Furðuleg vinnubrögð WHO

Þessi stúdía sem um ræðir er ekki aðgengileg, því er næstum ómögulegt að meta hvað liggur að baki niðurstöðunum.

Besta úttekt sem ég hef séð á þessu var gerð af Ben Goldacre (Bad Science: Are mobiles a health risk? There's no answer yet).

First, transparency: science isn't about authoritative utterances from men in white coats, it's about showing your working. What does this report say? How do they reason around contradictory data? Nobody can answer those questions, because the report isn't available. Nobody you see writing confidently about it has read it. There is only a press release. Nobody at IARC even replied to my emails requesting more information.

en SIDDHARTHA MUKHERJEE ræddi einnig mat á áhættuþáttum krabbameina í víðara samhengi í grein í NYTIMES magazine í vor (Do Cellphones Cause Brain Cancer?)

It is possible, of course, that even these sophisticated experiments will be unable to determine the risk. The lag time of cancer development with phone use may be 50 or 70 years — and cellphones have been around for only three decades or so. Yet even a slow-lagging cancer is unlikely to arise at a single point in time after exposure. Like most biological phenomena, cancer risk typically rides a statistical curve, with some patients developing cancer early, others peaking in the middle and yet others trailing off decades later. Thus far, no such statistical curve has been evident for brain cancer.

Farsímar ekkert hættulegir?

Tölur, líffræði og flokkun fólks eftir iðrabakteríum

Þegar maður horfir á náttúrulífsmyndir er afar sjaldgæft að sjá tölur, hvað þá jöfnur eða algríma, fleygboga og líkindadreifingar. Engu að síður er hægt að lýsa flestu í náttúrunni með tölum, jöfnum og ójöfnum.

• Sveiflur í mývarginum við Mývatn má lýsa með nokkrum einföldum jöfnum. 
• Stofnstærð og nýliðun þorskstofnsins er lýst með tölum og jöfnuhneppum.
• Áhrif stökkbreytinga á sjúkdóma og heilbrigði má greina með tölfræði á stórum gagnasettum.

Tölfræði og töluleg líffræði (computational biology) eru í grunninn gömul fög, en framfarir bæði í tölvunarfræði og sameindalíffræði hafa ýtt undir byltingu í þessum fræðum. Nokkur ný fög hafa orðið til eða tekið stórstígum breytingum, svo sem erfðamengjafræði, lífupplýsingafræði, prótínmengjafræði, kerfislíffræði, og einnig fornfræg fög eins og sameinaþróun og stofnerfðafræði. Það veltur dálítið á því hvaðan fólk kemur, hvað það kýs að nefna sitt fag, en flest af þessu má skilgreina sem tölulega líffræði.

Á næstunni verða tveir viðburðir á þessu sviði hérlendis. Í lok mánaðar mun Martin Sigurðsson verja doktorsritgerð sína frá Læknadeild. Hann vann verkefni sem kallast Lífupplýsingafræðileg og sameindalíffræðileg greining á eiginleikum DNA-metýlunar í erfðamengi mannsins. Úr ágripi.

Utangenaerfðir (epigenetics) fjalla um utangenamerki, upplýsingar tengdar erfðaefninu, sem erfast við frumuskiptingu án þess að vera hluti af DNA röðinni sjálfri. Metýlun á DNA er mest rannsakaða utangenamerkið. Breytingar á DNA-metýlun eru hluti af meingerð margra algengra sjúkdóma, þar á meðal krabbameins. Markmið doktorsverkefnisins var að beita lífupplýsinga- og líffræðilegum aðferðum til að auka skilning á dreifingu og hlutverki DNA-metýlunar í erfðamengi mannsins.

Í byrjun ágúst (þann 12) verður málþing um tölulega líffræði (Computational Analysis of Complex Biological Systems) á vegum HÍ og Íslenskrar Erfðagreiningar. Nokkrir erlendir fyrirlesarar mæta til leiks en einnig mun einvalalið ÍE og kerfislíffræðiseturs kynna sínar rannsóknir. Fulla dagskrá má sjá í meðfylgjandi skjali.

