Erindi: Útbreiðsla og áhrif PKD - nýrnasýki á villta laxfiskastofna á Ísland.

Árni Kristmundsson fisksjúkdómafræðingur mun fjalla um PKD nýrnasýki.

Erindið er föstudaginn 3. febrúar 2012 (kl. 12:30-13:10).

Árni vinnur á Rannsóknastöð háskólans í meinafræði að Keldum.

Erindi Árna kallast Útbreiðsla og áhrif PKD - nýrnasýki á villta laxfiskastofna á Ísland. PKD-nýrnasýki, sem orsakast af smásæju sníkjudýri Tetracapsuloides bryosalmonae, er alvarlegur og útbreiddur sjúkdómur í laxfiskum í Evrópu, bæði villtum og í eldi. Dæmi eru um mikil afföll í villtum laxfiskastofnum erlendis, s.s. í Sviss og Noregi. Bleikja er lítið rannsökuð m.t.t. sjúkdómsins. Smittilraunir hafa þó sýnt að hún sé mjög næm fyrir sýkinni.

PKD-nýrnasýki var óþekkt á Íslandi þar til árið 2008 er hún greindist í bleikju úr Elliðavatni. Rannsóknir síðustu 3ja ára benda til þess að sýkillinn sé útbreiddur meðal laxfiska á Íslandi. Há tíðni fiska með alvarleg einkenni sjúkdómsins hefur greinst í vötnum þar sem bleikju hefur fækkað mikið. Líklegt er að PKD-sýki valdi umtalsverðum afföllum og sé því afgerandi áhrifaþáttur í hnignun bleikjustofna þessara vatna.

Mynd af Þingvallableikju á rannsóknarstofu (Picture copyright Arnar Pálsson).

Föstudagsfyrirlestrar Líffræðistofnunar eru haldnir í stofu 130 í Öskju, náttúrufræðahúsi HÍ og eru öllum opnir. Erindin eru flutt á íslensku, nema annað sé tekið fram.

Dagskrá vorsins má nálgast á vef Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ.

Vistheimt á Íslandi í eina öld - hvað höfum við lært?

Hið íslenska náttúrufræðifélag stendur fyrir röð erinda um fróðleg og forvitnileg efni. Í dag mun Ása L. Aradóttir, vistfræðingur og prófessor hjá Landbúnaðarháskóla Íslands, fjalla um vistheimt á Íslandi. Úr tilkynningu:

Erindið verður flutt mánudaginn 30. janúar kl. 17:15 í stofu 132 í Öskju, Náttúrufræðihúsi Háskóla Íslands.  Aðgangur er öllum heimill og ókeypis.

Ágrip

Vistheimt hefur verið skilgreind sem ferli er stuðlar að endurheimt vistkerfa sem hefur hnignað, hafa skemmst eða eyðilagst. Skipulegt tarf að vistheimt á Íslandi spannar rúma öld, frá því að sett voru
lög um skógrækt og varnir gegn uppblæstri lands árið 1907. Í kjölfar þess var meðal annars skógarleifum bjargað á nokkrum stöðum og birkiskóglendi endurheimt í nágrenni þeirra. Mikinn hluta síðustu aldar var einkum lögð áhersla á að stöðva sandfok og græða upp örfoka land til þess að vernda byggð, bæta búskaparskilyrði og „greiða skuldina við landið”. Þær aðgerðir leiddu oft til vistheimtar, þó hún hafi í fæstum tilvikum verið upphaflegt markmið þeirra. Á síðustu áratugum hefur áhersla á endurheimt mikilvægra vistkerfa í íslenskri náttúru, svo sem votlendis og birkiskóga, farið vaxandi. Sú áhersla tengist meðal annars verndun líffræðilegrar fjölbreytni og viðleitni
til að binda kolefni og draga þannig úr gróðurhúsaáhrifum.“
Mynd af vef Náttúrufræðistofnunar Íslands.

