Erfðamengi og tjáning þess í 14 apategundum

Föstudaginn 20. janúar 2012 mun Páll Melsted lektor við Iðnaðarverkfræði-, vélaverkfræði- og tölvunarfræðideild Háskóla Íslands halda erindi sem kallast Frumraðgreining á mRNA röðum.

Páll er nýkominn til starfa við HÍ, en vann sem nýdoktor við rannsóknir á genatjáningu og þróun meðal 12 tegunda mannapa, apa og skyldra tegunda. Erindi hans fjallar um nýjar leiðir til að raða sama mRNA röðum úr lífverum sem ekki hafa verið raðgreindar að fullu. Í erindinu verður lögð áhersla á eiginleika algríms og forrits sem Páll hannaði til að leysa þetta vandamál og tæpt á helstu niðurstöðum rannsóknarinnar.

Tegundir með lítinn erfðabreytileiki innan stofns eru í hættu, af að með takmarkaðan breytileika á stofninn erfiðara með að þróast, t.d. ef umhverfi breytist.

Það er talið að tegundir í útrýmingarhættu séu sérstaklega veikar fyrir, ef erfðabreytileiki innan stofnsins sé orðinn mjög lítill. Páll og félagar hafa sýnt það er lítið sem ekkert samband á milli erfðabreytileika innan stofns og þess hvort að mannapa eða apategund er álitin í útrýmingarhættu. Sú staðreynd bendir til að hægt sé að bjarga stofnum mannapa og apa, ef við höfum rænu á að vernda búsvæði þeirra og hætta veiðum.

Páll fjallaði um líffræðilegar niðurstöður rannsókna sinna á líffræðiráðstefnunni síðastliðinn nóvember. Úr ágripi erindis hans.

Samanburðarrannsóknir á erfðamengjum prímata hafa gefið góða innsýn inn í þá þætti þróunar sem móta erfðafræðilegan fjölbreytileika og fundið líklegastu erfðafræðilegu  útskýringu  á aðlögun einstakra tegunda að umhverfi sínu. Til þessa hafa rannsóknir verið takmarkaðar við fáar tegundir. Fá erfðamengi prímata  eru raðgreind að fullu, þar á meðal erfðamengi þeirra tegunda sem eru í hvað mestri útrýmingarhættu.

Í þessari rannsókn höfum við tekið fyrsta skrefið til að brúa þetta bil með því að raðgreina RNA úr lifrum margra einstaklinga fyrir 16 tegundir spendýra, þar á meðal manna og 11 annarra prímata. Af þessum 11 prímötum eru 5 lemúrar, letiapar og galagóapar þar sem lítið eða ekkert er þekkt um erfðamengi þeirra.

Til að  greina gögnin þróuðum við aðferðir við frumraðgreiningu á mRNA gögnum úr háhraðaraðgreinum. Alls voru 5721 gen raðgreind að meðaltali fyrir hverja tegund. Út frá þessum gögnum var hægt að bera saman erfðabreytileika  og aðgreiningu milli tegunda bæði frá genaröðunum sjálfum og gögnum um tjáningu gena.

Við fundum mynstur í breytileika gena og genahópa sem samsvarar jákvæðu vali, þar á meðal 18faldan fjölda gena (miðað við núlltilgátu) úr genahópi oxunarkorna sem hafa líklega þróast undir jákvæðu vali í forfeðrum prímata. 

Erindið verður flutt á ensku.

Föstudagfyrirlestrar Líffræðistofnunar hefjast kl 12:30 í stofu 130 í Öskju, Náttúrufræðahúsi HÍ. Þeir eru öllum opnir með húsrúm leyfir. Dagskrá í heild sinni má nálgast á vef Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ.

Viðtal var við Pál í morgunútvarpi rásar 2 nú í vikunni.

Leiðrétting, í fyrstu útgáfu pistils stóð 13. janúar, rétt er að erindið verður 20. janúar. Velvirðingar er beðið á þessum mistökum.

Ítarefni

Comparative RNA sequencing reveals substantial genetic variation in endangered primates. Perry GH, Melsted P, Marioni JC, Wang Y, Bainer R, Pickrell JK, Michelini K, Zehr S, Yoder AD, Stephens M, Pritchard JK, Gilad Y. Genome Res. 2012 Jan 3.

Athugasemdir

[Páll Melsted (IP-tala skráð) 18.1.2012 kl. 08:11]

Það er reyndar föstudaginn 20. janúar, þ.e. eftir 3 daga.

Ég sagði líka frá þessu í stuttu máli í morgunútvarpinu í morgun, set inn hlekk síðar.

[Páll Melsted (IP-tala skráð) 18.1.2012 kl. 10:18]

http://www.ruv.is/frett/innlent/sjimpansar-eru-98-eins-og-menn

[Arnar Pálsson, 18.1.2012 kl. 11:03]

Takk fyrir leiðréttinguna Páll.

Fínt viðtal.