Ég mæli sérstaklega með erindi Peer Bork, sem hefur m.a. rannsakað bakteríuflóru í iðrum fólks með því að raðgreina DNA í stórum stíl (svokallað víðerfðamengi e. metagenome). Þrátt fyrir mikinn fjölbreytileika í tegundum og samsetningu má flokka fólk í þrjár megin gerðir út frá bakteríuflóru í iðrum. Athyglisvert er að ein bakteríutegund dugir ekki til að flokka fólkið. Það þarf að skoða allar tegundirnar - það er bakteríusamfélagið sem skiptir máli ekki stakar tegundir. Bork og samstarfsmenn mæltu sérstaklega með því að skoða erfðamengi bakteríanna, þ.e. hvaða gen og ensím virkni er til staðar, sem gæti sýnt fylgni við aldur, þyngd og mögulega heilbrigði.

Úr ágripi greinar þeirra í Nature frá í apríl (Enterotypes of the human gut microbiome PDF er aðgengilegt á síðu Peers Bork).

The enterotypes are mostly driven by species composition, but abundant molecular functions are not necessarily provided by abundant species, highlighting the importance of a functional analysis to understand microbial communities. Although individual host properties such as body mass index, age, or gender cannot explain the observed enterotypes, data-driven marker genes or functional modules can be identified for each of these host properties. For example, twelve genes significantly correlate with age and three functional modules with the body mass index, hinting at a diagnostic potential of microbial markers.

Þar sem nýaldar og gervivísindin tileinka sér alltaf frasa og flott orð fagmanna, má reikna með að eftir nokkur ár verði komnar vörur í Heilsuhúsið sem eru i) sniðnar eru að Iðragerð (e. enterotype) einstaklingsins, eða ii) ætlað að breyta Iðragerðinni til hins betra.

Skrár tengdar þessari bloggfærslu:

• compbiosymp2011-2.pdf

Ástríkur ofbeldisfulli

Í 35 Ástríksbókunum eru 704 tilfelli um alvarlega höfuðáverka. Grein í tímaritinu European Journal of Neurosurgery, Acta Neurochirurgica, fjallar um þetta á hávísindalegan hátt. The Guardian fjallar um greinina. Þar kennir margra góðra mistilteina:

...discovering that of the 704 victims, 698 were male and 63.9% were Roman. One hundred and twenty were Gauls, 59 were bandits or pirates, 20 were Goths, 14 were Normans, eight were Vikings, five were Britons and four were extraterrestrials....

The majority of injuries were caused by the indomitable Gauls (87.1%), with Asterix and his large sidekick Obelix themselves responsible for more than half (57.6%). Only 32 head injuries were caused by Romans, write the researchers, led by Marcel A Kamp from Heinrich Heine University, and just one by a pirate....

"a doping agent called 'the magic potion'" was found to have been taken by the perpetrators of 83% of the injuries. "This substance contained mistletoe and was believed to give superhuman strength. In fact, characters who took the magic potion before traumata caused significantly more severe traumatic brain injuries," the academics discovered.

They note that a component of mistletoe, lectin, has been shown to have effects on brain tumours, but say that its role in the treatment of traumatic brain injuries "needs to be clarified by further studies".

Nútildags þarf maður að lesa nýjustu Ástríksbækurnar upp á ensku, sem er hálfdapurlegt því þýðingarnar Þorsteins Thorarensen voru stórkostlegar (þótt Egill Helgason sé ekki á sama máli). Reyndar eru bækur Uderzo frekar daprar, miðað við sögurnar sem skrifaði með Goscinny.

Ítarefni:

Aðdáendum Ástríks, Steinríks, Krílríks, Óðríks og allra hinna er bent á síðu helgaða nöfnum á hetjum vorum.

The Guardian, Alison Flood Asterix books contain 704 victims of brain injury, study finds

Neoblek - fyrir íslenska myndasögufíkla.

Snákaolía og lyfleysa

Við stöndum frammi fyrir svakalegri spurningu um heilsu og lækningar. HVERJU GETUM VIÐ TREYST?

Það gildir einu hvort fjallað sé um notagildi eða hættuna af ritalíni, broddmjólk eða Dr. Atkins-kúrnum, við þurfum leiðir til að meta áhrifin. Einnig þurfum við að vita hvar finna má rétt svör og hlutlaus.

