Ekta gervi

Bakterían sem um ræðir var kölluð Synthia þegar hún var á teikniborðinu. Af einhverri ástæðu var því nafni ekki haldið á lofti þegar hún var kynnt í gær. 

Nafnið er dregið af enska fræðiorðsambandinu "synthetic biology" - sem ég hef ekki almennilega þýðingu á.

Lífsmíði og gervilíffræði gætu gengið en platlíffræði ekki. Ég óska hérmeð eftir fleiri tillögum.

Ég hef ekki miklu við athugasemdir Zophoníasar að bæta, en vill þó geta leggja áherslu á að eini hluti bakteríunar sem var smíðaður var litningur hennar. Það hefði aldrei gengið að setja saman heila frumu, með himnum, prótinum og smásameindum, í tilraunaglasi.

Ian Sample í The Guardian 20 maí 2010 - Craig Venter creates synthetic life form

Daniel G. Gibson o.fl. Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome 

Published Online May 20, 2010 Science DOI: 10.1126/science.1190719

Langt í gervimanninn

Athugasemdir

[Arnar, 21.5.2010 kl. 09:36]

Tók ekki eftir því í umfjöllunnini að það væri tekið fram hvaða hlutverki þetta 'tilbúna' DNA gegnir.  Er það bara eftirlíking af DNA sem var fyrir eða er bætir þetta DNA einhverjum nýjum eiginleikum við bakteríuna?

[Vendetta, 21.5.2010 kl. 17:03]

Arnar, þetta eð nafngiftina er dálítið strembið í fyrsta augnliti. Vegna fátæktar íslenzkunnar á sviði tækni og vísinda, hefur fjöldi orða og hugtaka verið þýddur einfaldlega með gervi-, bæði artificial, synthetic, pseudo-, semi- og man-made. T.d.:

• Synthetic fibre: Gerviefni
• Artificial intelligence: Gervigreind
• Pseudorandom numbers: Gervislembitölur
• Semimetric: Gervifirð

Þannig að ég tel líklegt að gervilíffræði muni vinna á, enda þótt synthetic þýði í raun tilbúið eða samansett. 

[Arnar Pálsson, 21.5.2010 kl. 18:54]

Arnar

Þetta er rétt hjá þér, í raun var litningu bakteríu endurmyndaður í vél í mörgum litlum bútum (1000 bp hver). Síðan var þeim skeytt saman og lengri DNA strengur myndaður. Á endanum var þessu skeytt í einn rúmlega 2000000 bp DNA streng, sem myndar lokaðan hring. (Bakteríur eru með endalausa litninga, þeir mynda heila hringi, en eru ekki með lausa enda eins og litningar heilkjörnunga).

Að auki settu þeir inn 4 auka strengi, um 1000 bp hvern, sem eru nokkurskonar undirskrift eða vatnsmerki. Þessir strengir voru hannaðir af vísindamönnunum, finnast ekki í neinum lífverum sem við þekkjum og eru því í raun merki sem gerir þeim kleift að staðfesta að þeir hafi rétta bakteríu undir höndum.

Gallinn við merkin er að þau er ekki lífsnauðsynleg fyrir bakteríuna, og með tíð og tíma (nægilega mörgum kynslóðum), þá munu safnast fyrir í þeim stökkbreytingar og þau munu eyðast. Svona rétt eins og undirskriftir listamannana sem skreyttu hvelfingar Keops pýramídans eða sali Etruscanna.

Vendetta

Takk fyrir að svara kalli mínu og gott málfræðilegt innlegg. Ég er hræddur um að gervilíffræði eigi eftir að verða ofan á, en nú er samt tækifæri fyrir okkar tungumálafólk að láta ljós sitt skína.

"Samansett líf" - "Samsett líffræði" - munu ekki virka.

Spurning hvort að það megi ekki bara búa til ný fræði. Rétt eins og Genetics er erfðafræði - sérgrein innan líffræðinnar.

Lífsmíðafræði?

[Vendetta, 21.5.2010 kl. 19:06]

Já, rannsóknarstofurnar þar sem þessir cyborgs verða ræktaðir yrðu þá kallaðar lífsmiðjur. Ekkert galið.

[Dingli, 24.5.2010 kl. 00:06]

Hermilíf, Getur það gengið?

[Vendetta, 24.5.2010 kl. 12:00]

Arnar, sérð þú ekki einhverjar hættur í sambandi við svona lífsmíði þegar á líður? Mun ekki takmarkið vera að byggja algjörlega nýjar og framandi lífverur með áður óþekkta eiginleika? Eða jafnvel að smíða Super-humans? nokkur hundruð ár? Þá á ég við manneskjur sem "fæðast" með meira þol og meira úthald.