Á síðasta ári gáfu Landbúnaðarháskóli Íslands og Landgræðsla ríkisins út ritið Vistheimt á Íslandi. Þar er í fyrsta sinn birt samantekt yfir vistheimt á Íslandi og rannsóknir í hennar þágu. Alls er í ritinu lýst 85 vistheimtarverkefnum sem ná yfir um 1700 km2. Í erindinu verður stiklað á stóru um sögu og árangur vistheimtar hér á landi síðustu öldina og rætt um lærdóma sem draga má af þeirri reynslu.

Ása L. Aradóttir fæddist árið 1959. Hún lauk B.S. prófi í líffræði frá Háskóla Íslands 1981, M.S. prófi í líffræði frá Montana State University 1984 og doktorsprófi í vistfræði og stjórnun úthaga (Rangeland Ecology and Management) frá Texas A&M University 1991. Ása starfaði við Rannsóknastöð skógræktar, Mógilsá 1991-1998, var sviðsstjóri rannsóknarsviðs Landgræðslu ríkisins 1998-2006 en hefur verið prófessor við Landbúnaðarháskóla Íslands síðan 2006.

Erfðamengi og tjáning þess í 14 apategundum

Föstudaginn 20. janúar 2012 mun Páll Melsted lektor við Iðnaðarverkfræði-, vélaverkfræði- og tölvunarfræðideild Háskóla Íslands halda erindi sem kallast Frumraðgreining á mRNA röðum.

Páll er nýkominn til starfa við HÍ, en vann sem nýdoktor við rannsóknir á genatjáningu og þróun meðal 12 tegunda mannapa, apa og skyldra tegunda. Erindi hans fjallar um nýjar leiðir til að raða sama mRNA röðum úr lífverum sem ekki hafa verið raðgreindar að fullu. Í erindinu verður lögð áhersla á eiginleika algríms og forrits sem Páll hannaði til að leysa þetta vandamál og tæpt á helstu niðurstöðum rannsóknarinnar.

Tegundir með lítinn erfðabreytileiki innan stofns eru í hættu, af að með takmarkaðan breytileika á stofninn erfiðara með að þróast, t.d. ef umhverfi breytist.

Það er talið að tegundir í útrýmingarhættu séu sérstaklega veikar fyrir, ef erfðabreytileiki innan stofnsins sé orðinn mjög lítill. Páll og félagar hafa sýnt það er lítið sem ekkert samband á milli erfðabreytileika innan stofns og þess hvort að mannapa eða apategund er álitin í útrýmingarhættu. Sú staðreynd bendir til að hægt sé að bjarga stofnum mannapa og apa, ef við höfum rænu á að vernda búsvæði þeirra og hætta veiðum.

Páll fjallaði um líffræðilegar niðurstöður rannsókna sinna á líffræðiráðstefnunni síðastliðinn nóvember. Úr ágripi erindis hans.

Samanburðarrannsóknir á erfðamengjum prímata hafa gefið góða innsýn inn í þá þætti þróunar sem móta erfðafræðilegan fjölbreytileika og fundið líklegastu erfðafræðilegu  útskýringu  á aðlögun einstakra tegunda að umhverfi sínu. Til þessa hafa rannsóknir verið takmarkaðar við fáar tegundir. Fá erfðamengi prímata  eru raðgreind að fullu, þar á meðal erfðamengi þeirra tegunda sem eru í hvað mestri útrýmingarhættu.

Í þessari rannsókn höfum við tekið fyrsta skrefið til að brúa þetta bil með því að raðgreina RNA úr lifrum margra einstaklinga fyrir 16 tegundir spendýra, þar á meðal manna og 11 annarra prímata. Af þessum 11 prímötum eru 5 lemúrar, letiapar og galagóapar þar sem lítið eða ekkert er þekkt um erfðamengi þeirra.

Til að  greina gögnin þróuðum við aðferðir við frumraðgreiningu á mRNA gögnum úr háhraðaraðgreinum. Alls voru 5721 gen raðgreind að meðaltali fyrir hverja tegund. Út frá þessum gögnum var hægt að bera saman erfðabreytileika  og aðgreiningu milli tegunda bæði frá genaröðunum sjálfum og gögnum um tjáningu gena.