• Ég mæli ekki með því að treysta kalli í hvítum sloppi, bara af því að hann er í hvítum sloppi og með meirapróf.
• Ég myndi frekar treysta á niðurstöður stórra og vandaðra rannsókna, en rannsókna á litlum hópi eða frásögnum einstaklinga.
• Ég myndi frekar vantreysta niðurstöðum þeirra sem hafa beina hagsmuni af sölu lyfs, meðferðar, pillu, heilsubókar eða líkamsræktartækis.

Hvaða fyrirbæri sem við höfum virkilega áhuga á ætti að meta með vandaðri vel uppsettri rannsókn. Þar sem einstaklingum (tilraunadýrum) er útdeilt í viðmiðunarhóp og meðhöndlunarhóp af handahófi, hvorki tilraunadýrin né athugandinn viti hvort um sé að ræða ekta lyf eða lyfleysu (double-blind) og síðan verður auðvitað að endurtaka herlegheitin. Jákvæðar niðurstöður geta nefnilega dúkkað upp fyrir tilviljun, og verið mistúlkaðar ef ekki er vandað til verka. 

Eins er vitað að lyfleysur (placebo) hafa jákvæð áhrif á sjúklinga. Sjúklingar bregðast jákvætt við, sama hvort þeim sé gefið lyf eða ekki. Eftirvæntingin um lækningu er það sterk að fólkinu,annað hvort batnar eða líður eins og því sé að batna. Lyfleysu áhrifin eru alþekkt í læknisfræði, og virðast vera kjarninn í óhefðbundnum "lækningum" eins Freyr Eyjólfsson þáttagerðarmaður á Rás 2 fjallaði um í Lyf og lyfleysur:

Maður að nafni Dr. Edzard Ernst sem starfar við Exeter háskólann í Englandi hefur í mörg ár rannsakað óhefðbundar lækningar. Hann hefur sjálfur lært þær og tileinkað sér þær án þess þó að stunda þær af neinu kappi. Nú hefur afraksturinn af 18 ára rannsóknarvinnu hans litið dagsins ljós: Almennur leiðarvísir um óhefðbundnar lækningar. Það sem vekur mesta athygli er að 95% af því sem er í boði virðist ekki virka neitt! Dr. Edzard Ernst  hefur borið saman lyfleysur, eða svokallaðar placebo töflur sem eru ekkert annað meinlausar sykurtöflur og óhefðbundar lækningar. Niðurstaðan: Mest allt af óhefðbundnum lækningum, eða 95%, hefur sömu virkni og lyfleysur.

Freyr tekur undir með Dr. Ernst og segir "[e]n ef fólki líður virkilega betur eftir heilun og andalækningar – helgar þá tilgangurinn ekki meðalið?". Sannarlega mega hefðbundnar lækningar leggja meiri áherslu á líðan sjúklings, en óhefðbundnar lækningar geta haft tvennt slæmt í för með sér.

• Fólk eyðir peningum í óhefðbundnar lækningar - sem það hefði annars eytt í mikilvægari hluti.
• Mögulegt er að fólk sem leiti í óhefðbundnar lækningar sé tregara til að leita sér hefðbundinna lækninga.

Í lokinn ætla ég að klikkja út með sleggjudómi. Samfélagið er að drukkna í sjálfskipuðum lífstíls og næringapostulum, það er ofgnótt kúra og meðferða á markaðnum, pillur og fjölvítamín í löngum bunum, töfralausnir og leyndarmáladrykkir seldir fyrir fúlgur fjár, allt undir áru heilsuvakningar og æskudýrkunar. Það er alveg sérkapituli hversu viljugt fólk er að kaupa sér lausnir; pillur, detox, sílikonpúða, þorskapúða, plastdúkkur, lífstílsbækur. Það liggur við að manni langi til að skrifa bókina "Töfralausn sem fær fólk til að hætta að kaupa bækur með töfralausnum*".

Að nútímamanninum steðja margskonar hamfarir og hættur, margar þeirra afleiðingar okkar eigin lífstíls og fæðuvals. Til að greina áhættuþættina og skilgreina bestu mögulegu fæðu, hreyfingu og umhverfisaðstæður þurfum við að beita aðferðum vísinda. Fólk blótar yfirleitt og ragnar þegar minnst er á tölfræði og p-gildi, box-plott og fervikagreiningar, en þetta eru verkfærin sem við getum notað til að greina kjarnann frá hisminu. Við þurfum vísindalæst fólk til að takast á við þessar spurningar og helst einhverja meðvitund í samfélaginu um mikilvægi tölfræði. Því annars munu staðreyndir málsins drukkna í söluræðum næringapostulanna og markaðsmanna lyfjanna.

