir til þess að uppfæra hvert atriði. Ekki er treyst á fjölda, heldur bestu mögulegu þekkingu á viðkomandi sviði.

Aðgengi að vísindagreinum

Í vísindum er aðgengi að fræðigreinum ansi sérstakt. Það komst snemma á sú hefð að vísindamenn sendu greinar til birtingar í fagtímaritum, sem ákveðnir útgefendur sáu um i) að fá faglega aðilla til að rýna og meta, ii) búa til prentunar, iii) prenta og iv) dreifa á bókasöfn og fagaðilla. Í langflestum tilfellum afsöluðu vísindamennirnir sér höfundarétti til útgefenda. Vísindamenn fá næstum aldrei greiðslur fyrir greinar eða bækur (nema þeir sem gefa út vinsælar bækur eins og Skipulag alheimsins). 

Þetta er all sérstök uppsetning, þar sem vísindamenn fá flestir peninga frá almenningi (samkeppnissjóðum á vegum fylkja, ríkis og ríkjabandalaga (ESB). Bandaríska heilbrigðisstofnunin (NIH) útdeilir hundrum milljörðum á ári ($31.2 milljarðar á ári), en hefur gert þá kröfu að þeir sem þiggi styrki skuli sjá til þess að niðurstöðurnar séu öllum aðgengilegar. Það er skynsamlegt, ríkið borgar fyrir rannsókn og vill að niðurstöðurnar séu ekki læstar niðri í skúffu. Þessi heimspeki er sterk í vísindum og hefur margar birtingarmyndir (aðgengi að gögnum og kennitölur vísindamanna).

Á sama tíma bandarískir þingmenn stinga upp á SOPA lögunum til að setja bönd á hugverkaþjófa, þá liggur fyrir þinginu frumvarp um vísindaútgáfu að undirlagi félags útgefenda vísindatímarita. Þetta lagafrumvarp er sett til höfuðs stefnu NIH. Vísindamenn hafa barist gegn þessu, en fagfélög þeirra virðast steinsofandi (Academic publishers have become the enemies of science - Mike Taylor í the Guardian).

Vonandi hafa bandarískir þingmenn rænu á að hafna þessum lagafrumvörpum. Hitt er víst að miðlun upplýsinga og þekkingar er að gjörbreytast. Opnir miðlar og net þekkingar verða framtíðin. Það er okkar að tryggja að yfirvöld hafi ekki tæki til að ritskoða eða fela efni á vefnum. Þótt að við treystum stjóranum í brúnni í dag til að misbeita ekki valdi sínu, þá er ómögulegt að vita hvaða TeboðsTalibani getur náð völdum í Bandaríkjunum eða Erfðabreyttshatandi-bullukollur í ESB.

Innan vísinda er straumurinn frá hinum klassísku vísindaritum. Public library of Science (PLoS, sem gefur út PLoS biology og PLoS one) er tilraun til að skapa mótsvar við hinum einkareknu vísindatímarits-útgáfum. Þar þurfa höfundar að borga fyrir prentkostnað (um 2000 dali - hægt að fá þetta lækkað eða fellt niður ef maður kemur frá þriðja heimslandi eins og Botswana eða Íslandi). PLoS er rekið á núlli, með greiðslum fyrir útgáfu, framlögum félaga og einkaaðilla. Gömlu veldin, Nature, Science, Elsevier hafa hakkast í PLoS, en ekki orðið ágengt. PLoS one birtir greinar og umsagnir ritrýnara, opnar fyrir athugasemdir og umræður um tilteknar greinar. Annar vettvangur fyrir opin skoðanaskipti vísindamanna er arxiv.org opinn síða fyrir handrit á sviði eðlisfræði, stærðfræði, líffræði og skyldra greina. Þar má nálgast 700.000+ handrit.

Nýjir vettvangar eru að koma í stað (eða allavega sem ríkuleg viðbót) við hið klassíska ritrýningarferli sem gömlu tímaritin byggja á.

Slagurinn sem stendur um SOPA og Wikipedia, er sem sagt hluti af stærra stríði gamalla viðskiptavelda og nútímalegrar hugsunar um aðgengi að gögnum. Málið snertir bæði frelsi í samfélaginu og framtíð vísindastarfs.