Við fundum mynstur í breytileika gena og genahópa sem samsvarar jákvæðu vali, þar á meðal 18faldan fjölda gena (miðað við núlltilgátu) úr genahópi oxunarkorna sem hafa líklega þróast undir jákvæðu vali í forfeðrum prímata. 

Erindið verður flutt á ensku.

Föstudagfyrirlestrar Líffræðistofnunar hefjast kl 12:30 í stofu 130 í Öskju, Náttúrufræðahúsi HÍ. Þeir eru öllum opnir með húsrúm leyfir. Dagskrá í heild sinni má nálgast á vef Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ.

Viðtal var við Pál í morgunútvarpi rásar 2 nú í vikunni.

Leiðrétting, í fyrstu útgáfu pistils stóð 13. janúar, rétt er að erindið verður 20. janúar. Velvirðingar er beðið á þessum mistökum.

Ítarefni

Comparative RNA sequencing reveals substantial genetic variation in endangered primates. Perry GH, Melsted P, Marioni JC, Wang Y, Bainer R, Pickrell JK, Michelini K, Zehr S, Yoder AD, Stephens M, Pritchard JK, Gilad Y. Genome Res. 2012 Jan 3.

Erindi: Guðmundur Georgsson á Keldum og erfðamengi hitaþolinna baktería

Ég vildi benda líffræðilega þenkjandi fólki á tvö forvitnileg erindi í þessari viku. Fyrst ber að nefna erindi Sigurðar Ingvarssonar um Guðmund Georgsson lækni, sem starfaði lengstum á Rannsóknastöð háskólans í meinafræði að Keldum. Úr tilkynningu:

Miðvikudaginn 11. janúar 2012 er við hæfi að rifja upp rannsóknastörf Guðmundar Georgssonar læknis, en þá eru liðin 80 ár frá fæðingu hans, en hann lést 13. júní 2010. Fræðasvið Guðmundar var meinafræði og starfaði hann lengst af á Tilraunastöð Háskóla Íslands í meinafræði að Keldum sem sérfræðingur í líffærameinafræði og einnig veitti hann stofnuninni forstöðu um árabil. Doktorsritgerð Guðmundar frá Háskólanum í Bonn fjallaði um æxlisvöxt, en að Keldum starfaði hann lengst af með príon- og veirusjúkdóma í sauðfé. Meinafræði hefur skipað stóran sess í starfinu á Keldum og framlag Guðmundar á því fræðasviði efldi skilning á framgangi sjúkdóma og samspili hýsils og sýkils. Hann var í mikilvægri alþjóðlegri samvinnu beggja vegna Atlantshafsis. Guðmundur vann að því að efla Tilraunastöðina sem alþjóðlega vísindastofnun og vildi ávallt framgang hennar sem mestan. Í fyrirlestrinum verður rýnt í helstu vísindaritverk Guðmundar.

Hitt erindið flytur Sigmar Stefánsson doktorsnemi við Líf og umhverfisvísindadeild HÍ sem starfar með Guðmundi Ó. Hreggviðssyni á Matís. Erindi hans fjallar um erfðamengi hitaþolinna baktería af ættkvíslinni Thermus. Úr tilkynningu:

Föstudaginn 13. janúar 2012 mun Sigmar Stefánsson doktorsnemi við Matís og Líf og umhverfisvísindadeild Háskóla Íslands halda erindi um aðskilnað tegunda í ættkvísl hitakærra Thermus baktería.

Doktorsverkefni Sigmars fjallar um erfðamengi hitaþolinna Thermus baktería, sem eru algengar í heitum hverum m.a. á Íslandi. Markmiðið er að skilgreina umhverfisbreytur sem hafa áhrif á erfðauppbyggingu mismunandi Thermus tegunda og stofna, sem hafa verið raðgreindar í heild sinni. Könnuð er samsetning erfðamengjanna, flutningur gena á milli tegunda (hliðlægur genaflutningur - lateral gene transfer) og breytingar á genafjölskyldum. Sigmar hefur skrifað forrit til að kanna erfðasamsetningu Thermus tegundanna með tilliti til efnaskipta, umritunar, prótín og umhverfisbreyta.

