Líkön af efnaskiptum ákveðinna frumugerða

Maike Kathrin Aurich doktorsnemi við Kerfislíffræðisetur Háskóla Íslands mun fjalla um rannsóknir sínar á frumusérhæfðum efnaskiptalíkönum, föstudaginn 23. nóv 2012 (kl 12:30 í stofu 130 í Öskju, náttúrufræðihúsi HÍ).

Maike vinnur að því að búa til efnaskiptalíkön fyrir mannafrumur, sem eru ólíkar að byggingu og genatjáningu. Skilningur á frumusérhæfðum efnaskiptum, gæti hjálpað við rannsóknir á og meðhöndlun sjúkdóma. Aðferð hennar er að samþætta margvísleg erfðamengjagögn fyrir ólíkar frumulínur. Hún vinnur með tvær T-frumulínur, og gögn um genatjáningu (umritunarmengi - transcriptome) og heildar efnaskipti (metabolome) í báðum frumugerðunum.

Líkön eru byggð af efnaskiptum frumnanna, út frá genatjáningu og mældum hvarf og myndefnum. Slík líkön geta gefið mynd af efnaskiptahæfileikum ólíkra frumugerða, og hvernig þeir hæfileikar breytast þegar umhverfi frumunnar eða jafnvel erfðasamsetning breytist.

Erindið verður flutt á ensku og kallast Generation of cell line specific metabolic models based on transcriptomic, exo- and endo-metabolomic data.

Önnur erindi líffræðistofu haustið 2012 verða auglýst á vef Líf og umhverfisvísindastofnunar. Aðgangur er ókeypis og allir eru velkomnir með húsrúm leyfir. Nemendur eru sérstaklega hvattir til að mæta.

http://www.hi.is/vidburdir/generation_of_cell_line_specific_metabolic_models_based_on_transcriptomic_exo_and_endo_metabolomic_data

Bestu örveruvinir mannsins

Það er frábært að eiga góðan vin.  Enn betra er að eiga marga vini. Við eigum mun fleiri vini en við áttum okkur á.

Örverufræðingar vita manna best að enginn er eyland.

Mannslíkaminn er þakinn örverum, húð jafnt sem meltingarvegur. Áætlað er að hver 80 kg. maður beri með sér um 3 kg. af bakteríum, og ef við teljum fjölda fruma þá eru uþb 10 örverur á hverja eina mannafrumu*.

Fæstar þessara baktería eru okkur hættulegar, þær eru hluti af eðlilegri flóru og nýtast okkur óbeint, t.d. við að halda niðri öðrum sýkjandi örverum. Sumar þeirra, alþekktir sýklar eða venjulega meinlausar bakteríur sem stökkva til þegar tækifæri gefst, geta nefnilega brotist inn í okkar allra heilagasta (líkamsholið og blóðrás) og þá er hætta á ferðum. Úr Líkaminn sem vígvöllur þar sem fyrst var rætt um hættuna af afræningjum, t.d. ljónum:

En sýklar eru ein alvarlegasta ógn sem steðjar að líkama okkar. Við, hin dýrin og plöntur erum nefnilega ansi girnilegir fæðusekkir, sem bakteríur, sveppir og frumdýr vilja gera sér að góðu. Varnir líkamans gegn sýklum eru margskonar, húðin er t.d. þéttofin skrápur sem er endurnýjaður jafnóðum. Ef bakteríur eða sveppir ná að koma sér fyrir í húðinni, þá mun hin hraða endurnýjun húðarinnar ýta þeim frá okkur, uns þeir losna af með húðflögunum. En um leið og sár myndast þá stökkva sýklarnir á tækifærið. En líkaminn ræsir líka sitt eigið varnarlið. Ónæmiskerfin, hið náttúrulega og frumubundna, fara í gang þegar húðin rofnar.  

En örverurnar eru einnig náttúrulegar og nauðsynlegar fyrir líf okkar og velferð  t.d. bakteríur í brjóstamjólk:

Bakteríur í iðrum eru okkur nauðsynlegar. Meltingarvegurinn þroskaðist ekki eðlilega í rottum sem ólust upp í bakeríufríu umhverfi. Einnig verða stórkostlegar breytingar á bakteríuflóru barna frá fæðingu til 3-4 ára aldurs.  Sýnt var fram á þetta með rannsókn á örverumengi um 300 manna, sem byggði á raðgreiningu á DNA einangruðu úr saursýnum og öðrum vefjum (Structure, function and diversity of the healthy human microbiome - Nature 2012). E.t.v. er bakteríulegt uppeldi jafnmikilvægt og félagslegt uppeldi.

Sjá einnig Bakteríurnar og görnin, Mikilvægi þróunkenningarinnar fyrir læknisfræði, Líkaminn sem vígvöllur og Hrein fegurð tilviljunar.

*(mismunurinn á þessum tveimur hlutföllum liggur í stærð mannafrum og smæð örvera)

Fullt af bakteríum í naflanum