Ítarefni:

Academic publishers have become the enemies of science - Mike Taylor í the Guardian

New York Times Jan. 16. 2012  Cracking Open the Scientific Process THOMAS LIN


mbl.is Wikipedia lokar í 24 tíma
Tilkynna um óviðeigandi tengingu við frétt

Erfðamengi og tjáning þess í 14 apategundum

Föstudaginn 20. janúar 2012 mun Páll Melsted lektor við Iðnaðarverkfræði-, vélaverkfræði- og tölvunarfræðideild Háskóla Íslands halda erindi sem kallast Frumraðgreining á mRNA röðum.

Páll er nýkominn til starfa við HÍ, en vann sem nýdoktor við rannsóknir á genatjáningu og þróun meðal 12 tegunda mannapa, apa og skyldra tegunda. Erindi hans fjallar um nýjar leiðir til að raða sama mRNA röðum úr lífverum sem ekki hafa verið raðgreindar að fullu. Í erindinu verður lögð áhersla á eiginleika algríms og forrits sem Páll hannaði til að leysa þetta vandamál og tæpt á helstu niðurstöðum rannsóknarinnar.

Tegundir með lítinn erfðabreytileiki innan stofns eru í hættu, af að með takmarkaðan breytileika á stofninn erfiðara með að þróast, t.d. ef umhverfi breytist.

Það er talið að tegundir í útrýmingarhættu séu sérstaklega veikar fyrir, ef erfðabreytileiki innan stofnsins sé orðinn mjög lítill. Páll og félagar hafa sýnt það er lítið sem ekkert samband á milli erfðabreytileika innan stofns og þess hvort að mannapa eða apategund er álitin í útrýmingarhættu. Sú staðreynd bendir til að hægt sé að bjarga stofnum mannapa og apa, ef við höfum rænu á að vernda búsvæði þeirra og hætta veiðum.

Páll fjallaði um líffræðilegar niðurstöður rannsókna sinna á líffræðiráðstefnunni síðastliðinn nóvember. Úr ágripi erindis hans.

Samanburðarrannsóknir á erfðamengjum prímata hafa gefið góða innsýn inn í þá þætti þróunar sem móta erfðafræðilegan fjölbreytileika og fundið líklegastu erfðafræðilegu  útskýringu  á aðlögun einstakra tegunda að umhverfi sínu. Til þessa hafa rannsóknir verið takmarkaðar við fáar tegundir. Fá erfðamengi prímata  eru raðgreind að fullu, þar á meðal erfðamengi þeirra tegunda sem eru í hvað mestri útrýmingarhættu.

Í þessari rannsókn höfum við tekið fyrsta skrefið til að brúa þetta bil með því að raðgreina RNA úr lifrum margra einstaklinga fyrir 16 tegundir spendýra, þar á meðal manna og 11 annarra prímata. Af þessum 11 prímötum eru 5 lemúrar, letiapar og galagóapar þar sem lítið eða ekkert er þekkt um erfðamengi þeirra.

Til að  greina gögnin þróuðum við aðferðir við frumraðgreiningu á mRNA gögnum úr háhraðaraðgreinum. Alls voru 5721 gen raðgreind að meðaltali fyrir hverja tegund. Út frá þessum gögnum var hægt að bera saman erfðabreytileika  og aðgreiningu milli tegunda bæði frá genaröðunum sjálfum og gögnum um tjáningu gena.

Við fundum mynstur í breytileika gena og genahópa sem samsvarar jákvæðu vali, þar á meðal 18faldan fjölda gena (miðað við núlltilgátu) úr genahópi oxunarkorna sem hafa líklega þróast undir jákvæðu vali í forfeðrum prímata. 

Erindið verður flutt á ensku.

Föstudagfyrirlestrar Líffræðistofnunar hefjast kl 12:30 í stofu 130 í Öskju, Náttúrufræðahúsi HÍ. Þeir eru öllum opnir með húsrúm leyfir. Dagskrá í heild sinni má nálgast á vef Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ.

Viðtal var við Pál í morgunútvarpi rásar 2 nú í vikunni.

Leiðrétting, í fyrstu útgáfu pistils stóð 13. janúar, rétt er að erindið verður 20. janúar. Velvirðingar er beðið á þessum mistökum.

Ítarefni

Comparative RNA sequencing reveals substantial genetic variation in endangered primates. Perry GH, Melsted P, Marioni JC, Wang Y, Bainer R, Pickrell JK, Michelini K, Zehr S, Yoder AD, Stephens M, Pritchard JK, Gilad Y. Genome Res. 2012 Jan 3.


