Gammapróteobaktería og sameiginlegur forföður

VIÐBÓT - síðan þessi grein var skrifuð hefur komið í ljós að niðurstöðurnar er ekki mjög áreiðanlegar. Lesist með varúð, sjá umræðu og tengla neðst.

------------------------

Í mörgum ættum finnast hörkutól, sem synda á hverjum degi út í Viðey með ískáp á bakinu, bryðja rauðvínsglös, nota yakuxaþvag sem munnskol og fara með kærustuna í Smáralind á útborgunardaginn.

Meðal baktería finnast mörg slík hörkutól. Í sumum bakteríuættum finnast gerlar sem lifa á brennisteinsvetni á mörg þúsund metra dýpi, á meðan aðrar tegundir dafna í 100 gráðu heitum hver, við frostmark undir ís á suðurskautinu eða í baneitruðu affalli koparnáma. Slíkar bakteríur eru kallaðar extremophiles upp á engilsaxnesku, og þekkjast sem hitakærar, ofurhitakærar, kuldakærar á íslensku eftir atvikum (sjá vísindavefinn).

Felise Wolfe-Simon og félagar hafa verið að rannsaka líf í Mono vatni í Kaliforníu, sem er tvisvar sinnum* saltara en sjórinn og með umtalsverðan styrk af arseniki. Arsenik er þekkt sem eitur, þótt vitanlega séu til einstaklingar sem hafna þeirri kenningu og lýsa sig sem arsenik-efasemdamenn eða fylgismenn vitrænnar-arsenik-hönnunar (og sjá trúar sinnar vegna ekkert slæmt við frumefnið). Arsenik er í alvörunni hættulegt vegna þess að það getur komið í stað fosfórs í byggingareiningum frumunar. Flestar lífverur þola ekki arsenik, líklega vegna þess að einhverjar stórsameindir aflagast eða hætta að virka þegar arsenik-berandi byggingareiningar koma í stað hefðbundinna fosfórs-berandi byggingareininga. Í frumunni er fosfór notaður í margar stórsameindir - sú frægasta er örugglega DNAið, en burðarsúlur DNA gormsins innihalda einmitt fosfór.

Rannsóknin sem kynnt var á fréttamannafundi í gær sýnir að undantekningar eru til frá þessari reglu. Wolfe-Simon og félagar fundu bakteríu (af ætt Gammapróteóbaktería) sem getur skipt fósfór út fyrir arsenik (allavega að einhverju leyti). Vísindamennirnir sýndu að stofnar sem fengu bara arsenik en ekki fosfat gátu lifað og fjölgað sér. Þeir sýndu líka arsenikið innlimast í stórsameindir í frumunum, prótín, fitur og DNAið sjálft. Að auki sáust í frumunum stórar blöðrur, sem innihalda arsenik efnasambönd. Þessi bakteríustofn er því dæmi um eitt mesta hörkutól lífheimsins, en ekki er ástæða til að álykta að "að lífið hafi ekki þróast frá einum sameiginlegum forföður." (eins og stendur í frétt mbl.is). Sbr. New York Times:

Gerald Joyce, a chemist and molecular biologist at the Scripps Research Institute in La Jolla, Calif., said the work “shows in principle that you could have a different form of life,” but noted that even these bacteria are affixed to the same tree of life as the rest of us, like the extremophiles that exist in ocean vents. 

Athuga bera að það er ekki eins og arsenikið komi alveg í staðinn fyrir fosfórinn. Bakterían vex hraðar þegar hún fær fósfór í matinn í stað arseniks. Það verður gaman að vita hvort hún komist af á arseniki einu saman. Mér þykir það ólíklegt. Við erum að horfa á hetju að bryðja rauðvínsglas ekki Yoda.

----------------------

VIÐBÓT NÓVEMBER 2012.

Hans G. Þormar skrifaði grein í Fréttablaðið (svona vinna vísindin) og benti á að fjölmargar athugasemdir hafa verið gerðar við þessa rannsókn, og allavega ein önnur rannsókn gengur í berhhögg við hana (Reaves ML, et al. Absence of Detectable Arsenate in DNA from Arsenate-Grown GFAJ-1 Cells. Science. 2012;337(6093):470-3.).

Sjá upprunalega ágripið og tengla á athugasemdir t.d. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21127214

 --------------

Ítarefni

A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus Felisa Wolfe-Simon o.fl. Science DOI: 10.1126/science.1197258

PZ Myers It's not an arsenic-based life form

NY Times. Dennis Overbye Microbe Finds Arsenic Tasty; Redefines Life

Leiðrétting.

Í fyrstu útgáfu stóð helmingi saltara en sjórinn, rétt er að vatnið er tvisvar sinnum saltara en sjórinn. Þorvaldi er þökkuð ábendingin.