Titill erindisins er Pan-thermus, classification and evolutionary analysis of the thermophilic microbial genus of Thermus. (Pan-thermus, aðskilnaður tegunda í ættkvísl hitakærra Thermus baktería). Erindið verður flutt á ensku.

Föstudagfyrirlestrar Líffræðistofnunar fara fram í stofu 130 í Öskju, Náttúrufræðahúsi HÍ. Þeir eru öllum opnir með húsrúm leyfir og eru fluttir á íslensku (nema annað sé tekið fram). Dagskrá í heild sinni má sjá á vef Líf og umhverfisvísindadeildar HÍ.

Erindi: Frumu- og sameindalíffræðileg stjórnun greinóttrar formgerðar

Á morgun, föstudaginn 6. janúar 2012, mun Valgarður Sigurðsson verja doktorsritgerð sína „Frumu- og sameindalíffræðileg stjórnun greinóttrar formgerðar og bandvefsumbreytingar í brjóstkirtli“ (Cellular and molecular mechanisms in breast morphogenesis and epithelial to mesenchymal transition).

Valgarður hefur unnið um nokkurar ára skeið með Þórarni Guðjónssyni og Magnúsi K. Magnússyni á rannsóknastofu í stofnfrumufræðum við Lífvísindasetur Læknagarð. Verkefni Valgarðs fjallar um ferla sem tengjast þroskun æðaþels, sérhæfingu frumugerða og áhrif þeirra á brjóstakrabbamein.

Úr tilkynningu.

Markmið verkefnisins var að kanna hlutverk æðaþels og sprouty prótína í greinóttri formgerð og EMT í brjóstkirtli og möguleg áhrif á framþróun brjóstakrabbameina.

Megin niðurstöðurnar sýna að æðaþælsfrumur eru mikilvægar fyrir vöxt og formgerð þekjuvefjar brjóstkirtilsins og því mikilvægur hluti af stofnfrumuvist kirtilsins. Æðaþelsfrumur stuðla þannig að myndun greinóttrar formgerðar og bandvefsumbreytingu. Þessar niðurstöður gefa til kynna að æðaþelsfrumur geti þjónað áður óþekktu hlutverki í framþróun og meinvörpun basal-líkra brjóstakrabbameina. Af niðurstöðunum má ennfremur álykta að Sprouty-2 sé mikilvægt stjórnprótein greinóttrar formgerðar brjóstkirtils og að bæling á því geri frumur móttækilegri fyrir bandvefsumbreytingu.

Erindið hefst kl 11:00 í hátíðarsal Aðalbyggingar Háskóla Íslands. Það er öllum opið og í kjölfarið fer fram opin vörn á doktorsverkefninu, þar sem Valgarður þarf að svara spurningum og athugasemdum andmælenda.

Dagskrá líffræðiráðstefnunar 2011

Líffræðiráðstefnan 2011 stendur frá kl 9:00 þann 11. nóvember til 17:00 þann 12. nóvember.

Við bendum sérstaklega á þrjú yfirlitserindi sem flutt verða að morgni 11. nóvember í fyrirlestrasal Íslenskrar erfðagreiningar.

9:15      Kári Stefánsson forstjóri decode: Genetics of complex human traits
10:30    Halldór Þormar: Rannsóknir á mæði-visnuveiru og skyldleika hennar við aðrar dýraveirur
11:10    Bjarni K. Kristjánsson: Tengsl vistfræði við fjölbreytileika fiska

Nánari upplýsingar um titla og nöfn allra höfunda má finna á vefsíðu ráðstefnunar og í pdf skrá með fullri dagskrá. Höfundum veggspjalda og áhugasömum er einnig bent á nánari leiðbeiningar.