Ég las í New Scientist, að mig minnir, grein um hvernig mannkynið liti út ef það hefði þróazt á hagkvæmasta hátt (optimal) með hliðsjón til endingargæði líkamans. Og niðurstaðan var einstaklingur sem var mjög fráhrindandi, líktist aðallega Quasimodo. Þetta þýðir í raun að hægt sé að "smíða" mennska einstaklinga sem eru mjög frábrugðnir núverandi fólki, evt. Homo sapiens durensis, en sem lifa lengur og eru heilbrigðari en venjulegir menn. Ólíkt því þegar náttúran sjálf gerir mistök, þá lifir sá einstaklingur mun skemur en ella.

Engu að síður held ég að flestum þætti svona smíði frá grunni óæskileg.

[Arnar Pálsson, 25.5.2010 kl. 12:22]

Dingli

Hermilíf - er alveg ágætt orð.

Vendetta

Ég sé ekki neinar hættur að ráð hvað þetta varðar.

Ef við horfum á bakteríuna sem búin var til, þá var henni í raun bara erfðabreytt. Aðferðin er nýstárleg, en niðurstaðan ekki. Við höfum nokkrar leiðir til að erfðabreyta lífverum, og flestar þeirra eru byggðar á náttúrulegum fyrirbærum.

Erfðabreytingar eru nefnilega eðlilegur hluti af náttúrunni, og eru alltaf að gerast.

Hvað varðar erfðabreytingar á mönnum, þá tel ég ólíklegt að við munum sjá slíkt, af siðferðilegum ástæðum. Slíkt þyrfti að öllu líkindum klónun, af með einhverri aðferð, og klónun er alltaf mjög vandasamt ferli. 

Dolly, klónaða kindin fræga, var til dæmis eina fóstrið sem þroskaðist nægilega mikið og fæddist lifandi. Mörg egg skiptu sér ekki eðlilega, og fjöldi fóstra dó á meðgöngu eða við fæðingu.

Það er viðbúið að til að klóna fólk, almennilega, þurfi mjög margar tilraunir sem muni þýða að hundruð afmynduð fóstur eða vansköpuð börn. Það er ekki verjanlegt, eins og þú segir.

Ég sá ekki greinina í New Scientist. Á lýsingu þinni að dæma þykir mér líklegast að hugmyndin sé sú að eiginleikar lífvera mótast af náttúrulegu vali, og að val fyrir varanleika sé mjög veikt. Það er vitað að eiginleikar sem  nýtast ungviði geta verið skaðlegir eldra fólki. Þar er komin þróunarleg togstreita milli þarfa mismunandi þroskastiga. Og þar sem eldra fólk er yfirleitt hætt að eignast afkvæmi þá eru  áhrif hreinsandi náttúrulegs vals minni á þann aldurshóp en þá sem enn eiga eftir að æxlast og geta afkvæmi.

[Vendetta, 25.5.2010 kl. 12:54]

Já, sammála. Menn geta í rauninni ekki gert betur á nokkrum áratugum en náttúran hefur verið að gera með trial and error aðferðinni í tugi milljóna ára. Ég held að happasælasta hagnýting erfðafræði er að koma í veg fyrir sjúkdóma og hrörnun frekar en að búa til nýjar dýra- eða mannategundir.

En varðandi klónun: Dolly var klónuð fyrir mörgum árum síðan og ekki ólíklegt að tæknin verði fullkomnuð eftir einhvern árafjölda, þannig að öll fóstrin lifa af og verða heilbrigð. Yrðu þessar kópíur eitthvað síðri en frumútgáfan, etv. ófrjó? Og er hægt að klóna klón? (Sbr. kvikmyndina The Sixth Day).

[Arnar Pálsson, 26.5.2010 kl. 17:30]

Takk Vendetta fyrir skemmtilegar spurningar

Ég er sammála um að hlutverk erfðafræðinnar eigi ekki að vera að búa til manntegundir. Við höfum samt búið til nokkur afbrigði dýrategunda, ef ekki fullburða tegundir, í viðleitan okkar til að rækta húsdýr (eða skraut eins og hunda og dúfur).

Dollý þjáðist af nokkrum sjúkdómum, og ef ég man rétt þá virtist hún eldast hraðar en ella. Gallinn við að taka kjarna úr frumum í venjulegum vef er að þær eru með gamalt DNA. Stofnfrumur eða frumur úr fóstur vísum eru með yngra erfðaefni, í þeim skilningi að þær hafa ekki skipt sér jafn oft og frumur í venjulegum vefjum.

Við hverja skiptingu verða tilviljanakenndar breytingar á erfðaefninu, og fruma sem skipt hefur sér 50 sinnum er með (að öllu jöfnu) með helmingi fleiri stökkbreytingar en fruma sem hefur skipt sér 25 sinnum. Flestar stökkbreytingar eru skaðlegar, þannig að ef Dollý fékk kjarna úr frumu sem hafði skipt sér 50 sinnum er hún með fleiri galla en venjuleg kind. Að auki eru einnig vandamál með litningaenda, sem við höfum rakið áður.