Pistillinn er innblásinn af samskiptum við Vendetta (meðal annars um næringarpostulann Dr. Mercola) og pistli Freys Eyjólfssonar um Lyf og lyfleysur.

*Sem er svona setningaskrímsli í anda furðuverksins Momus "If looks could kill I'd kill the men, whose looks would kill you if looks could kill" úr laginu A Complete History of Sexual Jealousy Parts 17-24

Harðsoðið undraland og heimsendir

Fyrst bókin sem ég las eftir Murakami var Hard-boiled wonderland and the end of the world, sem vinurinn Guðmundur Erlingsson lánaði mér. Titill bókarinnar gæti jafnvel átt við Japan og atburðina í Fukushima.

Um var að ræða tveggja þráða bók, annars vegar algera fantasíu um minnislausan mann sem lendir í mjög undarlegu þorpi, og hins vegar mann sem starfar í hátækni-upplýsinga-geira framtíðarinnar, þar sem heilinn hans er annað hvort verkfæri eða leyndarmál (ég var aldrei almennilega viss). Báðar sögurnar rekja dularfulla atburði, báðar veraldir eru á mörkum hins raunverulega og samskipti allra persóna eru mjög óræð. Óvissa, leyndardómar og fyrirbæri á mörkum hins skiljanlega einkenna skrif Murakamis, á milli þess sem hann fjallar um núðlur, konur og popptónlist.

Bókin er meistaralega skrifuð og í kjölfarið mjálmaði ég fleiri Murakami bækur út úr Guðmundi eða keypti sjálfur, og las með áfergju, Norwegian wood, Dance dance dance, A wild sheep chase, The elephant vanishes, Wind up bird Chronicle og Sputnik sweetheart. Þær eru reyndar allar góðar, en mér fannst Norwegian wood angurværust, rolluleitin skemmtilegust og Wind up bird Chronicle dularfyllst. Síst fannst mér Sputnic sweetheart, en það gæti verið vegna þess að ég var orðin mettaður af Murakami. Hann, eins og líklega flestir höfundar, skrifa oftast svipaðan stíl ef ekki áþekkar sögur. Sömu þemu og einkenna Harðsoðna undralandið má finna í öllum hinum bókunum, og verða því óhjákvæmilega leiðigjörn til lengdar. Á tímabili taldi ég Murakami eiga skilið að fá Nóbelsverðlaun í bókmenntum, en efast um það nú. Kannski dæmi ég hann of hart, af því ég las hann of stíft og í of mikilli hrifningu.

Murakami gagnrýnir kjarnorkustefnu

Gerill er ekki veira

Kólígerillinn, Eschericia coli, er baktería en ekki veira. MBL hefur annað hvort rangt eftir Daniel Bahr heilbrigðisráðherra Þýskalands:

Við getum ekki staðfest að veiran sé á undanhaldi en eftir greiningu á nýjustu gögnum höfum við ástæðu til að vera vongóð.

Eða þorir ekki fyrir sitt litla líf að leiðrétta þennan volduga mann.

Bakteríur eru dreifkjörnungar, þ.e. erfðaefni þeirra er ekki í sérstökum kjarna eins og í heilkjörnungum (t.d. sveppum, dýrum og plöntum). Þær eru almennt smærri en heilkjarnafrumur, og eru flestar á stærðarbilinu 0,2 til 2.0 mícrómetrar (2 mícrometrar eru 2/þúsundustu úr millimetra).

Bakteríur eru það litlar að hundrað þúsund stykki rúmast í einum punkti, eins og þeim sem botnar þessa setningu.

Veirur eru mun smærri en bakteríur, og geta ekki fjölgað sér sjálfstætt. Þær verða að sýkja frumur til að fjölga sér. Þær hernema frumur og þræla þeim út, sér til hagsbóta.

Sjá t.d. svar Evu Benediktsdóttur á vísindavefnum: Hver er munurinn á bakteríu og veiru? Eru sýklar og bakteríur það sama?