Allir gestir eru hjartanlega velkomnir. Af gefinni ástæðu viljum við árétta að ekki er nauðsynlegt að skrá sig fyrirfram, það dugir að mæta og skrá sig.
Vegna anna mælum við með að fólk greiði ráðstefnugjaldið rafrænt og sæki síðan nafnspjald og útprentaða dagskrá við lendingu. Fullt ráðstefnugjald er 6.000 kr. en félagar í Líffræðifélagi Íslands greiða 4.000 kr. Nemar greiða 2.000 kr. en 1.000 kr. ef þeir eru félagar í Líffræðifélagi Íslands. Hægt er að greiða inn á reikning Líffræðifélag Íslands, kt. 4709830199, tékkareikningur: 515-26-49867 og senda skilaboð á [e-mail].

Í ráðstefnugjaldi er innifalinn aðgangur að ráðstefnunni, súrefni, kaffi og með því. Hádegisverður er ekki innifalinn.

Dagskrá líffræðiráðstefnunar má sjá í viðhengi.  

Styrktaraðillar eru Gróco, Mennta og menningarmálaráðaneytið,Íslensk erfðagreining, Líf og umhverfisvísindadeild HÍ o.fl.

Skrár tengdar þessari bloggfærslu:

• schedule_lr2011.pdf

Erindi: Saga rauðgrenis og Charcot fyrirlestur

Í hádeginu í dag (19 september 2011) verður fluttur fyrirlestur um rauðgreni.

Thomas Källman, við Vist- og erfðafræðideild Uppsalaháskóla, heldur fyrirlestur mánudaginn 19. sept kl 12.30 í stofu 131 í Öskju.  

Disentangling the roles of history and local selection in shaping clinal variation in allele frequency and gene expression in hotoperiodic genes in Norway spruce (Picea abies)

Síðdegis verður Charcot-fyrirlestur á sama stað. Hann er haldinn til að minnast þess þegar "Jean-Paptiste Charcot fórst með allri áhöfn sinni utan einum manni, alls fjörutíu mönnum, þann 16. september 1936 um borð í rannsóknaskipinu Pourquoi Pas?" Fyrirlesturinn er í samstarfi, Alliance Française í Reykjavík og Háskóla Íslands ("Í samvinnu við  Jörund Svavarsson, prófessor í sjávarlíffræði við Háskóla Íslands og stjórnarforma[nn] rannsóknaseturs Suðurnesja í Sandgerði.") úr tilkynningu: 

Fyrirlesarinn í ár er Jean-Christophe Victor, sem flytur erindi sem nefnist "Jean-Baptiste Charcot, Paul-Emile Victor og staða heimskautarannsókna nú á tímum".

Jean-Christophe Victor er sonur hins heimsþekkta mannfræðings og leiðangursstjóra Paul-Emile Victor, en Charcot var nokkurs konar lærifaðir hans á sínum tíma. Jean-Christophe Victor er með háskólapróf í mannfræði, hernaðartækni og kínversku. Hann var um skeið menningarfulltrúi Frakklands í Afghanistan og vann með Greiningar og spádeild franska utanríkisráðuneytisins (CAP). Hann er líka hugmyndasmiður og umsjónarmaður sjónvarpsþáttarins „Hin hliðin á kortunum“, en það er þáttur um þróun heimsmála sem sýndur er á fransk-þýsku sjónvarpsstöðinni ARTE. Hann hefur talsvert fengist við kennslu og fyrirlestrahald í Frakklandi og víða um heim. Auk þess hefur hann skrifað allmargar bækur um alþjóðasamskipti og er annar stjórnenda LEPAC, Miðstöð stjórnmálafræða og kortagreininga.