Áður óþekkt lífgerð fundin

Athugasemdir

[Bjarne Örn Hansen (IP-tala skráð) 3.12.2010 kl. 17:49]

Kemur þetta ekki til með að valda nýjum skylningi á hugtakinu "e-r sé alveg eitraður".

[Jóhann (IP-tala skráð) 3.12.2010 kl. 20:01]

Ég gæti trúað að bessadýrið taki svona bakteríur í nefið.

[Jón Steinar Ragnarsson, 4.12.2010 kl. 01:26]

Er þetta ekki eitt dæmið enn um það hvernig vísindamenn grípa til spuna og hæpa upp verkefni sín með órökstuddum vangaveltum til að tryggja sér fjármögnun og rannsóknarstyrki. Mjög þekkt í fornleifafræði hér á landi a.m.k. þar sem ótrúlegar tröllasögur í Indiana Jones stíl, gefa vel í aðra hönd.

Lokamarkmiðið er göfugt, þ.e. að hjálpa vísindum áfram, en þessar tabloid aðferðir eiga lítið skylt við vísindalegt siðgæði.  Hér er gripið til módern markaðstrikka í ætt við viral marketing og byggð upp eftirvænting með teaserum í gulu pressunni og á netmiðlum.

Ógeðfellt finnst mér og vert að akademían ræði þetta sín á milli því ég held að þetta komi til með að skaða ímynd vísindanna þegar til lengdar er litið og deyfa mörk alvöru vísinda og pseudo vísinda. 

Það er vel hægt að popúlarisera vísindi á heilbrigðari hátt eins og Sagan heitinn og fleiri hafa gert, en hér eru menn kominn út á hálan ís, sem likist meira því sem Sagan gagnrýndi í "Daemon haunted world." 

Sagan er morandi í dæmum um vísindamenn, sem sveigðu niðurstöður sínar í fjárhagslegri örvæntingu.  Það hefur aldeilis verið vatn á millu andvísinda og yfirnáttúrutrúar.  Eitthvað sem við geturm gjarnan verið án.

[Davíð Þór Þorsteinsson, 4.12.2010 kl. 14:47]

Styð commentið fyrir ofan, held að þeir séu að fréttnæma þetta núna en er búið að vera vitað í mörg ár.

[Arnar Pálsson, 6.12.2010 kl. 12:12]

Jón Steinar

Þetta er vitanlega vandamál, en margt kemur til.

Áður var talað um "publish or perish" en gárungarnir hafa sett fram nútímaútgáfu, "publicize or perish". Ég fjallaði um þetta lítillega í pistli: Í fréttum eða fokinn.

Talið er að vísindin virki best þegar allir reyna að meta tilgátur hlutlægt og kalt, þegar enginn þarf að hafa áhyggjur af næsta styrk, húsnæði til rannsókna, tækjum til að framkvæma þær eða mæta á fréttamannafundi til að kynna þær.

Vandamálið er að vísindamenn eru mennskir og þar með breyskir. Sumir eru ofurliðið bornir af metnaði og keppnisskapi, aðrir þrífast á athygli, einhverjir vilja byggja veldi, á meðan vel flestir vilja upplifa ódauðleikan (í þeim skilningi að nöfn þeirra varðveitist í vísindasögunni).

Hitt vandamálið eru stofnanirnar (NASA, HÍ, Decode) sem þurfa að réttlæta sína tilvist fyrir ríkisvaldi (eða skuldunautum), með ýmsum leiðum.

Í aðdraganda þessara fréttar skildi ég þessar athugasemdir eftir á stjörnufræðivefnum:

Annars leiðist mér fréttamannafundargleði NASA, það er eins og þeir séu of mikið að minna á eigið mikilvægi...auðvitað er það bara nöldur, því þeir hafa gert margt sniðugt.  ....

Veit ekki alveg hvort að það eigi að vera stefna ríkisstofnanna að réttlæta eigin tilvist. Ríkisstofnanir eiga að geta horfið, þegar þörfin fyrir þær eru uppfyllt.

Hlutverk NASA var ekki endilega fræðilegt í upphafi, heldur öðrum þræði pólitískt eða hernaðarlegt. Þeir hafa farið að spá í líffræðilegum spurningum síðustu áratugi, allt frá því James Lovelock var að spá í aðferðum til að meta hvort líf væri í jarðveginum á Mars. Ég held að Bandaríkjamenn ættu að halda í NASA, en það má vel vera að það sé hægt að endurhanna þessa stofnun.