Ólmur hugi og þunglyndur

Félagi Steindór var í viðtali á Rás 2 í morgun (Hætti að taka geðlyf). Viðtalið er sérstaklega hugvekjandi og hjálpar vonandi fólki sem þjáist af geðsjúkdómum og hefur hvorki fundið líkn né lækningu.

Af vef ruv.is:

Geðlæknar hafa sagt Steindóri Erlingssyni, vísindasagnfræði og líffræðingi, oftar en hann kærir sig um að muna, að hann þurfi að vera á geðlyfjum alla ævi. Hann var greindur með eitt alvarlegasta þunglyndi sem læknar höfðu séð og glímdi við það og mikinn kvíða í meira en tuttugu ár.

Því fylgdi líka mikil manía. Hann hætti á lyfjunum fyrir nokkrum árum og ákvað að takast á við sjúkdóm sinn með öðrum aðferðum. Hann sagði í Morgunútvarpi Rásar 2 frá baráttunni við geðsjúkdóma og miklum átökum milli fræðimannsins og sjúklingsins en hann hefur sjálfur skrifað mikið um vísindi og heilbrigðismál. Fyrir tveimur árum kynntist hann geðlækni sem breytti lífi hans. Í viðtalstímum var hann látinn setja upp persónuleg leikrit þar sem fræðimaðurinn og sjúklingurinn tókust á. Steindór fór að hreyfa sig og takast á við sjúkdóminn með eigin vilja og hugarafli. Hann telur að það hafi verið rétt ákvörðun hjá sér, á sínum tíma, að hætta að taka lyf. En segir hins vegar að oft geti lyf verið afar gagnleg. Það má lesa nánar um þetta í grein sem Steindór skrifar í nýjasta tímariti Geðverndar.

Við fjölluðum aðeins um grein Steindórs í Geðvernd í lok síðasta árs (Fræðimaðurinn og Sjúklingurinn). 

Geðvernd: Rit Geðverndarfélags Íslands ( Frá vonleysi til vonar: Hugleiðingar fræðimanns um sjúkling, geðlyf og bata, 40: 24-29, 2011.)


James F. Crow er fallinn frá

Lengi framan af síðustu öld héldu vísindamenn að geislun væri einungis hættuleg í miklu magni. En í upphafi kjarnorkualdar komu fram áhyggjur um að minni geislun gæti einnig verið hættuleg, því að hún myndi smám saman valda breytingum á erfðaefni einstaklinga, bæði í venjulegum vefjum og kynfrumum.

Bandaríska vísinda akademían (National science academy) setti á fót nefndir sérfróðra erfðafræðinga til að meta áhrif geislunar á erfðaefni. Herman Muller hafði sýnt að sterk geislun leiddi til litningabrota (og hlaut Nóbelsverðlaunin fyrir uppgötvun sína).

James F. Crow sem féll frá nú í upphafi árs, var skipaður í þessa nefnd og fleiri áþekkar sem í kjölfarið fylgdu. Sérsvið hans var stofnerfðafræði (population genetics) sem snýst um eðli stökkbreytinga, áhrif þeirra, erfðir og hvernig þær viðhaldast í stofnum lífvera. Slíkt er ákaflega mikilvægt þegar við viljum vita hvaða áhrif stökkbreytandi efni eða geislar hafa á lífverur og stofna þeirra.

crow_jim_2006_002Mynd af James Crow af vef Madison háskóla í Wisconsin, hann spilar á víóluna sína (hann lék með symfoníu hljómsveit Madison til 1994).

Hann og samstarfsmenn drógu saman margar niðurstöður, m.a. gögn frá fluguerfðafræðingnum Edward Lewis sem leiddi líkur að því að geislun ýtti undir hvítblæði (Lewis 1957). Það kom nefnilega í ljós að geislun er hættuleg, jafnvel þótt í litlu mæli sé. Væg geislun í langan tíma getur haft jafn slæm áhrif og mikil geislun í stuttan tíma.

Ný rannsókn á fjölda hvítblæðis tilfella í börnum á árunum 2003-2007 í nágrenni franskra kjarnorkuvera fellur alveg að þessari niðurstöðu. Gögn frönsku vísindamannana eru frekar veik, áhættuhlutfallið (odds ratio - OR) er 1.9. Öryggismörkin á áhættuhlutfallinu eru frá 1.0 til 3.3, ef hlutfallið er 1.0 þá er engin áhætta, en ef OR er 2, þá eru tvisvar sinnum fleiri sjúklingar en búast má við (t.d. 2/1000 fjarri kjarnorkuverum en 4/1000 nærri kjarnorkuverum - ATH þessar tölur eru tilbúnar, til að útskýra OR).