Undanfarin sautján ár hefur Jean-Christophe Victor fjallað um alþjóðastjórnmál í sjónvarpinu og gert almenningi kleift að átta sig á gangi mála, hvort sem það er á sviði stjórnmála eða efnahagsmála. Hér er slóð inn á vef þáttarins: http://www.arte.tv/fr/Comprendre-le-monde/le-dessous-des-cartes/392,CmC=396,view=maps.html

Þeir sem vilja fræðast frekar um Jean-Christophe Victor er hér slóð þar sem hann útskýrir hvernig hann fer að: http://dai.ly/biXprn

Fyrirlesturinn verður sem fyrr segir haldinn mánudaginn 19. september kl 17:00. Hann verður haldinn á frönsku og túlkaður á íslensku. Aðgangur er ókeypis.

Líffræðirannsóknir á Íslandi 2011

Líffræðifélag Íslands heldur ráðstefnu dagana 11. og 12. nóvember 2011. Við hvetjum alla til að nýta tækifærið til að kynna líffræðirannsóknir sínar með erindum eða veggspjöldum.

Ráðstefnunni verður skipt upp í málstofur eftir viðfangsefnum, ekki verða fleiri en ‏‏þrjár málstofur samhliða. Ef áhugi er á sérstökum málstofum, komið þá hugmyndum til skipuleggjenda ráðstefnunnar eigi síðar en 10. september. Stefnt er að því að hver málstofa hefjist á 30 mínútna inngangserindi, en hvert erindi er síðan 15 mínútur. Ef of margar beiðnir um erindi berast, getur þurft að bjóða sumum þáttakendum að senda inn veggspjald í staðinn.

Skráningarfrestur á ráðstefnuna er 1. október.

Vinsamlegast skráið þátttöku og útdrátt á síðunni http://lif.gresjan.is/2011/skraning.php. Vinsamlegast takið fram við skráningu hvort þið óskið eftir því að vera með veggspjald eða erindi. Útdrættir, erindi og veggspjöld skulu vera á íslensku eða ensku, en við hvetjum þátttakendur til að kynna efni sitt á íslensku sé þess auðið. Lengd útdrátta skal ekki vera lengri en 1500 slög.

Að lokinni ráðstefnunni, laugardagskvöldið 12. nóvember, verður haldinn haustfagnaður félagsins. Staðsetning og nánari uppýsingar verða gefnar síðar.

Undirbúningsnefndin/stjórn líffræðifélagsins: Snæbjörn Pálsson, Snorri Páll Davíðsson, Lovísa Ólöf Guðmundsdóttir, Bjarni K. Kristjánsson  og Arnar Pálsson.

Nánari upplýsingar má fá á biologia.hi.is.

Erindi: geðlyfjanotkun barna, sundrun DNA, brjóstakrabbamein og framtíð háskóla

Með upphafi kennslu við Háskóla Íslands eykst framboð á fyrirlestrum. Meðal annars eru þrjár doktorsvarnir í þessari viku, og tvö mjög spennandi erindi að auki.

Fyrst ber að nefna doktorsvörn Helgu Zoega, (kl. 13:00 29 ágúst 2011) sem fjallar um Geðlyfjanotkun meðal barna: Samanburður á notkun ADHD lyfja á Norðurlöndunum og áhrif lyfjameðferðar við ADHD á námsárangur. 

Niðurstöður rannsókna hennar hafa fengið nokkra umfjöllun, sérstaklega sú staðreynd að geðlyfjanotkun er mun algengari hér en erlendis. Megin niðurstöður rannsóknar hennar eru eftirfarandi:

Niðurstöður verkefnisins, sem byggja á lýðgrunduðum upplýsingum úr miðlægum gagnagrunnum á Íslandi og Norðurlöndunum, benda til þess  (I) að notkun geðlyfja, einkum örvandi- og þunglyndislyfja, sé hlutfallslega algeng meðal íslenskra barna og (II) að töluverður munur sé á algengi örvandi lyfjanotkunar við ADHD milli Norðurlandanna. Íslensk börn (7-15 ára) voru árið 2007 nærri fimm sinnum líklegri en önnur norræn börn til að fá útleyst ADHD lyf (örvandi lyf eða atomoxetín). Ennfremur benda niðurstöður til þess  (III) að börnum með ADHD sem hefja lyfjameðferð seint sé hættara við að hraka í námi en þeim sem hefja meðferð fyrr, sér í lagi í stærðfræði.