[Jón Steinar Ragnarsson, 7.12.2010 kl. 01:48]

Er sammála þér um þetta og sissi að þú værir meðvitaður um málið, ena er það oft rætt meðal vísindamanna og þeir vita vel hvað er á ferðinni.  Í þessu tilfelli fóru menn talsvert over board í ákafanum og hæpið gerði uppljóstrunina að algerri trivíu, þegar til kom, auk þess sem þetta var ekkert nýtt fyrir vísindasamfélaginu. Hitakærar örverur og nælonmeltandi ensími voru svo þett á meðal fólks, svo það sá svo sem ekki neitt merkilegt við þetta. Bjóst til og með við geimverum og lái ég fólki það ekki, miðað við hvernig látið var.

Þetta virkaði því öfugt fyrir NASA og aðstandendur og uppskáru þeir háð fremur en lof. Storm in a test tube, sem rýrði trúverðugleikann frekar en annað. Kjánaskapur er ekki eitthvað sem fólk býst við að sjá úr þessari átt. Þetta skaðar allt vísindasamfélagið. Þeir ættu að halda sig við gamla góða fjölmiðlafulltrúaembættið í stað þess að nýta sér yfirhæpuð PR batterí, málum sínum til framdráttar. Þar held ég að mistökin liggi.  Nú eru allir með spunastofur á snærum sínum. Skilekki þá firru og finnst það eitthvað svo 1939 eitthvað. 

[Jón Steinar Ragnarsson, 7.12.2010 kl. 01:53]

affsakaðu meinlegar prentvillur. "Vissi" en ekk sissi, Þekkt en ekki þett...etc

[Arnar Pálsson, 7.12.2010 kl. 14:31]

Mannfólk er ginkeypt fyrir glansi og góðum sögum.

Talað er um að vísindagreinar eigi að sigla á eigin verðleikum, en vitað er að meira er vitnað til greina sem fá umfjöllun í NYTimes en sambærilegra  vísindagreina. [þetta var staðfest í prentsmiðjuverkfalli á síðustu öld, blaðamennirnir héldu áfram að skrifa fréttirnar en þær birtust ekki - ekki var vitnað meira í þær greinar sem þeir fjölluðu um en birtust ekki á prenti!]

Margir skandínavískir mini-háskólar (college) fóru þá leið á síðust öld að auglýsa stíft, með glansbæklingum og myndefni. Þeir mokuðu til sín nemendum, á meðan öflugustu háskólar landanna guldu afhroð þrátt fyrir akademíska yfirburði, flottar tilraunastofur og framúrskarandi kennaralið. Allir nútíma háskólar auglýsa sig með glansbæklingum, vitnisburðum fallegra og ríkra nemenda, myndböndum og glitrandi glerperlum.

Það er náttúrulega ákveðið vandamál sem liggur í þeirri mannlegu náttúru að við látum glepjast af skrumi og litadýrð.

[Sveinn Atli Gunnarsson, 7.12.2010 kl. 14:58]

En er þetta ekki dáldið merkilegt, allavega nógu merkilegt til að blása til blaðamannafundar um efnið?

Það sem ég meina, hvernig "má" eiginlega setja fram nýjar uppgötvanir vísindamanna, ef ekki á einhvern hátt sem að kitlar hugsanlega forvitnina lítillega fyrirfram. Ef þetta hefði verið gert á einhvern annan hátt, þá hefði eins verið hægt að segja að "vísindamenn hafi ekki viljað segja frá nýjustu rannsóknum sínum" sem þó hafa ákveðið gildi. Og þar fyrir utan mega vísindamenn ekki "baða" sig í smá sviðsljósi frægðar (15 minutes of fame) ef það verður til þess að við fáum þessa vitneskju fram tiltölulega fljótt í stað þess að vera geymt í einhverjum ritrýndum vísindaritum þar sem það nær fyrst og fremst til ákveðins hóps... Allavega þótti þessi uppgötvun nógu merkileg til að rata í fjölmiðla, það er örugglega hægt að finna margt annað mun ómerkilegra þar en þetta ákveðna dæmi.

Allavega smá pælingar af minni hálfu ;)

[Arnar Pálsson, 7.12.2010 kl. 15:42]

Auðvitað er mjög æskilegt að vísindamenn tali við fjölmiðla og veiti þeim nákvæmar upplýsingar. Samt finnst mér þeir vera of ragir við að hjóla í fréttamennina þegar þeir fara með staðlausa stafi, eins og "einhver pressa er betri en engin pressa".

Léleg umfjöllun um vísindi er verri en engin umfjöllun um vísindi.

Mér finnst of mikið af þessu popkúltúrsvæðingu vísinda. Fyrir nokkrum árum var "meet the scientist" dálkur í nature, þar sem vísindamaðurinn var spurður um uppáhaldstónlistarmann, bók, uppskrift, skemmtistað o.s.frv.

Geoffrey Benne karlfatalínan stendur fyrir einhverju sem kallast Rockstars for Science, þar sem vísindamenn eru klæddir upp eins og einhverjar rokkstjörnur og stillt upp eins og dúkkum með sílikon-vara-stúta. Auðvitað er eðlilegt að efnamenn og almenningur styrki rannsóknir á þeim sviðum vísinda sem þeim finnast verðar eða forvitnilegar, en að reyna að breyta vísindamönnum í Ken og Barbie í Kissgalla er aðeins of langt gengið.