Veirur eru ekki frumur og ekki sjálfstæðar lífverur, raunar eru menn ekki sammála um hvort beri að kalla þær lífverur: Oft er talað um veirur sem "sýkjandi agnir", og frekar sagt að þær séu "virkar" og "óvirkar" heldur en "lifandi" og "dauðar". 

Kólígerill á undanhaldi

Saga um fallandi sæði

Árið 1992 birtist rannsókn sem benti til þess að sæðisframleiðsla karlmanna hefði verið að dragast saman, yfir fimm áratuga skeið. Rannsóknin var birt af dönskum rannsóknarhópi, sem dró saman upplýsingar úr ýmsum áttum, þjóðum og aldursflokkum. Einnig voru aðferðirnar sem beitt var við talningu á sæði ólíkar, fyrir mismunandi gagnasett sem skoðuð voru. Þessir annmarkar köstuðu rýrð á niðurstöðuna, og rannsóknir sem í kjölfarið fylgdu voru sama marki brenndar. Sumar rannsóknir voru samhljóða þeirri fyrstu, en aðrar fundu engin merki um minni sæðisframleiðslu karlmanna á Vesturlöndum.

En niðurstaðan öðlaðist sitt eigið líf, það varð almannavitneskja að sæðisframleiðsla sé að draga saman, og allir fóru að leita að orsakavaldi (plast, eiturefni, sjónvarp, hreyfingaleysi...). Askur var ekki lengi í Paradís. Vandinn við þjóðsöguna var sá að vísindalegi grunnurinn var ótraustur, aðallega vegna áðurnefndra galla við hönnun tilraunanna.

Danski hópurinn sem birti upphaflegu rannsóknina ákvað að framkvæma vandaða langtímarannsókn. Þeir könnuðu fjölda sæðisfruma hjá nýliðum í danska hernum yfir 15 ára tímabil, alls um 5000 manns. Hópurinn var einsleitur, af svipuðum aldri og líkamlegu ástandi. Milli 15 og 30% af hverju árgangi tók þátt í rannsókninni.

Forniðurstöður, sem birtust á vef Danska heilbrigðisráðaneytisins, sýna enga breytingu í fjölda sæðisfruma á þessu tímabili. Þetta er stærsta og vandaðasta rannsókn á þessari tilgátu, og þessar fyrstu niðurstöður virðast hrekja hana.

En Embla var ekki sátt í Sandgerði. Danski hópurinn sem framkvæmdi rannsóknina var alls ekki búinn að greina gögnin. Þeir hafa ekki sent frá sér ritrýnda vísindagrein um þetta efni, einungis sent heilbrigðisráðaneytinu skýrslu (skylda vegna þess að þeir þáðu styrki frá ráðaneytinu). Vinnan við vísindagreinina hefur eitthvað tafist, og höfundarnir hafa verið tregir til að hleypa öðrum vísindamönnum í gögnin.

Ritstjórar tímaritsins Epidemiology (Faraldsfræði) samþykktu stuttan pistil um þessar forniðurstöður og birtu hann á netinu. Danski hópurinn er sannarlega ekki hrifinn af því að einhver steli niðurstöðum þeirra og birti á undan þeim. Ritstjórinn Allen Wilcox réttlætti gjörninginn í viðtali við Gina Kolata hjá New York  Times:

The journal’s editor, Dr. Allen Wilcox, said he decided to reproduce the figure from the ministry Web site because the data are so important. Yet, he wrote in the editorial, “the presentation of a few raw data on a Web site — or in a commentary — is hardly the preferred way to advance science.” But, he added, “neither is it acceptable for valuable data to be held in storage.” 

Þarna stangast á almannahagsmunir og hagsmunir rannsakandans. Hversu mikilvægar þurfa niðurstöðurnar að vera til að vísindamaðurinn gefi öllum aðgang að þeim, áður en hann hefur lokið rannsókn sinni og birt hana?

Í tilfelli gjósku úr Grímsvötnum er það augljóst, en hver er í hættu ef upplýsingar um sæðisgæði  bíða tvö ár í skúffunni?