Síðasta niðurstaðan kemur mér reyndar á óvart. Orðalagið   "benda niðurstöður til þess" er reyndar harla varfærið.  Það væri forvitnilegt að sjá hvernig þessi greining var framkvæmd og gögnin sem liggja henni til grundvallar. 

Í annan stað mun Helga Dögg Flosadóttir verja doktorsritgerð sína (29. ágúst 2011, kl. 17:00) Metastable fragmentation mechanisms of deprotonated nucleic acids in the gas phase – A combined experimental and theoretical study (á íslensku: hægir sundrunarferlar afprótóneraðra kjarnsýra í gasfasa – tilraunir og hermanir). Rannsóknin fjallar um áhrif orkuríkra geisla á DNA og aðrar stórsameindir.

Þriðja doktorsvörn vikunar á sviði líffræði fer fram 2. september 2011 (kl 9:00). Þá ver Ólafur Andri Stefánsson doktorsritgerð sína „BRCA – lík svipgerð í stökum brjóstakrabbameinum“ (BRCA – like Phenotype in Sporadic Breast Cancers).

Ólafur hefur aðallega skoðað breytingar sem verða á frumum í vefjum, sem gætu tengst upphafi og alvarleika krabbameina. Krabbamein geta orðið til bæði vegna erfða, því einstaklingur fékk gallað gen frá foreldri, eða vegna stökkbreytinga sem verða á líkamsfrumunum sjálfum. Ólafur sýnir með rannsóknum sínum að ekki þarf alltaf beinar stökkbreytingar til, stundum breytist ástand í kjörnum fruma þannig að það slökknar á genum sem eru virk í eðlilegum frurum. Það getur verið jafn alvarlegt og galli í geninu sjálfu og leitt frumuna og afkomendur hennar á braut glötunar (krabbmeins).

Andmælandi Ólafs, Michael Stratton, mun halda fyrirlestur seinna (kl 13:15) sama dag um þróun erfðamengi krabbameina. Michael er mjög ötull í rannsóknum á erfðafræði krabbameina og þeim breytingum sem verða á frumum þegar þær umbreytast og hneygjast til ofvaxtar og íferðar.

Því miður hefst fyrirlestur hins stórmerka Jonathan R. Cole rétt 45 mín á eftir erindi Michaels. Dr. Cole fjallar um Stöðu og framtíð rannsóknarháskóla  (The Research University in the 21. Century). Hann skrifaði stórmerka bók um sögu rannsóknarháskóla sem út kom árið 2009, og hefur margt fram að færa í umræðuna um betrumbætur á íslensku skólakerfi. Það er bráðnauðsynlegt að íslenskir stjórnmálamenn og háskólafrömuðir skilji hvað rannsóknarháskólar ganga út á. Úr tilkynningu:

Meðal þeirra viðfangsefna hans sem vakið hafa hvað mesta athygli má nefna rannsóknir á jafningjamati, stöðu kvenna í vísindum, stéttaskiptingu vísindasamfélagsins og akademískt frelsi. Bók hans “The Great American Research University”, sem kom út 2009 hefur fengið frábæra dóma. Þar fjallar hann um sögu og skipulag rannsóknarháskóla samtímans og mikilvægi þeirra í nútímasamfélagi. Cole hefur látið mjög til sín taka í umræðum um vísindi og háskólamál í Bandaríkj

Tölur, líffræði og flokkun fólks eftir iðrabakteríum

Þegar maður horfir á náttúrulífsmyndir er afar sjaldgæft að sjá tölur, hvað þá jöfnur eða algríma, fleygboga og líkindadreifingar. Engu að síður er hægt að lýsa flestu í náttúrunni með tölum, jöfnum og ójöfnum.

• Sveiflur í mývarginum við Mývatn má lýsa með nokkrum einföldum jöfnum. 
• Stofnstærð og nýliðun þorskstofnsins er lýst með tölum og jöfnuhneppum.
• Áhrif stökkbreytinga á sjúkdóma og heilbrigði má greina með tölfræði á stórum gagnasettum.