[Sveinn Atli Gunnarsson, 7.12.2010 kl. 16:02]

Svona nálgun eins og Rockstars for Scienca náttúrulega alveg út úr kortinu og vonandi mátti ekki skilja á mínum skrifum að það væri mín meining á nokkurn hátt...

En það er margt sem mér finnst mega segja frá og ætti að vera æskilegt, þó svo formið sé ekki í einhverjum rockstar-ramma.

Hitt er svo annað mál að fjölmiðlar eru ekki alltaf með blaðamenn á sínum snærum sem geta sagt frá nýjum uppgötvunum á yfirvegaðan hátt og af skilningi og það getur leitt til rangra skilaboða og það getur verið þrautinni þyngra að snúa ofan af svoleiðis misskilningi, þó svo það væri vilji til þess. Kannski ráðið væri að það væru fleiri reyndir vísindablaðamenn á snærum fjölmiðla (sérstaklega dagblaða), sem gætu sagt frá ýmsum rannsóknum á yfirvegaðan hátt og án alls "hype"-sins, en það myndi væntanlega ekki selja vel eða hvað?

[Arnar Pálsson, 7.12.2010 kl. 17:24]

Sammála lausnin væri ef stærstu miðlarnir væru með menntaða vísindafréttamenn eða fengii fólk af viðkomandi fagsviði til að ræða uppgötvanir (sem Reuters heldur fram að séu stórar!).

Fjölmiðlum hérlendis finnst eðlilegt að vera með helling af íþróttafréttamönnum á fullum launum, en ekki einn vísindafréttamann. Það skiptir miklu meira máli að rétt sé sagt frá áhrifum rauðvíns á heilsufars en úrslitum í smámeistaradeildinni.

Fréttamenn hérlendis láta of oft mata sig á bulli, og gleyma að tékka á staðreyndum. Fact-checking á að vera grundvallaratriði fréttamanna, en því miður láta þeir það oft eiga sig, líklega vegna þess að þeir eru ofhlaðnir.

[Þorvaldur Þórsson (IP-tala skráð) 8.12.2010 kl. 09:33]

Sælir fyrst smá athugasemd.

Mér finnst merkilegt Arnar þú ert menntaður maður og segir að Mono vatn sé helmingi saltara en sjórinn. Það rétta er að það er tvöfallt saltara, það kom fram í öllum frétum um málið. Mjög merkilegt þegar tæknimenntaður maður fellur í svona pitti! :) 

Það getur vel verið að þetta sé eins og engilsaxar kalla það "publicity stunt"  það er akkúrat þess vegna sem við þurfum að fá mjög haldbærar sannanir fyrir því að þetta sé í raun rétt. Nú munum hinir ýmsu hópar vísindamanna hlaupa til og reyna að endurtaka tilraunina og þá reynir á sannleiksgildi þessarar tilraunar.

Ef þetta er í raun staðreynd þá er þetta mjög stór frétt þannig að menn ættu að kætast en með smá fyrirvara. Það er heldur engin ástæða til að byrja strax að brjóta niður fréttina sem einhverja dellu heldur bíða við og sjá hvað setur.

[Arnar, 8.12.2010 kl. 11:12]

Fann þessa grein um rannsóknina í gegnum bloggið hja PZ Myers:

http://rrresearch.blogspot.com/2010/12/arsenic-associated-bacteria-nasas.html

"Bottom line:  Lots of flim-flam, but very little reliable information.  The mass spec measurements may be very well done (I lack expertise here), but their value is severely compromised by the poor quality of the inputs.  If this data was presented by a PhD student at their committee meeting, I'd send them back to the bench to do more cleanup and controls."

[Arnar Pálsson, 8.12.2010 kl. 12:09]

Takk margfaldlega fyrir leiðréttinguna Þorvaldur, þetta var mjög vandræðaleg skyssa af minni hálfu.

Vitanlega er mikilvægt að halda ró sinni og leyfa hinu vísindalega ferli að renna sitt skeið. Aðrir hópar munu örugglega vilja fá sýni af bakteríustofninum og gera sínar eigin tilraunir á honum.

Arnar

Rannsóknin er kannski ekki þess virði að birtast í Science, ef þessi gagnrýni er réttmæt.

Það hefði líka verið betra ef þeir hefðu einangrað fleiri sýni úr vatninu, og að þau hefðu öll sýnt sömu eiginleika.

Vísindamenn fá mikið út úr því að afsanna tilgátur annara vísindamanna, þannig að það er viðbúið að grein Wolfe-Simon fái mikla faglega gagnrýni.