Ítarefni:

New York Times In Update on Sperm, Data Show No Decline By GINA KOLATA Published: June 6, 2011

Trends in Sperm Counts: The Saga Continues Bonde, Jens Peter; Ramlau-Hansen, Cecilia Høst; Olsen, Jørn Epidemiology: May 27, 2011 - Volume Publish Ahead of Print - Issue - ppg doi: 10.1097/EDE.0b013e318223442c

Háskóli unga fólksins og framhaldskóli gamla fólksins

Fyrir mér er lærdómur einstök forréttindi. Ef ég ynni ekki við kennslu eða rannsóknir, þá væri ég sílesandi og að gera tilraunir í matjurtargarðinum eða á gítarnum mínum. Það er dásamlegt að fá að vinna við rannsóknir og fræðimennsku, gera tilraunir, prófa tilgátur og kynnast rannsóknum annara. Það er einnig frábært að fá að kenna ungu forvitnu fólki, eins og B.S. nemum í líffræði, lífefnafræði, lífeindafræði og mannfræði. Og stundum fáum við yngra fólk í heimsókn, eins og  í Háskóla unga fólksins.

Í fyrra var líffræðin með um að ræða opið hús, þar sem við settum upp nokkrar stöðvar og unga fólkið fékk að kynnast kröbbum og hornsílum, DNA og bakteríum. Það voru framhaldsnemar og starfsmenn við líf og umhverfisvísindadeild sem sáu um kennsluna, veiddu hornsílin og hjálpuðu við að einangra DNAið (Háskóli unga fólksins 2010).

Núna í ár skeyttst tvö námskeið saman í eitt (DNA,  þróun og sjúkdómar, og Vistfræði Íslands).

Mynd af Pétri og Ásthildi að sýna nemendunum hvernig má einangra DNA úr lauk. Mynd úr Fréttablaðinu 7. júní 2011, höfundaréttur Fréttablaðið/GVA.

Nemendunum er m.a. sagt frá byggingu erfðaefnisins, t.d. stærð erfðamengisins og litninganna. Hver fruma mannslíkamans inniheldur t.d. 2 metra af DNA. Við spyrjum meðal annars.

Hvað haldið þið að heildarlengd alls erfðaefnis í frumum líkama okkar sé?

1. Vegalengdin frá Háskóla Íslands að Hörpu.
2. Vegalengdin frá Reykjavík til Ísafjarðar.
3. Vegalengdin til sólar og tilbaka 30 sinnum.

Réttasta svarið er 3, heildarlengd alls erfðaefnis í frumum líkama okkar er vegalengdin til sólar og tilbaka, 30 sinnum! Heimild með fleiri forvitnilegar stærðir.

Jafnvel gamla fólkið fer í skóla. Kennararnir þurfa líka að læra, eða í það minnsta rifja upp. Samtök líffræðikennara bjóða grunn og framhaldskólakennurum upp á námskeið í lífeðlisfræði um næstu helgi. Nokkur pláss laus.

Viðauki: Mynd skeytt inn í þriðjudaginn 7. júní. Svarið sett inn 10 júní.

Ungir nema í Háskóla Íslands

DNA próf til að rekja uppruna

Eschericia coli er iðrabaktería sem alla jafna gerir okkur ekki mein. Hins vegar koma stundum upp stofnar sem fara þversum í mannskapinn og geta jafnvel leitt fólk til dauða. Það er líklegast að um sé að ræða stökkbreytt afbrigði E. coli, sem hafa jafnvel stolið getum frá öðrum gerlum.

Hægt er að greina erfðamengi baktería á nokkrum dögum (með einhverjum tilkostnaði). Síðan er hægt að bera erfðamengið saman við þekkta E. coli stofna, og skilgreina hvað gerir þennan meinvald svona ágengann.

Því næst liggur beint við að kanna uppruna meinvaldsins, sýkna spænsku gúrkuna og sakfella svínapylsuna ?!?!?

Það verður líklega alsiða í framtíðinni að í hvert skipti sem svona tilfelli kemur upp, verði bakterían raðgreind, og borin saman við þekkta stofna.

Viðbót 4. júní.

Mæli með umfjöllun the Guardian, sem útskýrir hvernig bakterían veldur þessu alvarlegu einkennum (höfundar Giles Tremlett and Alok Jha) E coli infections spread across globe (the Guardian 4. júní 2011)

og grein í BBCi: Outbreak is new form of E. coli.

 

Kólígerlasýking kann að tengjast hátíð í Hamborg