Tölfræði og töluleg líffræði (computational biology) eru í grunninn gömul fög, en framfarir bæði í tölvunarfræði og sameindalíffræði hafa ýtt undir byltingu í þessum fræðum. Nokkur ný fög hafa orðið til eða tekið stórstígum breytingum, svo sem erfðamengjafræði, lífupplýsingafræði, prótínmengjafræði, kerfislíffræði, og einnig fornfræg fög eins og sameinaþróun og stofnerfðafræði. Það veltur dálítið á því hvaðan fólk kemur, hvað það kýs að nefna sitt fag, en flest af þessu má skilgreina sem tölulega líffræði.

Á næstunni verða tveir viðburðir á þessu sviði hérlendis. Í lok mánaðar mun Martin Sigurðsson verja doktorsritgerð sína frá Læknadeild. Hann vann verkefni sem kallast Lífupplýsingafræðileg og sameindalíffræðileg greining á eiginleikum DNA-metýlunar í erfðamengi mannsins. Úr ágripi.

Utangenaerfðir (epigenetics) fjalla um utangenamerki, upplýsingar tengdar erfðaefninu, sem erfast við frumuskiptingu án þess að vera hluti af DNA röðinni sjálfri. Metýlun á DNA er mest rannsakaða utangenamerkið. Breytingar á DNA-metýlun eru hluti af meingerð margra algengra sjúkdóma, þar á meðal krabbameins. Markmið doktorsverkefnisins var að beita lífupplýsinga- og líffræðilegum aðferðum til að auka skilning á dreifingu og hlutverki DNA-metýlunar í erfðamengi mannsins.

Í byrjun ágúst (þann 12) verður málþing um tölulega líffræði (Computational Analysis of Complex Biological Systems) á vegum HÍ og Íslenskrar Erfðagreiningar. Nokkrir erlendir fyrirlesarar mæta til leiks en einnig mun einvalalið ÍE og kerfislíffræðiseturs kynna sínar rannsóknir. Fulla dagskrá má sjá í meðfylgjandi skjali.

Ég mæli sérstaklega með erindi Peer Bork, sem hefur m.a. rannsakað bakteríuflóru í iðrum fólks með því að raðgreina DNA í stórum stíl (svokallað víðerfðamengi e. metagenome). Þrátt fyrir mikinn fjölbreytileika í tegundum og samsetningu má flokka fólk í þrjár megin gerðir út frá bakteríuflóru í iðrum. Athyglisvert er að ein bakteríutegund dugir ekki til að flokka fólkið. Það þarf að skoða allar tegundirnar - það er bakteríusamfélagið sem skiptir máli ekki stakar tegundir. Bork og samstarfsmenn mæltu sérstaklega með því að skoða erfðamengi bakteríanna, þ.e. hvaða gen og ensím virkni er til staðar, sem gæti sýnt fylgni við aldur, þyngd og mögulega heilbrigði.

Úr ágripi greinar þeirra í Nature frá í apríl (Enterotypes of the human gut microbiome PDF er aðgengilegt á síðu Peers Bork).

The enterotypes are mostly driven by species composition, but abundant molecular functions are not necessarily provided by abundant species, highlighting the importance of a functional analysis to understand microbial communities. Although individual host properties such as body mass index, age, or gender cannot explain the observed enterotypes, data-driven marker genes or functional modules can be identified for each of these host properties. For example, twelve genes significantly correlate with age and three functional modules with the body mass index, hinting at a diagnostic potential of microbial markers.

Þar sem nýaldar og gervivísindin tileinka sér alltaf frasa og flott orð fagmanna, má reikna með að eftir nokkur ár verði komnar vörur í Heilsuhúsið sem eru i) sniðnar eru að Iðragerð (e. enterotype) einstaklingsins, eða ii) ætlað að breyta Iðragerðinni til hins betra.

Skrár tengdar þessari bloggfærslu:

• compbiosymp2011-2.pdf