Það sem reyndar bendir til þess að áhrif kjarnorkuveranna á hvítblæði séu mjög veik (ef þá raunveruleg) er að greinin fann ekki samband fyrir börn sem fæddust á milli 1990 til 2001, eða þegar gögnin eru öll greind í heild.

Þótt að kjarnorkuver séu hræðileg uppfinning, þá hefur verkfræðingum tekist að draga mjög úr mengun vegna geislavirkra efna. Allavega nú á dögum. Maður hugsar til þess með hryllingi hvernig fer eftir 5-100 kynslóðir, ef samfélag manna hættir að geta fjárfest í stáli og steypu til að loka inni geislavirkan úrgang sem hefur safnast upp á jörðinni.

James Crow barðist fyrir banni á kjarnorkutilraunum, sérstaklega sprengingum ofanjarðar sem leiddu til hækkunar á hlutfalli geislavirkra sameinda í andrúmsloftinu. Hann tók einnig þátt í umræðu um það hvernig nýta mætti DNA til að greina lífsýni, t.d. í glæparannsóknum.

James Crow var lærifaðir margra stofnerfðafræðinga, en varaði fólk við því að þetta væri erfitt fag og ólíklegt til vinsælda í líffræði. Hann sá ekki fyrir þá byltingu sem hefur orðið á líffræði, með raðgreiningu erfðamengis mannsins og rannsóknum sem skoða þúsundir eða milljónir stökkbreytinga jafnt í bleikjum og himnuskóf. Nú vilja mjög margir líffræðingar iðka stofnerfðafræði, sem er skemmtilegur viðsnúningur viðhorfi til einnar stærðfræðilegastu grein lífræðinnar.

James var einnig mikilvirtur kennar og einn ritstjóra vísindatímaritsins Genetics í nokkra áratugi. Hann varð 95 ára í fyrra og af því tilefni birtast nú greinar um störf hans í Genetics. Því miður entist honum ekki ævin til að lesa allar greinarnar, en hann náði grein sem Daniel Hartl skrifaði. Þar ræddi Dan um upplifun sína sem nemandi í grunnkúrs í erfðafræði, sem James kenndi:

I met him personally only after the midterm exam when an anonymous grader had marked my fill-in answer “plieotropy” as wrong without explanation. I made my way to the New Genetics Building (now called the Old Genetics Building) on Henry Mall, where I introduced myself to Professor Crow and inquired why the answer was marked wrong. He cheerfully explained that that answer was wrong because the spelling was incorrect. I argued that, given the context, any reasonable person would have known what I meant. But he countered genially with the remark that grading must be based on what students write, not what they mean.

Orðið sem Dan Hartl flaskaði á var fjölvirkni (pleiotropy), sem þýðir að gen hafi áhrif á tvo eða fleiri eiginleika. Fjölvirkni er reglan í lífverum, ég hef ennþá ekki séð gen sem hefur einungis eitt hlutverk. Í gegnum þróunarsöguna hafa flest gen fengið fleiri en eitt hlutverk og valda þeim að því er virðist ágætlega.

Ítarefni. 

Claire Sermage-Faure o.fl. Childhood leukemia around French nuclear power plants – the Geocap study, 2002-2007 International journal of cancer DOI: 10.1002/ijc.27425

MBL.is Aukin tíðni hvítblæðis í nágrenni kjarnorkuvera 11. jan. 2012.

Nicolas Wade James F. Crow, Population Genetics Pioneer, Dies at 95 NY Times, 11. jan. 2012.

 Seymour Abrahamson James F. Crow: His Life in Public Service Genetics January 2012 190:1-4; doi:10.1534/genetics.111.135186 Abstract

 Daniel L. Hartl James F. Crow and the Art of Teaching and Mentoring Genetics December 2011 189:1129-1133; doi:10.1534/genetics.111.135160 

Lewis E. B. , 1957Leukemia and ionizing radiation. Science 125: 965972.Abstract

 


mbl.is Aukin tíðni hvítblæðis í nágrenni kjarnorkuvera
Tilkynna um óviðeigandi tengingu við frétt

Næsta síða »

Innskráning

Ath. Vinsamlegast kveikið á Javascript til að hefja innskráningu.

Hafðu samband